<div dir="ltr">I'd +1 as I love tech medical crossovers, but I'll be out of town. #sadface<div><br></div><div>Lori<br><div class="gmail_extra"><br><br><div class="gmail_quote"><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">

On Jul 12, 2013, at 10:44 AM, Tony Cappellini <<a href="mailto:cappy2112@gmail.com">cappy2112@gmail.com</a>> wrote:<br>
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> Hello Everyone,<br>
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> Jared Maquire from Counsyl has offered to do a presentation on Python for Clinical Genomics, at the July Baypiggies meeting.<br>
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> Since the details of the Python Hack nights are still being worked on, I wanted to ensure we have a presentation  for July,<br>
> and to allow extra time to put together a fun session for the Python Hack night. We can easily schedule the Python Hack nights<br>
> in addition to our regular meetings in the future.<br>
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> Vote +1 if you are interested in attending the Python for Clinical Genomics presentation in July<br>
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> Python for Clinical Genomics<br>
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> Generally computational biology workflows harken back to ancient days when Perl programmers roamed the Earth. Lately though, genomics analysis has been moving to Python -- in particular the excellent Pysam library has brought the state of the art DNA sequence manipulation tools to the world of Python.<br>

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> In this talk I'll demonstrate the basic tools that I use as part of my daily work in a Clinical Next-Generation Sequencing company. We use Pysam and Pygr to work with the DNA directly, Django to manage our wet lab and organize our genetics knowledge, and Numpy and Scipy for developing novel assays and for general numerical analysis.<br>

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> We'll work through a live demonstration that takes clinical genetics data all the way from the DNA sequencer's output to the final result that we share with the patient.<br>
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> Along the way I'll introduce the basic concepts of genomics for a computer science audience. If you're a computer scientist or engineer and you've ever been curious about making the jump to genomics, the time has never been better. Genomics right now is like computers were in 1973 -- a huge wave about to break.<br>

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> About Jared Maguire<br>
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> Jared spent the last five years at the Broad Institute of Harvard and MIT laying much of the analytical groundwork for the new wave of DNA sequencing technologies. During that time he was a senior analyst on key projects such as the 1000 Genomes project, which gave him the chance to be one of the first people on earth to map out the patterns of genetic variation in thousands of whole human genomes.<br>

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> Now he's moved to Counsyl where he's working to help bring the new wave of genomics technologies from the research lab into the clinic.<br>
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> About Counsyl<br>
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> Counsyl is a medical genomics startup whose goal is to make the human genome  practically useful for life-altering decisions.  Over the last few years, we?ve grown from a Stanford dorm room to become one of the largest clinical genome centers in the world.  Our pre-pregnancy genetic test is now prescribed by physicians for more than 2.5% of all births in the United States.<br>

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> Thank You<br>
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> Tony<br>
> _______________________________________________<br>
> Baypiggies mailing list<br>
> <a href="mailto:Baypiggies@python.org">Baypiggies@python.org</a><br>
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