<div dir="ltr"><div class="gmail_extra"><div class="gmail_quote">On 4 April 2014 00:57, PRAKHAR gaur <span dir="ltr"><<a href="mailto:prakhar_aaidu16@hotmail.com" target="_blank">prakhar_aaidu16@hotmail.com</a>></span> wrote:<br>

<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div></div><div>I thought the prefix option can be used just the way it works for</div><div><span style="font-size:12pt">Autotools configure script.</span></div>

</blockquote><div><br></div><div>I believe it can, but you still need to install Python packages to somewhere that Python will look. Normal values for prefix are /usr and /usr/local.<br></div><div> </div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">

<div></div><div><b>A) If I want to use the system installed version(0.13.1</b><b style="font-size:12pt">) of ipython , how do I do that ?</b></div></blockquote><div><br></div><div>You'd have to ensure that the system ipython script (/usr/bin/ipython) came before the other one on $PATH, and the system IPython package is first on sys.path. If you want to use both versions, I would recommend installing the new version in a virtualenv, then activate and deactivate the virtualenv.<br>

</div><div> </div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div></div><div>and, </div><div><br></div><div>When I try running a notebook,</div><div>$<span style="font-size:12pt">ipython2 notebook illumina_overview_tutorial.ipynb</span></div>

<div><span style="font-size:12pt">or</span></div><div><span style="font-size:12pt">$/home/prakhar/.local/bin/ipython2 notebook illumina_overview_tutorial.ipynb</span></div><div><br></div><div><div><b>B) ipython reports an error about missing "jinja2" module, </b></div>

<div><b>the OS installed ipython can run notebooks just fine.</b></div><div><b>What can be wrong here ?</b></div></div></blockquote></div><br></div><div class="gmail_extra">Newer versions of IPython require things that the older version of IPython doesn't.<br>

<br></div><div class="gmail_extra">Make a virtualenv, activate it, and run:<br><br></div><div class="gmail_extra">pip install ipython[notebook]<br><br></div><div class="gmail_extra">This will get all the dependencies for it.<br>

<br></div><div class="gmail_extra">Thomas<br></div></div>