<div dir="ltr">Hi,<div><br></div><div>I'm working on a software for single-molecule FRET analysis (FRETBursts)[1] that heavily relies on ipython notebook to run the analysis.</div><div><br></div><div>I provide some evaluated notebooks serving as tutorials in a separate repository (FRETBursts_notebooks). The reference documentation (mostly installation instructions and API) is hosted on ReadTheDocs [3].</div>


<div><br></div><div>I have concerns on the viability of this approach since the notebooks repository can easily grow to hundreds of MB given the high number of images. Maintaining a second repository it is also and additional burden.</div>


<div><br></div><div>Ideally I would like to generate the notebooks dynamically from unevaluated notebooks in the original source repository. However the data  necessary to reproduce the analysis is ~150MB (hosted on figshare [4]), and I may add more datasets in the future.</div>


<div><br></div><div>So I'm asking for suggestions.</div><div><br></div><div>I like the simple concept of a notebook repository with links to nbviewer, but seems that the solution is not scalable.</div><div><br></div>

<div>
I don't think RTD can handle downloading and data processing that requires several minutes to execute on modern desktops.</div><div><br></div><div>So, what's left? Anybody has a similar issue?</div><div><br></div>


<div><br></div><div>Best,</div><div>Antonio</div><div><br></div><div>[1] FRETBursts: <a href="https://github.com/tritemio/FRETBursts" target="_blank">https://github.com/tritemio/FRETBursts</a></div><div>[2] FRETBursts_notebooks: <a href="https://github.com/tritemio/FRETBursts_notebooks" target="_blank">https://github.com/tritemio/FRETBursts_notebooks</a></div>


<div>[3] FRETBursts documentation: <a href="http://fretbursts.readthedocs.org/index.html" target="_blank">http://fretbursts.readthedocs.org/index.html</a></div><div>[4] FRETBursts datatsets: <a href="http://dx.doi.org/10.6084/m9.figshare.1019906" target="_blank">http://dx.doi.org/10.6084/m9.figshare.1019906</a></div>


<div><br></div></div>