<div dir="ltr"><br><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Mon, Feb 2, 2015 at 1:50 PM, Aron Ahmadia <span dir="ltr"><<a href="mailto:aron@ahmadia.net" target="_blank">aron@ahmadia.net</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left-width:1px;border-left-color:rgb(204,204,204);border-left-style:solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div class="gmail_extra"><div class="gmail_quote"><span class=""><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left-width:1px;border-left-color:rgb(204,204,204);border-left-style:solid;padding-left:1ex">[...]</blockquote><div><br></div></span><div>Hi Mark,<br><br>As I'm guessing you know, there are a number of reasons to cite academic software.  I think first and foremost, you have a responsibility to acknowledge contributions that were not your own.  Secondly, you also have a responsibility to improve the credibility of your work by enabling others to reproduce your analysis.  I agree that you should cite any software package that implements algorithms you use for your work, as well as any environments that are "transformational."  If you would like others to be able to reuse or reproduce your work, it is also important to identify the specific versions of software that you used.  In this case, I argue that you should cite an identifier (such as release tag or git commit) as well as a URL for obtaining that software.<br><br></div><div>The advantage of citing Git commits/tags in particular is that they also contain complete records tracking authorship.<br><br></div></div></div></div></blockquote><div><br></div><div><a href="http://figshare.com">http://figshare.com</a> and <a href="https://zenodo.org/">https://zenodo.org/</a> (CERN) allow authors to generate archives and citable DOIs for specific revisions of [GitHub] repositories.<br></div><div><br></div><div><a href="https://en.wikipedia.org/wiki/BibTeX">https://en.wikipedia.org/wiki/BibTeX</a> could also be useful.</div></div></div></div>