<div dir="ltr"><br><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Mon, Feb 2, 2015 at 3:54 PM, Simon Cropper <span dir="ltr"><<a href="mailto:simoncropper@fossworkflowguides.com" target="_blank">simoncropper@fossworkflowguides.com</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left-width:1px;border-left-color:rgb(204,204,204);border-left-style:solid;padding-left:1ex">Hi Mark<br>
<br>
My personal view when publishing work done with any software is...<br>
<br>
1. Each bit of software used, its version and who released/sold it and<br>
    if it is readily available on the Internet, a URL to the release<br>
    should be cited. All foss software have specific attribution<br>
    requirements so care should be made to ensure these are met.<br>
2. In the methodology you need to outline the specific configuration<br>
    or setup for any program that is able to vary the output of an<br>
    algorithm based on different settings; and any work/papers that help<br>
    justify these settings.<br>
3. Where appropriate, as you are publishing in the academic arena,<br>
    cite vanilla background papers -- like you suggested in your<br>
    original post -- supporting the framework/library methodology.<br>
4. Finally, to avoid problems with varying definitions of what actually<br>
    constitutes the Scipy stack, outline only those software packages or<br>
    libraries used. As pointed out by Aron the objective is to give<br>
    enough information to the reader that your analysis can be<br>
    reproduced.<br></blockquote><div><br></div><div><a href="http://journals.plos.org/ploscompbiol/article?id=10.1371/journal.pcbi.1003285#s4">http://journals.plos.org/ploscompbiol/article?id=10.1371/journal.pcbi.1003285#s4</a><br></div><div><br></div>"Rule 3: Archive the Exact Versions of All External Programs Used"<div> </div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left-width:1px;border-left-color:rgb(204,204,204);border-left-style:solid;padding-left:1ex">
<br>
The problem is however that journals don't like gray literature or web<br>
references, let alone software or data sinks references. </blockquote><div><br></div><div><a href="http://www.plos.org/policies/#sharing">http://www.plos.org/policies/#sharing</a><br></div><div><br></div>"7. Sharing of Data, Materials, and Software"<div><br></div></div></div></div>