<div dir="ltr"><div>Looking at the Genepattern code [1], it's using display() to publish data. The notebook interface will only actually use the Javascript that sends if it's coming from code run in a cell, so that part of the loading can't work at startup.<br><br></div>I think we'd probably encourage you to keep putting the command to load the extension at the top of every notebook, by analogy with a similar situation we had with pylab. It used to be possible to run "ipython notebook --pylab", and have a lot of numpy & matplotlib functions pre-loaded into the namespace. But this produces notebooks which can only be run by someone starting the notebook server in the same way. We found it better to use a '%pylab' magic inside the notebook when we want the namespace set up like that. I think loading the genepattern extension is a similar thing: it's clearer what's going on when that lives inside the notebook, rather than hidden in your config.<br><div><div><br>[1] <a href="https://github.com/genepattern/genepattern-notebook/blob/master/profile/extensions/genepattern.py">https://github.com/genepattern/genepattern-notebook/blob/master/profile/extensions/genepattern.py</a><br><br></div><div>Thomas<br></div></div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On 23 December 2015 at 22:06, Ted Liefeld <span dir="ltr"><<a href="mailto:liefeld@broadinstitute.org" target="_blank">liefeld@broadinstitute.org</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr">I am building a Docker image to have a Jupyter server with the GenePattern notebook extension in it.  So far so good except that in every notebook I have to enter<div><br></div><div>     %reload_ext genepattern</div><div><br></div><div>into the first cell to make the extension active.  I have been prowling through the docs and have tried putting this command in lots of places, none of which have worked (e.g. ~/.jupyter/jupyter_notebook_config.py,  ~/.ipython/profile_default/startup/ipython_notebook_config.py) both normally (ie as above) and also as a config setting</div><div>        c.InteractiveShellApp.exec_lines = ['%reload_ext genepattern']</div><div><br></div><div>It seems with all the layers of config I am not finding the right one to insert this at. Can anyone point me in the right direction?  My current container is using Jupyter 4.0.6, IPython 4.0.1 and Python 3.4.3.</div><div><br></div><div>Thanks</div><span class="HOEnZb"><font color="#888888"><div><br></div><div>Ted</div><div><br clear="all"><div><br></div>-- <br><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div><span style="font-size:12.8px">Ted Liefeld                                     </span><span style="font-size:12.8px"> UC San Diego</span><br></div><div>Mesirov Lab                                    <a href="mailto:liefeld@ucsd.edu" target="_blank">liefeld@ucsd.edu</a>                                <br>Office 2A24, BRF-II                        858-534-2010</div><div><br></div></div></div></div></div></div>
</div></font></span></div>
<br>_______________________________________________<br>
IPython-dev mailing list<br>
<a href="mailto:IPython-dev@scipy.org">IPython-dev@scipy.org</a><br>
<a href="https://mail.scipy.org/mailman/listinfo/ipython-dev" rel="noreferrer" target="_blank">https://mail.scipy.org/mailman/listinfo/ipython-dev</a><br>
<br></blockquote></div><br></div>