<div dir="ltr"><div class="gmail_default" style="font-family:verdana,sans-serif;font-size:small">Hi All,</div><div class="gmail_default" style="font-family:verdana,sans-serif;font-size:small"><br></div><div class="gmail_default" style="font-family:verdana,sans-serif;font-size:small">I am trying to 3D surface plot the data from a .csv file. there is already a reference plot drawn with this data (seems it was done by some windows app) and I am trying to do the same with linux (in fact on Raspberry Pi) with matplot library.</div><div class="gmail_default" style="font-family:verdana,sans-serif;font-size:small"><br></div><div class="gmail_default" style="font-family:verdana,sans-serif;font-size:small">I have attached the .csv file for reference. </div><div class="gmail_default" style="font-family:verdana,sans-serif;font-size:small"><br></div><div class="gmail_default" style="font-family:verdana,sans-serif;font-size:small">Original plot (with some microsoft tool) is as below.</div><div class="gmail_default" style="font-family:verdana,sans-serif;font-size:small"><img src="cid:ii_jeo91psl0_1621a58e91b2cc8c" width="454" height="319"></div><div class="gmail_default" style="font-family:verdana,sans-serif;font-size:small"><br></div><div class="gmail_default" style="font-family:verdana,sans-serif;font-size:small">and when I plot the same data with matplotlib, the plot is as below.</div><div class="gmail_default" style="font-family:verdana,sans-serif;font-size:small"><img src="cid:ii_jeo92mau1_1621a598eaff5aae" width="454" height="342"><br><br>Seems the plotting is ok, but for the layer of light orange patches - not sure, what is causing this. My python code is as below. Let me know if you have any suggestion for me.</div><div class="gmail_default" style="font-family:verdana,sans-serif;font-size:small"><br></div><div class="gmail_default"><div class="gmail_default"><font face="verdana, sans-serif">from mpl_toolkits.mplot3d import Axes3D</font></div><div class="gmail_default"><font face="verdana, sans-serif">import matplotlib</font></div><div class="gmail_default"><font face="verdana, sans-serif">import matplotlib.pyplot as plt</font></div><div class="gmail_default"><font face="verdana, sans-serif">from matplotlib import cm</font></div><div class="gmail_default"><font face="verdana, sans-serif">from matplotlib.ticker import LinearLocator, FormatStrFormatter</font></div><div class="gmail_default"><font face="verdana, sans-serif">import numpy as np</font></div><div class="gmail_default"><font face="verdana, sans-serif">import csv</font></div><div class="gmail_default"><font face="verdana, sans-serif"><br></font></div><div class="gmail_default"><font face="verdana, sans-serif">X = []</font></div><div class="gmail_default"><font face="verdana, sans-serif">Y = []</font></div><div class="gmail_default"><font face="verdana, sans-serif">Z = []</font></div><div class="gmail_default"><font face="verdana, sans-serif"><br></font></div><div class="gmail_default"><font face="verdana, sans-serif">#Read the selected file</font></div><div class="gmail_default"><span style="font-family:verdana,sans-serif">with open ('Plasma.csv', 'r') as csvfile:</span><br></div><div class="gmail_default"><font face="verdana, sans-serif"><span style="white-space:pre">     </span>plots = csv.reader (csvfile, delimiter=',')</font></div><div class="gmail_default"><font face="verdana, sans-serif"><span style="white-space:pre">     </span>for row in plots:</font></div><div class="gmail_default"><font face="verdana, sans-serif"><span style="white-space:pre">               </span>X.append(float(row[0]))</font></div><div class="gmail_default"><font face="verdana, sans-serif"><span style="white-space:pre">         </span>Y.append(float(row[1]))</font></div><div class="gmail_default"><font face="verdana, sans-serif"><span style="white-space:pre">         </span>Z.append(float(row[2]))</font></div><div class="gmail_default"><font face="verdana, sans-serif"><br></font></div><div class="gmail_default"><font face="verdana, sans-serif">#Getting ready for the dispaly</font></div><div class="gmail_default"><font face="verdana, sans-serif">fig = plt.figure()</font></div><div class="gmail_default"><font face="verdana, sans-serif">ax = fig.gca(projection='3d')</font></div><div class="gmail_default"><font face="verdana, sans-serif"><br></font></div><div class="gmail_default"><font face="verdana, sans-serif">#Set the labels...</font></div><div class="gmail_default"><font face="verdana, sans-serif">ax.set_xlabel('X (mm)')</font></div><div class="gmail_default"><font face="verdana, sans-serif">ax.set_ylabel('Y (mm)')</font></div><div class="gmail_default"><font face="verdana, sans-serif">ax.set_zlabel('CPD (mV)')</font></div><div class="gmail_default"><font face="verdana, sans-serif"><br></font></div><div class="gmail_default"><font face="verdana, sans-serif"><br></font></div><div class="gmail_default"><font face="verdana, sans-serif"><br></font></div><div class="gmail_default"><font face="verdana, sans-serif">#Setting the places properly...</font></div><div class="gmail_default"><font face="verdana, sans-serif">tmp_planes = ax.zaxis._PLANES</font></div><div class="gmail_default"><font face="verdana, sans-serif">ax.zaxis._PLANES = (tmp_planes[2], tmp_planes[3],</font></div><div class="gmail_default"><font face="verdana, sans-serif"><span style="white-space:pre">                 </span>tmp_planes[0], tmp_planes[1],</font></div><div class="gmail_default"><font face="verdana, sans-serif"><span style="white-space:pre">                   </span>tmp_planes[4],tmp_planes[5])</font></div><div class="gmail_default"><font face="verdana, sans-serif"><br></font></div><div class="gmail_default"><font face="verdana, sans-serif"># Make data.</font></div><div class="gmail_default"><font face="verdana, sans-serif">X, Y = np.meshgrid(X, Y)</font></div><div class="gmail_default"><font face="verdana, sans-serif"><br></font></div><div class="gmail_default"><font face="verdana, sans-serif">#Plot</font></div><div class="gmail_default"><span style="font-family:verdana,sans-serif">surf = ax.plot_surface(X, Y, Z, cmap=cm.coolwarm, linewidth=0)</span><br></div><div class="gmail_default"><font face="verdana, sans-serif"><br></font></div><div class="gmail_default"><span style="font-family:verdana,sans-serif">plt.show()</span><br></div><div style="font-family:verdana,sans-serif;font-size:small"><br></div></div><div class="gmail_default" style="font-family:verdana,sans-serif;font-size:small"><br></div><div class="gmail_default" style="font-family:verdana,sans-serif;font-size:small">With best regards,</div><div class="gmail_default" style="font-family:verdana,sans-serif;font-size:small">Phani.</div></div>