<div dir="ltr"><div><div><div><div>Can you do the following (from the python interpreter)<br><br></div>import pylab<br></div>print pylab.__file__<br><br></div>There has been a rogue package on pypi called "pylab" that we have been trying to get taken off of the listing, since it conflicts with our long-standing package and trademark. Nothing nefarious, just some person's collection of dependencies that he decided to call pylab and uploaded to pypi for his personal use.<br><br></div>Ben Root<br><br></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Mon, Apr 25, 2016 at 5:00 AM, blavergar <span dir="ltr"><<a href="mailto:blancaverag@gmail.com" target="_blank">blancaverag@gmail.com</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Dear all,<br>
<br>
I want to use two programs (GroopM and QIIME) requiring matplotlib >=1.1.0<br>
and python 2.7, which I have installed. My OS is Centos 6.<br>
<br>
They both give similar errors:<br>
<br>
1.<br>
(...)<br>
*** ERROR RAISED DURING STEP: Plot Taxonomy Summary<br>
Command run was:<br>
 plot_taxa_summary.py -i<br>
taxa_summary2/OTU_L2.txt,taxa_summary2/OTU_L3.txt,taxa_summary2/OTU_L4.txt,taxa_summary2/OTU_L5.txt,taxa_summary2/OTU_L6.txt<br>
-o taxa_summary2/taxa_summary_plots/<br>
Command returned exit status: 1<br>
Stdout:<br>
<br>
Stderr<br>
Traceback (most recent call last):<br>
  File "/usr/local/bin/plot_taxa_summary.py", line 20, in <module><br>
    from qiime.plot_taxa_summary import make_all_charts<br>
  File "/usr/local/lib/python2.7/site-packages/qiime/plot_taxa_summary.py",<br>
line 24, in <module><br>
    from pylab import rc, axis, title, axes, pie, figlegend, clf, savefig,<br>
figure\<br>
*ImportError: cannot import name rc*<br>
<br>
<br>
<br>
Pylab is imported in plot_taxa_summary.py as follows:<br>
<br>
(...)<br>
<br>
import matplotlib<br>
import re<br>
matplotlib.use('Agg', warn=False)<br>
from matplotlib.font_manager import FontProperties<br>
from pylab import rc, axis, title, axes, pie, figlegend, clf, savefig,<br>
figure\<br>
    , close<br>
<br>
(...)<br>
<br>
<br>
2.<br>
(...)<br>
File "/usr/local/lib/python2.7/site-packages/groopm/cluster.py", line 54, in<br>
<module><br>
from pylab import show<br>
<br>
*ImportError: cannot import name show*<br>
<br>
<br>
<br>
And the content of cluster.py involving the importing of pylab is:<br>
(...)<br>
from sys import stdout, exit<br>
<br>
from colorsys import hsv_to_rgb as htr<br>
import matplotlib.pyplot as plt<br>
from pylab import show<br>
from numpy import (abs as np_abs,<br>
 (...)<br>
<br>
<br>
<br>
As I read that pylab is installed directly with matplotlib I have already<br>
tried different versions and installations (conda, pip, yum...) but none of<br>
them got those programs working.<br>
<br>
<br>
Could someone help with this, please?<br>
<br>
Thank you!<br>
<br>
<br>
<br>
<br>
<br>
<br>
--<br>
View this message in context: <a href="http://matplotlib.1069221.n5.nabble.com/Import-error-Cannot-import-pylab-modules-tp47010.html" rel="noreferrer" target="_blank">http://matplotlib.1069221.n5.nabble.com/Import-error-Cannot-import-pylab-modules-tp47010.html</a><br>
Sent from the matplotlib - users mailing list archive at Nabble.com.<br>
_______________________________________________<br>
Matplotlib-users mailing list<br>
<a href="mailto:Matplotlib-users@python.org">Matplotlib-users@python.org</a><br>
<a href="https://mail.python.org/mailman/listinfo/matplotlib-users" rel="noreferrer" target="_blank">https://mail.python.org/mailman/listinfo/matplotlib-users</a><br>
</blockquote></div><br></div>