<div dir="ltr">Hello,<br><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Tue, Aug 4, 2015 at 7:21 PM, Jorge Rudas <span dir="ltr"><<a href="mailto:jrudascas@gmail.com" target="_blank">jrudascas@gmail.com</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr">Thanks for your answer Eleftherios<div><br></div><div>One questions more...</div><div><br></div></div></blockquote><div>Be happy to ask as many questions as you need until everything is clear. I am sure you will need </div><div>feedback from us to perform such an analysis. That is because although we are currently working on making </div><div>easy workflows, right  now you will need write your own scripts combining different DIPY tutorials of the </div><div>development version.</div><div><br></div><div>Of course I am more than happy to help you with this.</div><div> </div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div></div><div>When you say "<span style="font-size:12.8000001907349px">then apply the deformation fields to the tractographies</span>", what exactly does this mean ?</div><div><br></div></div></blockquote><div>You will generate streamlines and FA maps in the native space of every subject. Then you can for example register</div><div>the FAs to an FA template. After you have performed this registrations you will also have saved the deformation fields</div><div>which were applied to the FAs so that they can be registered to the FA template. Because the tractographies were</div><div>in the same space (native) as the FAs the same deformation fields can be used to warp them to the FA template space</div><div>and in that way your tractographies will also be normalized.</div><div><br></div><div>Cheers,</div><div>Eleftherios</div><div><br></div><div>p.s. As an FA template I recommend using the IIT atlas.</div><div> </div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div></div><div>Regards</div><span class="HOEnZb"><font color="#888888"><div><br></div></font></span></div><div class="gmail_extra"><span class="HOEnZb"><font color="#888888"><br clear="all"><div><div><div dir="ltr"><b><i><font color="#c0c0c0">Jorge Rudas</font></i></b><div><br></div></div></div></div></font></span><div><div class="h5">
<br><div class="gmail_quote">2015-08-04 15:55 GMT-05:00 Eleftherios Garyfallidis <span dir="ltr"><<a href="mailto:garyfallidis@gmail.com" target="_blank">garyfallidis@gmail.com</a>></span>:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr">Hi Jorge,<div><br></div><div>This is a very active research area in DIPY. There are currently two ways:</div><div><br></div><div>a) You can register FA images together using our image registration functions and then apply the deformation fields to the tractographies.</div><div><br></div><div>b) Segment bundles from the tractographies (manually or automatically) and register them directly using the SLR. Paper here</div><div><br></div><div><a href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/25987367" target="_blank">http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/25987367</a><br></div><div><br></div><div>Cheers,<br></div><div>Eleftherios</div><div><br></div><div><br></div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote"><div><div>On Tue, Aug 4, 2015 at 4:14 PM, Jorge Rudas <span dir="ltr"><<a href="mailto:jrudascas@gmail.com" target="_blank">jrudascas@gmail.com</a>></span> wrote:<br></div></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div><div><div dir="ltr">Hi everyone<div><br></div><div>Any suggestions for to spatial normalization of tractographys?. I want compare tractographys at population level.</div><div><br></div><div>regards,</div><div><br clear="all"><div><div><div dir="ltr"><b><i><font color="#c0c0c0">Jorge Rudas</font></i></b></div><div dir="ltr"><font color="#c0c0c0"><b><i>National University of Colombia<br></i></b></font><div><br></div></div></div></div>
</div></div>
<br></div></div>_______________________________________________<br>
Neuroimaging mailing list<br>
<a href="mailto:Neuroimaging@python.org" target="_blank">Neuroimaging@python.org</a><br>
<a href="https://mail.python.org/mailman/listinfo/neuroimaging" rel="noreferrer" target="_blank">https://mail.python.org/mailman/listinfo/neuroimaging</a><br>
<br></blockquote></div><br></div>
<br>_______________________________________________<br>
Neuroimaging mailing list<br>
<a href="mailto:Neuroimaging@python.org" target="_blank">Neuroimaging@python.org</a><br>
<a href="https://mail.python.org/mailman/listinfo/neuroimaging" rel="noreferrer" target="_blank">https://mail.python.org/mailman/listinfo/neuroimaging</a><br>
<br></blockquote></div><br></div></div></div>
<br>_______________________________________________<br>
Neuroimaging mailing list<br>
<a href="mailto:Neuroimaging@python.org">Neuroimaging@python.org</a><br>
<a href="https://mail.python.org/mailman/listinfo/neuroimaging" rel="noreferrer" target="_blank">https://mail.python.org/mailman/listinfo/neuroimaging</a><br>
<br></blockquote></div><br></div></div>