<div dir="ltr">Hi Kristie,<div><br></div><div>Just wanted to follow up on this. I assume you figured it out yourself, but in case anyone finds this thread while searching, we've released 0.6 and the documentation has two relevant examples:</div><div><br></div><div><a href="http://pysurfer.github.io/examples/plot_label_foci.html" target="_blank">http://pysurfer.github.io/examples/plot_label_foci.html</a> (shows how to pass custom parameters to the binarized curvature)<br></div><div><a href="http://pysurfer.github.io/examples/plot_probabilistic_label.html" target="_blank">http://pysurfer.github.io/examples/plot_probabilistic_label.html</a> (shows how to use a continuous map of curvature)<br></div><div><br></div><div>Best,</div><div>Michael</div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Fri, Jul 31, 2015 at 10:19 AM, Kirstie Whitaker <span dir="ltr"><<a href="mailto:kw401@cam.ac.uk" target="_blank">kw401@cam.ac.uk</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div><div><div>Ah yes - very good point - I hadn't thought about the "see through" effect of changing the alpha parameter.<br><br></div>I'll grab the development version and see if there are any parameters that my boss likes better than the classic ;)<br><br></div>Thanks Michael and Vanessa for the suggestions!<br><br></div>Kx<br></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote"><div><div>On 31 July 2015 at 18:15, Michael Waskom <span dir="ltr"><<a href="mailto:mwaskom@stanford.edu" target="_blank">mwaskom@stanford.edu</a>></span> wrote:<br></div></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div><div><div dir="ltr"><div class="gmail_extra">Hi Kristie,</div><div class="gmail_extra"><br></div><div class="gmail_extra">If you decrease the alpha value of the anatomy mesh, you'll be able to see through it. While this can be useful for "glass brain" type volume visualizations, it's probably not going to give you the effect you want for showing surface-based ROIs, as it will just be hard to tell what you're looking at (in my experience). For that reason, alpha isn't exposed as a parameter. I would say though that the development version of pysurfer lets you pass custom parameters for the colormap used to show the curvature (in binary or continuous values) so you could play around with that to see if you can find something that deemphasizes the anatomy. You can also plot with curv=False, of course, but that makes it harder to understand where the ROIs are.</div><div class="gmail_extra"><br></div><div class="gmail_extra">Hope that helps,</div><div class="gmail_extra">Michael</div><div class="gmail_extra"><br></div><div class="gmail_extra"><br></div></div>
<br></div></div><span>_______________________________________________<br>
Neuroimaging mailing list<br>
<a href="mailto:Neuroimaging@python.org" target="_blank">Neuroimaging@python.org</a><br>
<a href="https://mail.python.org/mailman/listinfo/neuroimaging" rel="noreferrer" target="_blank">https://mail.python.org/mailman/listinfo/neuroimaging</a><br>
<br></span></blockquote></div><span><br><br clear="all"><br>-- <br><div><div dir="ltr"><div>Kirstie Whitaker, PhD<br>Research Associate<br>
<br>Department of Psychiatry<br>University of Cambridge<br><br><b>Mailing Address</b><br>Brain Mapping Unit<br>
Department of Psychiatry<br>
Sir William Hardy Building <br>
Downing Street<br>
Cambridge CB2 3EB<br><br><b>Phone: </b><a href="tel:%2B44%207583%20535%20307" value="+447583535307" target="_blank">+44 7583 535 307</a><br></div><b>Website:</b> <a href="http://www.kirstiewhitaker.com" target="_blank">www.kirstiewhitaker.com</a><br></div></div>
</span></div>
<br>_______________________________________________<br>
Neuroimaging mailing list<br>
<a href="mailto:Neuroimaging@python.org" target="_blank">Neuroimaging@python.org</a><br>
<a href="https://mail.python.org/mailman/listinfo/neuroimaging" rel="noreferrer" target="_blank">https://mail.python.org/mailman/listinfo/neuroimaging</a><br>
<br></blockquote></div><br></div></div>