<div dir="ltr"><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Thu, Aug 13, 2015 at 8:06 AM, Jesus-Omar Ocegueda-Gonzalez <span dir="ltr"><<a href="mailto:jomaroceguedag@gmail.com" target="_blank">jomaroceguedag@gmail.com</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr">Hi guys!, =)<br>Ariel, in you example:<br><div class="gmail_extra"><div class="gmail_quote"><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div><div><div class="gmail_quote"><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div class="gmail_extra"><div class="gmail_quote"><br><div>transform_streamlines(transform_streamlines(transform_streamlines(sl, affine), warp_field), np.linalg.inv(affine))</div><div><br></div></div></div></div></blockquote></div></div></div></blockquote><div><br></div><div>in what coordinate system are the streamlines `sl` originally? are they in the subject's image (voxel units) or in the subject's physical space (mm. units)? I just would like to know what would be a typical use case for this.<span><font color="#888888"><br></font></span></div><span><font color="#888888"><div></div></font></span></div></div></div></blockquote><div><br></div><div>Streamlines are often saved in the subject's physical space (in mm). For example, see these notebooks: </div><div><br></div><div><a href="https://github.com/arokem/AFQ-notebooks/blob/master/DTI-tracking.ipynb">https://github.com/arokem/AFQ-notebooks/blob/master/DTI-tracking.ipynb</a></div><div><a href="https://github.com/arokem/AFQ-notebooks/blob/master/AFQ-registration-callosum.ipynb">https://github.com/arokem/AFQ-notebooks/blob/master/AFQ-registration-callosum.ipynb</a></div><div><br></div><div>Here, only a linear transform is applied to the streamlines, because we are warping a callosum ROI into the subject's mean B0 space, but we might want to go in the opposite direction as well, warping the streamlines to the original ROI space.</div><div><br></div><div>By the way - do you have any insight as to why the callosum ROI in the latter notebook ends up with holes in it, when it is warped with the SyN warp field? </div><div><br></div><div>  </div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div class="gmail_extra"><div class="gmail_quote"><span><font color="#888888"><div> </div></font></span></div><span><font color="#888888">-- <br><div>"Cada quien es dueño de lo que calla y esclavo de lo que dice"<br>-Proverbio chino.<br>"We all are owners of what we keep silent and slaves of what we say"<br>-Chinese proverb.<br><br><a href="http://www.cimat.mx/~omar" target="_blank">http://www.cimat.mx/~omar</a><br></div>
</font></span></div></div>
<br>_______________________________________________<br>
Neuroimaging mailing list<br>
<a href="mailto:Neuroimaging@python.org" target="_blank">Neuroimaging@python.org</a><br>
<a href="https://mail.python.org/mailman/listinfo/neuroimaging" rel="noreferrer" target="_blank">https://mail.python.org/mailman/listinfo/neuroimaging</a><br>
<br></blockquote></div><br></div></div>