<div dir="ltr"><br><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Thu, Aug 13, 2015 at 9:40 AM, Jesus-Omar Ocegueda-Gonzalez <span dir="ltr"><<a href="mailto:jomaroceguedag@gmail.com" target="_blank">jomaroceguedag@gmail.com</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div>Nice examples!, thanks! =D<br><br></div><div>The 'apparent' holes within the ROI maybe normal artifacts of the nearest neighbor interpolation (we are looking at just one slice, so I'm not sure if there are callosum labels in front and behind too). If it is an isolated hole within the warped ROI, and the original ROI had no holes, then I need to investigate what happened because the topology must not change. Unfortunately, I cannot run the full example because I don't have the 'tools' module.</div></div></blockquote><div><br></div><div>One of those figures is a sum-projection through the volume. There really is a hole in the ROI (I also looked at it in 3D).</div><div><br></div><div>The 'tools' module is a one-function file in that repository: </div><div><br></div><div><a href="https://github.com/arokem/AFQ-notebooks/blob/master/tools.py" target="_blank">https://github.com/arokem/AFQ-notebooks/blob/master/tools.py</a> </div><div><br></div><div> </div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div></div></div><div><div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Thu, Aug 13, 2015 at 10:24 AM, Ariel Rokem <span dir="ltr"><<a href="mailto:arokem@gmail.com" target="_blank">arokem@gmail.com</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote"><span>On Thu, Aug 13, 2015 at 8:06 AM, Jesus-Omar Ocegueda-Gonzalez <span dir="ltr"><<a href="mailto:jomaroceguedag@gmail.com" target="_blank">jomaroceguedag@gmail.com</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr">Hi guys!, =)<br>Ariel, in you example:<br><div class="gmail_extra"><div class="gmail_quote"><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div><div><div class="gmail_quote"><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div class="gmail_extra"><div class="gmail_quote"><br><div>transform_streamlines(transform_streamlines(transform_streamlines(sl, affine), warp_field), np.linalg.inv(affine))</div><div><br></div></div></div></div></blockquote></div></div></div></blockquote><div><br></div><div>in what coordinate system are the streamlines `sl` originally? are they in the subject's image (voxel units) or in the subject's physical space (mm. units)? I just would like to know what would be a typical use case for this.<span><font color="#888888"><br></font></span></div><span><font color="#888888"><div></div></font></span></div></div></div></blockquote><div><br></div></span><div>Streamlines are often saved in the subject's physical space (in mm). For example, see these notebooks: </div><div><br></div><div><a href="https://github.com/arokem/AFQ-notebooks/blob/master/DTI-tracking.ipynb" target="_blank">https://github.com/arokem/AFQ-notebooks/blob/master/DTI-tracking.ipynb</a></div><div><a href="https://github.com/arokem/AFQ-notebooks/blob/master/AFQ-registration-callosum.ipynb" target="_blank">https://github.com/arokem/AFQ-notebooks/blob/master/AFQ-registration-callosum.ipynb</a></div><div><br></div><div>Here, only a linear transform is applied to the streamlines, because we are warping a callosum ROI into the subject's mean B0 space, but we might want to go in the opposite direction as well, warping the streamlines to the original ROI space.</div><div><br></div><div>By the way - do you have any insight as to why the callosum ROI in the latter notebook ends up with holes in it, when it is warped with the SyN warp field? </div><div><br></div><div>  </div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><span><div dir="ltr"><div class="gmail_extra"><div class="gmail_quote"><span><font color="#888888"><div> </div></font></span></div><span><font color="#888888">-- <br><div>"Cada quien es dueño de lo que calla y esclavo de lo que dice"<br>-Proverbio chino.<br>"We all are owners of what we keep silent and slaves of what we say"<br>-Chinese proverb.<br><br><a href="http://www.cimat.mx/~omar" target="_blank">http://www.cimat.mx/~omar</a><br></div>
</font></span></div></div>
<br></span><span>_______________________________________________<br>
Neuroimaging mailing list<br>
<a href="mailto:Neuroimaging@python.org" target="_blank">Neuroimaging@python.org</a><br>
<a href="https://mail.python.org/mailman/listinfo/neuroimaging" rel="noreferrer" target="_blank">https://mail.python.org/mailman/listinfo/neuroimaging</a><br>
<br></span></blockquote></div><br></div></div>
<br>_______________________________________________<br>
Neuroimaging mailing list<br>
<a href="mailto:Neuroimaging@python.org" target="_blank">Neuroimaging@python.org</a><br>
<a href="https://mail.python.org/mailman/listinfo/neuroimaging" rel="noreferrer" target="_blank">https://mail.python.org/mailman/listinfo/neuroimaging</a><br>
<br></blockquote></div><br><br clear="all"><br>-- <br><div>"Cada quien es dueño de lo que calla y esclavo de lo que dice"<br>-Proverbio chino.<br>"We all are owners of what we keep silent and slaves of what we say"<br>-Chinese proverb.<br><br><a href="http://www.cimat.mx/~omar" target="_blank">http://www.cimat.mx/~omar</a><br></div>
</div>
</div></div><br>_______________________________________________<br>
Neuroimaging mailing list<br>
<a href="mailto:Neuroimaging@python.org" target="_blank">Neuroimaging@python.org</a><br>
<a href="https://mail.python.org/mailman/listinfo/neuroimaging" rel="noreferrer" target="_blank">https://mail.python.org/mailman/listinfo/neuroimaging</a><br>
<br></blockquote></div><br></div></div>