<p dir="ltr">By the way my program uses freesurfer binaries to do the coregistration (and expects files organized in a freesurfer reconstruction). All of the MR/CT methods use mutual information registration. There are python tools that implement this type of algorithm but in my experience they were much more difficult to work with. Freesurfer's mutual information registration does some rather clever resampling which was much smarter than what I was able to hack together in nipy. </p>
<div class="gmail_quote">On Nov 21, 2015 3:08 PM, "Roan LaPlante" <<a href="mailto:rlaplant@nmr.mgh.harvard.edu">rlaplant@nmr.mgh.harvard.edu</a>> wrote:<br type="attribution"><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><p dir="ltr">Hi Chris,</p>
<p dir="ltr">I spent the better part of the last year writing a program in python that does exactly this and tweaking the methods to work better. </p>
<p dir="ltr">Take a look at <a href="http://github.com/aestrivex/gselu" target="_blank">http://github.com/aestrivex/gselu</a></p>
<p dir="ltr">best<br>
R</p>
<div class="gmail_quote">On Nov 21, 2015 2:51 PM, "Chris Holdgraf" <<a href="mailto:choldgraf@berkeley.edu" target="_blank">choldgraf@berkeley.edu</a>> wrote:<br type="attribution"><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div class="gmail_extra">Hey all - I'm in an electrocorticography lab that's trying to update the process we use for localizing electrodes on a patient's brain. Right now we get a pre-operative MRI, as well as a CT scan after electrodes have been implanted. In order to localize electrodes, we need to co-register the CT to the MRI and then define electrode locations on the CT.
</div><div class="gmail_extra"><br></div><div class="gmail_extra">Right now, all the tools I've seen for this are in Matlab. They generally use either Fieldtrip (e.g., <a href="http://www.fieldtriptoolbox.org/faq/how_can_i_place_electrodes_on_an_anatomical_ct_or_mr" target="_blank">this</a>) or some custom code that uses SPM / FSL under the hood.</div><div class="gmail_extra"><br></div><div class="gmail_extra">I am wondering if tools like this exist in python as well, or if we're restricted to using Matlab. Obviously some steps in the pipeline might be missing (e.g., selecting electrodes in a CT scan and applying a label to them), but if the other steps are there (e.g., co-registering a CT to an MRI etc) then I may try to spend time filling in the missing holes.</div><div class="gmail_extra"><br></div><div class="gmail_extra">Anyone know of good resources along these lines? I've been playing around with nibabel for I/O and pysurface for doing surface recons of our MRIs, but haven't found a good tool for co-registration etc.</div><div class="gmail_extra"><br></div><div class="gmail_extra">Any info is appreciated (and apologies if this is a naive question).</div><div class="gmail_extra"><br></div><div class="gmail_extra">Chris</div></div>
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