<div dir="ltr"><div class="gmail_default" style="font-family:tahoma,sans-serif">Hi Paulo,</div><div class="gmail_default" style="font-family:tahoma,sans-serif"><br></div><div class="gmail_default" style="font-family:tahoma,sans-serif">Thanks for your response. It seems that <span style="font-size:12.8px;font-family:arial,sans-serif">ConvertScalarImageToRGB reads a gray nifti and makes an RGB nifti (using ITK) with a certain colormap. The image I'm reading is a PNG file already RGB, as you can see in my code, so I think ANTS won't help here.</span></div><div class="gmail_default" style="font-family:tahoma,sans-serif"><span style="font-size:12.8px;font-family:arial,sans-serif"><br></span></div><div class="gmail_default" style="font-family:tahoma,sans-serif"><span style="font-size:12.8px;font-family:arial,sans-serif"><br></span></div><div class="gmail_default" style="font-family:tahoma,sans-serif"><span style="font-size:12.8px;font-family:arial,sans-serif">Cheers,</span></div><div class="gmail_default" style="font-family:tahoma,sans-serif"><span style="font-size:12.8px;font-family:arial,sans-serif"><br></span></div><div class="gmail_default" style="font-family:tahoma,sans-serif"><span style="font-size:12.8px;font-family:arial,sans-serif">Fernando</span></div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">2016-02-16 17:32 GMT+01:00 paulo rodrigues <span dir="ltr"><<a href="mailto:khamael@gmail.com" target="_blank">khamael@gmail.com</a>></span>:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr">Hi Fernando,<div><br></div><div>Did you have a look at ants? It has some tools for that kind of operations: check ConvertScalarImageToRGB</div><div><br></div><div>Cheers,</div><div>Paulo</div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote"><div><div class="h5">On Tue, Feb 16, 2016 at 5:05 PM, Fernando Pérez-García <span dir="ltr"><<a href="mailto:fepegar@gmail.com" target="_blank">fepegar@gmail.com</a>></span> wrote:<br></div></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div><div class="h5"><div dir="ltr"><div class="gmail_default" style="font-family:tahoma,sans-serif">Dear Nibabel experts,</div><div class="gmail_default" style="font-family:tahoma,sans-serif"><br></div><div class="gmail_default" style="font-family:tahoma,sans-serif">I'm trying to create an RGB nifti image from a PNG file. I've been messing around with a working RGB nifti, in order to mimic the datatype found in its header. So far I've managed to convert the image pixel-wise with for loops, which is very slow. Do you know how this could be done in a faster way?</div><div class="gmail_default" style="font-family:tahoma,sans-serif"><br></div><div class="gmail_default" style="font-family:tahoma,sans-serif"><br></div><div class="gmail_default" style="font-family:tahoma,sans-serif">My code:</div><div class="gmail_default" style="font-family:tahoma,sans-serif"><br></div><div class="gmail_default" style="font-family:tahoma,sans-serif"><div class="gmail_default">import numpy as np</div><div class="gmail_default">import Image</div><div class="gmail_default">import nibabel as nib</div><div class="gmail_default"><br></div></div><div class="gmail_default"><div class="gmail_default"><font face="tahoma, sans-serif">p = '/home/fernando/test/nii_rgb/TC1.png'</font></div><div class="gmail_default"><font face="tahoma, sans-serif">im = Image.open(p)</font></div><div class="gmail_default"><font face="tahoma, sans-serif"><br></font></div><div class="gmail_default"><font face="tahoma, sans-serif">data = np.array(im)</font></div><div class="gmail_default"><font face="tahoma, sans-serif">data = np.rot90(data)</font></div><div class="gmail_default"><font face="tahoma, sans-serif">rgb = np.zeros((data.shape[0], data.shape[1], 1, 1), [('R', 'u1'), ('G', 'u1'), ('B', 'u1')])</font></div><div class="gmail_default"><font face="tahoma, sans-serif"><br></font></div><div class="gmail_default"><font face="tahoma, sans-serif">for i in range(data.shape[0]):</font></div><div class="gmail_default"><font face="tahoma, sans-serif">    for j in range(data.shape[1]):</font></div><div class="gmail_default"><font face="tahoma, sans-serif">        rgb[i, j] = tuple(data[i, j, :])</font></div><div class="gmail_default"><font face="tahoma, sans-serif"><br></font></div><div class="gmail_default"><font face="tahoma, sans-serif">nii = nib.Nifti1Image(rgb, np.eye(4))</font></div><div class="gmail_default"><font face="tahoma, sans-serif">nib.save(nii, p.replace('png', 'nii'))</font></div></div><div class="gmail_default" style="font-family:tahoma,sans-serif"><br></div><div class="gmail_default" style="font-family:tahoma,sans-serif"><br></div><div class="gmail_default" style="font-family:tahoma,sans-serif"><br></div><div class="gmail_default" style="font-family:tahoma,sans-serif">Thanks in advance,</div><div class="gmail_default" style="font-family:tahoma,sans-serif"><br></div><div class="gmail_default" style="font-family:tahoma,sans-serif">Fernando</div></div>
<br></div></div>_______________________________________________<br>
Neuroimaging mailing list<br>
<a href="mailto:Neuroimaging@python.org" target="_blank">Neuroimaging@python.org</a><br>
<a href="https://mail.python.org/mailman/listinfo/neuroimaging" rel="noreferrer" target="_blank">https://mail.python.org/mailman/listinfo/neuroimaging</a><br>
<br></blockquote></div><br></div>
<br>_______________________________________________<br>
Neuroimaging mailing list<br>
<a href="mailto:Neuroimaging@python.org">Neuroimaging@python.org</a><br>
<a href="https://mail.python.org/mailman/listinfo/neuroimaging" rel="noreferrer" target="_blank">https://mail.python.org/mailman/listinfo/neuroimaging</a><br>
<br></blockquote></div><br></div>