<div dir="ltr">Hi Kirstie,<div><br></div><div>What do the vtx_data, ctab, and names that you are passing look like?</div><div><br></div><div>Best,</div><div>Michael</div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Thu, Apr 14, 2016 at 2:57 PM, Kirstie Whitaker <span dir="ltr"><<a href="mailto:kw401@cam.ac.uk" target="_blank">kw401@cam.ac.uk</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div><div><div>Hi Pysurfer and Nibabel teams,<br><br></div>I have some code that is heavily stolen from the <a href="https://pysurfer.github.io/examples/plot_parc_values.html" target="_blank">Display ROI values</a> pysurfer example.<br><br></div>I'd like to be able to overlay the same ROI information in <a href="https://www.nitrc.org/projects/bnv/" target="_blank">BrainNet</a> (as they allow plotting a network on top of a freesurfer image and because my colleague already uses it!) and so I tried to use the <a href="http://nipy.org/nibabel/reference/nibabel.freesurfer.html#write-annot" target="_blank">write_annot</a> command in nibabel.<br><br></div>The command was (at the end of the example linked above)<br><br>nib.freesurfer.io.write_annot('output.annot', vtx_data, ctab, names)<br><div><div><div><div><br></div><div>Unfortunately this file does not load up in freeview. I have a feeling that's because I'm passing the wrong information to the write_annot command.<br><br></div><div>Any suggestions on what to do?<br><br></div><div>Thank you!<br></div><div>Kx<br></div><div><br><div><div>-- <br><div><div dir="ltr"><div>Kirstie Whitaker, PhD<br>Research Associate<br>
<br>Department of Psychiatry<br>University of Cambridge<br><br><b>Mailing Address</b><br>Brain Mapping Unit<br>
Department of Psychiatry<br>
Sir William Hardy Building <br>
Downing Street<br>
Cambridge CB2 3EB<br><br><b>Phone: </b><a href="tel:%2B44%207583%20535%20307" value="+447583535307" target="_blank">+44 7583 535 307</a><br></div><b>Website:</b> <a href="http://www.kirstiewhitaker.com" target="_blank">www.kirstiewhitaker.com</a><br></div></div>
</div></div></div></div></div></div></div>
<br>_______________________________________________<br>
Neuroimaging mailing list<br>
<a href="mailto:Neuroimaging@python.org">Neuroimaging@python.org</a><br>
<a href="https://mail.python.org/mailman/listinfo/neuroimaging" rel="noreferrer" target="_blank">https://mail.python.org/mailman/listinfo/neuroimaging</a><br>
<br></blockquote></div><br></div>