<div dir="ltr">Thank You <span style="font-size:12.8px">Samuel St-Jean! </span><div><span style="font-size:12.8px">I will Try the steps you mentioned....</span></div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Thu, Apr 28, 2016 at 9:30 PM,  <span dir="ltr"><<a href="mailto:neuroimaging-request@python.org" target="_blank">neuroimaging-request@python.org</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Send Neuroimaging mailing list submissions to<br>
        <a href="mailto:neuroimaging@python.org">neuroimaging@python.org</a><br>
<br>
To subscribe or unsubscribe via the World Wide Web, visit<br>
        <a href="https://mail.python.org/mailman/listinfo/neuroimaging" rel="noreferrer" target="_blank">https://mail.python.org/mailman/listinfo/neuroimaging</a><br>
or, via email, send a message with subject or body 'help' to<br>
        <a href="mailto:neuroimaging-request@python.org">neuroimaging-request@python.org</a><br>
<br>
You can reach the person managing the list at<br>
        <a href="mailto:neuroimaging-owner@python.org">neuroimaging-owner@python.org</a><br>
<br>
When replying, please edit your Subject line so it is more specific<br>
than "Re: Contents of Neuroimaging digest..."<br>
<br>
<br>
Today's Topics:<br>
<br>
   1. Re: Contribute to cortical surface parcellation<br>
      (Eleftherios Garyfallidis)<br>
   2. post-doc position at Indiana University (Cheng, Hu)<br>
   3. Regarding PIESNO Paper by Koay (Vivek Joshi)<br>
   4. Re: Regarding PIESNO Paper by Koay (Samuel St-Jean)<br>
<br>
<br>
----------------------------------------------------------------------<br>
<br>
Message: 1<br>
Date: Wed, 27 Apr 2016 17:24:23 +0000<br>
From: Eleftherios Garyfallidis <<a href="mailto:garyfallidis@gmail.com">garyfallidis@gmail.com</a>><br>
To: Neuroimaging analysis in Python <<a href="mailto:neuroimaging@python.org">neuroimaging@python.org</a>><br>
Subject: Re: [Neuroimaging] Contribute to cortical surface<br>
        parcellation<br>
Message-ID:<br>
        <CAN6JmWMnNGnoqjRy+qxkc=<a href="mailto:KqqPHo1F0jcnOMNZ1nuBNMEpjE7Q@mail.gmail.com">KqqPHo1F0jcnOMNZ1nuBNMEpjE7Q@mail.gmail.com</a>><br>
Content-Type: text/plain; charset="utf-8"<br>
<br>
Hi Brahim,<br>
<br>
Apart from the information that Ariel asked I would like to tell you that<br>
there is no problem adding your algorithm in DIPY. But it would be great if<br>
you could generate a probabilistic nifti files from our existing<br>
probabilistic tracking algorithms rather that requiring always FSL files.<br>
This would make your method available to much larger range of input<br>
methods. But let's go step by step. Please send us your reference paper if<br>
you have already something submitted.<br>
<br>
It is also important for us to know if you are willing to help maintaining<br>
your code and fixing bugs let's say for at least 2 years after your code is<br>
merged. Maintenance is time consuming and we need to be sure that you can<br>
help with that.<br>
<br>
Let us know if you have other questions.<br>
<br>
Best regards,<br>
Eleftherios<br>
<br>
<br>
On Wed, Apr 27, 2016 at 10:42 AM Brahim Belaoucha <<a href="mailto:brahim.belaoucha@inria.fr">brahim.belaoucha@inria.fr</a>><br>
wrote:<br>
<br>
> Good morning,<br>
> I am sending you this email to ask if it is possible to include my code<br>
> that uses the probabilistic tractography results to parcellate the cortical<br>
> surface using different metrics.<br>
> my code now uses the results of FSL proba ilistic tractography (.nii.gz<br>
> images).<br>
><br>
><br>
> --<br>
> ---<br>
> Sincerely<br>
> Brahim Belaoucha<br>
><br>
> PhD Student<br>
> Athena Project Team<br>
> Inria Sophia Antipolis - M?diterran?e<br>
> <a href="http://www-sop.inria.fr/athena/" rel="noreferrer" target="_blank">http://www-sop.inria.fr/athena/</a><br>
> Phone: (+33) 4-9238-7557<br>
> [image: inr_logo_corpo_UK_coul.png]<br>
><br>
> _______________________________________________<br>
> Neuroimaging mailing list<br>
> <a href="mailto:Neuroimaging@python.org">Neuroimaging@python.org</a><br>
> <a href="https://mail.python.org/mailman/listinfo/neuroimaging" rel="noreferrer" target="_blank">https://mail.python.org/mailman/listinfo/neuroimaging</a><br>
><br>
-------------- next part --------------<br>
An HTML attachment was scrubbed...<br>
URL: <<a href="http://mail.python.org/pipermail/neuroimaging/attachments/20160427/b2e61289/attachment-0001.html" rel="noreferrer" target="_blank">http://mail.python.org/pipermail/neuroimaging/attachments/20160427/b2e61289/attachment-0001.html</a>><br>
-------------- next part --------------<br>
A non-text attachment was scrubbed...<br>
Name: inr_logo_corpo_UK_coul.png<br>
Type: image/png<br>
Size: 6535 bytes<br>
Desc: not available<br>
URL: <<a href="http://mail.python.org/pipermail/neuroimaging/attachments/20160427/b2e61289/attachment-0001.png" rel="noreferrer" target="_blank">http://mail.python.org/pipermail/neuroimaging/attachments/20160427/b2e61289/attachment-0001.png</a>><br>
<br>
------------------------------<br>
<br>
Message: 2<br>
Date: Wed, 27 Apr 2016 20:06:51 +0000<br>
From: "Cheng, Hu" <<a href="mailto:hucheng@indiana.edu">hucheng@indiana.edu</a>><br>
To: "<a href="mailto:neuroimaging@python.org">neuroimaging@python.org</a>" <<a href="mailto:neuroimaging@python.org">neuroimaging@python.org</a>><br>
Subject: [Neuroimaging] post-doc position at Indiana University<br>
Message-ID:<br>
        <<a href="mailto:54bc58c54cbb42138fb408d133159baa@in-cci-exch08.ads.iu.edu">54bc58c54cbb42138fb408d133159baa@in-cci-exch08.ads.iu.edu</a>><br>
Content-Type: text/plain; charset="us-ascii"<br>
<br>
Dear all,<br>
<br>
We are seeking a motivated individual to work on the methodology development in neuroimaging as a post-doc/research scientist. The position starts in July 2016. The description of the position is attached.<br>
<br>
Hu Cheng, Ph.D., DABMP<br>
MRI Physicist, Imaging Research Facility<br>
Department of Psychological and Brain Sciences<br>
Adjunct Professor, Department of Physics<br>
Indiana University<br>
Bloomington, IN 47405<br>
Tel. 812-856-2518<br>
Fax. 812-855-4691<br>
<br>
-------------- next part --------------<br>
An HTML attachment was scrubbed...<br>
URL: <<a href="http://mail.python.org/pipermail/neuroimaging/attachments/20160427/b97bb6ec/attachment-0001.html" rel="noreferrer" target="_blank">http://mail.python.org/pipermail/neuroimaging/attachments/20160427/b97bb6ec/attachment-0001.html</a>><br>
-------------- next part --------------<br>
A non-text attachment was scrubbed...<br>
Name: Postdoctoral position in Neuroimaging.docx<br>
Type: application/vnd.openxmlformats-officedocument.wordprocessingml.document<br>
Size: 14895 bytes<br>
Desc: Postdoctoral position in Neuroimaging.docx<br>
URL: <<a href="http://mail.python.org/pipermail/neuroimaging/attachments/20160427/b97bb6ec/attachment-0001.docx" rel="noreferrer" target="_blank">http://mail.python.org/pipermail/neuroimaging/attachments/20160427/b97bb6ec/attachment-0001.docx</a>><br>
<br>
------------------------------<br>
<br>
Message: 3<br>
Date: Thu, 28 Apr 2016 13:14:33 +0530<br>
From: Vivek Joshi <<a href="mailto:vivekjoshi1894@gmail.com">vivekjoshi1894@gmail.com</a>><br>
To: <a href="mailto:neuroimaging@python.org">neuroimaging@python.org</a><br>
Subject: [Neuroimaging] Regarding PIESNO Paper by Koay<br>
Message-ID:<br>
        <CAMYkJfvYiTCN0dsbiWmkFCu4Ggq6egkfuGSxdJzu75Es_xKJ=<a href="mailto:A@mail.gmail.com">A@mail.gmail.com</a>><br>
Content-Type: text/plain; charset="utf-8"<br>
<br>
Respected Sir,<br>
                      My name is Vivek Joshi and i am doing a project on<br>
PIESNO by Koay for my final year project. We implemented the PIESNO code in<br>
python. But our Professor is asking us to identify the noise (whether<br>
rician or gaussian) present in mri images. So it would help me if you have<br>
any idea on how to identify noise. Please think about it.<br>
<br>
THANK YOU!!<br>
-------------- next part --------------<br>
An HTML attachment was scrubbed...<br>
URL: <<a href="http://mail.python.org/pipermail/neuroimaging/attachments/20160428/c6843c36/attachment-0001.html" rel="noreferrer" target="_blank">http://mail.python.org/pipermail/neuroimaging/attachments/20160428/c6843c36/attachment-0001.html</a>><br>
<br>
------------------------------<br>
<br>
Message: 4<br>
Date: Thu, 28 Apr 2016 13:36:06 +0200<br>
From: Samuel St-Jean <<a href="mailto:stjeansam@gmail.com">stjeansam@gmail.com</a>><br>
To: Neuroimaging analysis in Python <<a href="mailto:neuroimaging@python.org">neuroimaging@python.org</a>><br>
Subject: Re: [Neuroimaging] Regarding PIESNO Paper by Koay<br>
Message-ID:<br>
        <<a href="mailto:CAKADGuqbvubeL%2BBtkXeLuBB-7YLtz3fn1wxi2MOB59fi6uAhhA@mail.gmail.com">CAKADGuqbvubeL+BtkXeLuBB-7YLtz3fn1wxi2MOB59fi6uAhhA@mail.gmail.com</a>><br>
Content-Type: text/plain; charset="utf-8"<br>
<br>
As a first point, piesno actually works only (based on the math) for rician<br>
or non central chi distributed noise (which is what is commonly found in<br>
magnitude images in MRI) and correct for that case to get back an<br>
estimation of the standard deviation based on a single gaussian<br>
distribution. You could have a look at [1] to get a feeling of the various<br>
noise distribution encountered in most cases, as the gaussian case would<br>
only apply if you also collect phase data I'd say (or do fancy<br>
pre-processing scanner side, which is not commonly done by everyone).<br>
<br>
Anyway, to go more toward your question, you can have at [2] which gives<br>
method to estimate the number of coils of the acquisition. Although these<br>
require knowledge in the type of acquisition you have, it does lay some<br>
groundwork for ideas on how to estimate the noise from any acquisition. I<br>
also tried to implement the method of [3] (probably have some code lying<br>
around if I look hard enough if you would want it) but found the estimation<br>
to not be inline with my simulations (could be also my quick<br>
implementation, I had nothing to compare against).<br>
<br>
Talking about implementation, if you want to validate/add features to it,<br>
there is alos another piesno implementation over here :<br>
<a href="https://github.com/nipy/dipy/blob/master/dipy/denoise/noise_estimate.py" rel="noreferrer" target="_blank">https://github.com/nipy/dipy/blob/master/dipy/denoise/noise_estimate.py</a><br>
<br>
This was validated against the original closed source code, but as you can<br>
see I used the precomputed tables from the article. If you also have the<br>
original equations implemented instead of the precomputed value it would be<br>
a great addition (since it requires 1D optimisation, I though it would be<br>
too slow to compute it each time, so you might also want to use these<br>
tables instead in that case.)<br>
<br>
Anyway, if you need more help feel free to ask back.<br>
<br>
Samuel<br>
<br>
[1] Dietrich et al. 2008 Measurement of signal-to-noise ratios in MR<br>
images: Influence of multichannel coils, parallel imaging, and<br>
reconstruction filters<br>
[2] Aja-Fern?ndez, S., Vegas-S?nchez-Ferrero, G., Trist?n-Vega, A., 2014.<br>
Noise estimation in parallel MRI: GRAPPA and SENSE. Magnetic resonance<br>
imaging 32, 281?90.<br>
[3] Veraart et al. 2013 Comprehensive framework for accurate diffusion MRI<br>
parameter estimation<br>
<br>
2016-04-28 9:44 GMT+02:00 Vivek Joshi <<a href="mailto:vivekjoshi1894@gmail.com">vivekjoshi1894@gmail.com</a>>:<br>
<br>
> Respected Sir,<br>
>                       My name is Vivek Joshi and i am doing a project on<br>
> PIESNO by Koay for my final year project. We implemented the PIESNO code in<br>
> python. But our Professor is asking us to identify the noise (whether<br>
> rician or gaussian) present in mri images. So it would help me if you have<br>
> any idea on how to identify noise. Please think about it.<br>
><br>
> THANK YOU!!<br>
><br>
> _______________________________________________<br>
> Neuroimaging mailing list<br>
> <a href="mailto:Neuroimaging@python.org">Neuroimaging@python.org</a><br>
> <a href="https://mail.python.org/mailman/listinfo/neuroimaging" rel="noreferrer" target="_blank">https://mail.python.org/mailman/listinfo/neuroimaging</a><br>
><br>
><br>
-------------- next part --------------<br>
An HTML attachment was scrubbed...<br>
URL: <<a href="http://mail.python.org/pipermail/neuroimaging/attachments/20160428/967f4b71/attachment-0001.html" rel="noreferrer" target="_blank">http://mail.python.org/pipermail/neuroimaging/attachments/20160428/967f4b71/attachment-0001.html</a>><br>
<br>
------------------------------<br>
<br>
Subject: Digest Footer<br>
<br>
_______________________________________________<br>
Neuroimaging mailing list<br>
<a href="mailto:Neuroimaging@python.org">Neuroimaging@python.org</a><br>
<a href="https://mail.python.org/mailman/listinfo/neuroimaging" rel="noreferrer" target="_blank">https://mail.python.org/mailman/listinfo/neuroimaging</a><br>
<br>
<br>
------------------------------<br>
<br>
End of Neuroimaging Digest, Vol 11, Issue 21<br>
********************************************<br>
</blockquote></div><br></div>