<div dir="ltr"><div><div><div><div><div><div>Dear Eleftherios,<br></div>thanks for the suggestion.<br><br></div>Uninstalling MinGW ports me back to the original error of the thread:<br><span style="font-size:12.8px"><span style="font-family:monospace,monospace">File: "C:\Anaconda3\lib\distutils\</span><span style="font-family:monospace,monospace">cygwinccompiler.py", line 126, __init__<br>if self.ld_version >= "2.10.90":<br>TypeError: unorderable types: NoneType() >= str()</span></span><i style="font-size:12.8px"><br><br></i></div><span style="font-size:12.8px">I agree that no extra compiler should be necessary, but one of the links Ariel suggested was pointing in that direction.<br><br></span></div><span style="font-size:12.8px">Anyway, yes, let's see if we can solve it through a hangout and come back to the list with the solution.<br><br></span></div><span style="font-size:12.8px">Sincerely,<br></span></div><span style="font-size:12.8px">JON HAITZ<br><br></span><div><div><div><div><span style="font-size:12.8px"><br><br></span><div><div><div class="gmail_extra"><div><div class="gmail_signature" data-smartmail="gmail_signature"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><table style="color:rgb(0,0,0);font-family:'Times New Roman';font-size:medium" align="center" border="0" cellpadding="0" cellspacing="0"><tbody><tr><td><br></td></tr></tbody></table></div></div></div></div></div><div class="gmail_quote">On 1 June 2016 at 00:39, Eleftherios Garyfallidis <span dir="ltr"><<a href="mailto:garyfallidis@gmail.com" target="_blank">garyfallidis@gmail.com</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr">Hi Jon,<div><br></div><div>When I develop DIPY using Anaconda in Windows I don't think I need to install a compiler separately. Anaconda is coming with its own MinGW compiler. Could it be that you are adding an extra compiler when it is not necessary?</div><div><br></div><div>Also I 'll be happy to hangout and help you with your installation problem. Send me an e-mail off the list please to arrange a meeting.</div><div><br></div><div>Cheers,</div><div>Eleftherios</div><div><br></div><div><br></div></div><div class="HOEnZb"><div class="h5"><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr">On Tue, May 31, 2016 at 5:34 PM Jon Haitz Legarreta <<a href="mailto:jhlegarreta@vicomtech.org" target="_blank">jhlegarreta@vicomtech.org</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div><div><div><div>Hi Greg,<br></div>using the virtual env I'm able to run the examples without major issues. Indeed, for the virtual env I downloaded the conda-forge dipy package.<br><br></div>But my intent is to build from the latest source.<br><br></div>Thanks,<br></div>JON HAITZ</div><div dir="ltr"><br><br><div class="gmail_extra"><br clear="all"><div><div data-smartmail="gmail_signature"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><br></div></div></div></div></div>
<br><div class="gmail_quote">On 31 May 2016 at 22:01, Gregory Lee <span dir="ltr"><<a href="mailto:grlee77@gmail.com" target="_blank">grlee77@gmail.com</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div><div><div>Hi Jon,<br><br></div>Do you need to build from the lastest source or are you just trying to install a working version to run examples?  If the later, it may be worth trying the pre-built conda packages Ariel recently created at conda-forge.  To install:<br><br></div>conda install -c conda-forge dipy<br><br></div><div>- Greg<br></div></div><div><div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Tue, May 31, 2016 at 2:58 PM, Jon Haitz Legarreta <span dir="ltr"><<a href="mailto:jhlegarreta@vicomtech.org" target="_blank">jhlegarreta@vicomtech.org</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div><div><div><div><div>Dear Eleftherios,<br></div>thanks for the follow-up.<br><br></div>No, I did not contact the Anaconda developers, since I was a little bit lost in the messages/source problem. But if your guess is that it is more likely an Anaconda problem, I will contact them and let you know.<br><br></div>On the other hand, you are right; I installed Anaconda, then tried to set up dipy for development.<br><br>Also I have a virtual environment where I downloaded the dipy dependencies. I do not know if the latter step can be avoided or else, whether one can be substituted by the other: i.e. and whether when one installs dipy for development from sources, dipy scripts take care of putting in place the necessary packages. I just thought that creating a virtual env with just the dipy dependencies would be cleaner for development (i.e. avoid clashes with other packages or repos, etc.)<br><br>Since one of the links posted suggested it, I installed MinGW, but had no other compiler installer on my machine.<br><br></div>Sincerely,<br></div>JON HAITZ<div><div><br><br><div><div><div><div><div><div><div><div class="gmail_extra"><br clear="all"><div><div data-smartmail="gmail_signature"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><table style="color:rgb(0,0,0);font-family:'Times New Roman';font-size:medium" align="center" border="0" cellpadding="0" cellspacing="0"><tbody><tr><td><table align="center" border="0" cellpadding="0"><tbody><tr><td><br></td></tr></tbody></table></td></tr></tbody></table></div></div></div></div></div>
<br><div class="gmail_quote">On 31 May 2016 at 00:16, Eleftherios Garyfallidis <span dir="ltr"><<a href="mailto:garyfallidis@gmail.com" target="_blank">garyfallidis@gmail.com</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div>Hi Jon,</div><div><br></div><div>The error is not related to SSE or to OMP. Those are ommitted and then the compilation continues properly. The problem appears later. Here is the message</div><div><pre style="font-family:"courier new",courier,monospace,arial,sans-serif;font-size:14px;margin-top:0px;margin-bottom:0px;white-space:pre-wrap;word-wrap:break-word;line-height:normal">C:\Anaconda3\libs/python35.lib: error adding symbols: File format not recognized
collect2.exe: error: ld returned 1 exit status</pre></div>Have you contacted the Anaconda developers? This looks like a problem on their side.<div><br></div><div>Let us know what they said to you. Otherwise I wonder if this is a specific problem with Python 3 or if it affects also Python 2. You may want to try that too. The problem does look more likely to be related to the compiler used. </div><div><br></div><div>Am I correct to say that the only thing that you did was to install Anaconda and then pip install dipy? Did you have other compilers already installed in your system?</div><div><br></div><div>Best regards,</div><div>Eleftherios</div></div><div><div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr">On Mon, May 30, 2016 at 5:51 PM Jon Haitz Legarreta <<a href="mailto:jhlegarreta@vicomtech.org" target="_blank">jhlegarreta@vicomtech.org</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div><div><div><div><div><div>Dear Ariel,<br></div>thanks for your suggestion.<br><br></div>The patches in the link seem to help a little bit, but the process seems still to be unsuccessful: the MinGW gcc complains with the message:<br>gcc: error: /arch:SSE2: No such file or directory<br><br></div>Attached is the new log.<br><br></div>Again, googling was not of much help. I got bits and parts of related errors, but have no clear picture of the issue.<br><br></div>Any suggestion is appreciated.<br><br></div></div><div dir="ltr">JON HAITZ</div><div dir="ltr"><br><br><div><div><div><div><div><div><div><div><div class="gmail_extra"><br clear="all"><div><div data-smartmail="gmail_signature"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><table style="color:rgb(0,0,0);font-family:"Times New Roman";font-size:medium" align="center" border="0" cellpadding="0" cellspacing="0"><tbody><tr><td><br></td></tr><tr><td><table align="center" border="0" cellpadding="0"><tbody><tr><td><br></td></tr></tbody></table></td></tr></tbody></table></div></div></div></div></div>
<br><div class="gmail_quote">On 24 May 2016 at 01:08, Ariel Rokem <span dir="ltr"><<a href="mailto:arokem@gmail.com" target="_blank">arokem@gmail.com</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div dir="ltr"><br><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote"><span>On Mon, May 23, 2016 at 3:19 PM, Jon Haitz Legarreta <span dir="ltr"><<a href="mailto:jhlegarreta@vicomtech.org" target="_blank">jhlegarreta@vicomtech.org</a>></span> wrote:<br></span><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div><div><div><div><div>Hi there,<br></div><span>thank you Matthew and Ariel.<br><br></span></div><span>The link pointed by Ariel does not seem to be a solution; after having installed MinGW, as suggested in the link and although I'm aware it might be unnecessary, the Anaconda3 powershell still yields a similar error, now pointing to MSVC (which I do not have on my system):<br><br>  File "C:\Anaconda3\lib\distutils\cygwinccompiler.py", line 157, in __init__<br>    self.dll_libraries = get_msvcr()<br>  File "C:\Anaconda3\lib\distutils\cygwinccompiler.py", line 86, in get_msvcr<br>    raise ValueError("Unknown MS Compiler version %s " % msc_ver)<br>ValueError: Unknown MS Compiler version 1900<br><br></span></div></div></div></div></blockquote><div>Looks like maybe you ran into this corner case? </div><div><br></div><div><a href="http://stackoverflow.com/a/34427014/3532933" target="_blank">http://stackoverflow.com/a/34427014/3532933</a><br></div><div><div><div><br></div><div><br></div><div><br></div><div> </div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div><div>I'll try to investigate further, and will let you know.<br><br></div>Kind regards,<br></div>JON HAITZ<div><div><br><br><div><div><br></div></div><div class="gmail_extra"><br clear="all"><div><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><br></div></div></div></div></div>
<br><div class="gmail_quote">On 21 May 2016 at 16:55, Ariel Rokem <span dir="ltr"><<a href="mailto:arokem@gmail.com" target="_blank">arokem@gmail.com</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div dir="ltr">Hi Jon and Matthew, <div><br></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote"><div><div>On Sat, May 21, 2016 at 7:30 AM, Matthew Brett <span dir="ltr"><<a href="mailto:matthew.brett@gmail.com" target="_blank">matthew.brett@gmail.com</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">Hi,<br>
<div><div><br>
On Sat, May 21, 2016 at 9:18 AM, Jon Haitz Legarreta<br>
<<a href="mailto:jhlegarreta@vicomtech.org" target="_blank">jhlegarreta@vicomtech.org</a>> wrote:<br>
> Hi there,<br>
> has anybody experienced the issue below?<br>
><br>
> Thanks,<br>
> JON HAITZ<br>
><br>
><br>
><br>
><br>
> ---------- Forwarded message ----------<br>
> From: Jon Haitz Legarreta <<a href="mailto:jhlegarreta@vicomtech.org" target="_blank">jhlegarreta@vicomtech.org</a>><br>
> Date: 18 May 2016 at 19:10<br>
> Subject: [dipy] Issues trying to install dipy<br>
> To: <a href="mailto:neuroimaging@python.org" target="_blank">neuroimaging@python.org</a><br>
><br>
><br>
> Hi there,<br>
> I'm a newbie to dipy.<br>
><br>
> I was trying to follow the instructions in [1] to have dipy installed from<br>
> the source code, so that I could execute the dipy examples.<br>
><br>
> I'm using Windows 10 and Anaconda 3.<br>
><br>
> When trying to execute<br>
> python setup.py develop<br>
><br>
> the Anaconda prompt yields an error that says in the end:<br>
> File: "C:\Anaconda3\lib\distutils\cygwinccompiler.py", line 126, __init__<br>
> if self.ld_version >= "2.10.90":<br>
> TypeError: unorderable types: NoneType() >= str()<br>
><br>
> I've been googling for a solution without success.<br>
><br>
> I don't know whether this looks like Anaconda3 is trying to use cygwin<br>
> instead of mingw32, and whether that is the root cause.<br>
><br>
> In either case, does anyone know how to solve the issue?<br>
><br>
> Attached is the trace (it's short) of the error if this is of any help.<br>
><br>
><br>
> Thank you,<br>
> JON HAITZ<br>
><br>
><br>
> [1] <a href="http://nipy.org/dipy/installation.html#install-source-nix" rel="noreferrer" target="_blank">http://nipy.org/dipy/installation.html#install-source-nix</a><br>
<br>
</div></div>I'm sorry, I'm afraid I don't personally use Anaconda, so I have no<br>
experience of fixing compilation errors on Anaconda.   Ariel - have<br>
you come across this?<br></blockquote><div><br></div></div></div><div>And I don't personally use Windows...</div><div><br></div><div>Might this be helpful: </div><div><br></div><div><a href="http://stackoverflow.com/questions/24683305/python-cant-install-packages-typeerror-unorderable-types-nonetype-str" target="_blank">http://stackoverflow.com/questions/24683305/python-cant-install-packages-typeerror-unorderable-types-nonetype-str</a><br></div><div><br></div><div>It seems like it could be related, though it's all Greek to me.</div><div><br></div><div>Cheers, </div><span><font color="#888888"><div><br></div><div>Ariel </div></font></span><span><div> </div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">
You could also try on the anaconda support channels (issues, mailing<br>
list) - it may well be a general problem rather than one specific to<br>
dipy,<br>
<br>
Best,<br>
<br>
Matthew<br>
_______________________________________________<br>
Neuroimaging mailing list<br>
<a href="mailto:Neuroimaging@python.org" target="_blank">Neuroimaging@python.org</a><br>
<a href="https://mail.python.org/mailman/listinfo/neuroimaging" rel="noreferrer" target="_blank">https://mail.python.org/mailman/listinfo/neuroimaging</a><br>
</blockquote></span></div><br></div></div>
<br>_______________________________________________<br>
Neuroimaging mailing list<br>
<a href="mailto:Neuroimaging@python.org" target="_blank">Neuroimaging@python.org</a><br>
<a href="https://mail.python.org/mailman/listinfo/neuroimaging" rel="noreferrer" target="_blank">https://mail.python.org/mailman/listinfo/neuroimaging</a><br>
<br></blockquote></div><br></div></div></div></div>
<br>_______________________________________________<br>
Neuroimaging mailing list<br>
<a href="mailto:Neuroimaging@python.org" target="_blank">Neuroimaging@python.org</a><br>
<a href="https://mail.python.org/mailman/listinfo/neuroimaging" rel="noreferrer" target="_blank">https://mail.python.org/mailman/listinfo/neuroimaging</a><br>
<br></blockquote></div></div></div><br></div></div>
<br>_______________________________________________<br>
Neuroimaging mailing list<br>
<a href="mailto:Neuroimaging@python.org" target="_blank">Neuroimaging@python.org</a><br>
<a href="https://mail.python.org/mailman/listinfo/neuroimaging" rel="noreferrer" target="_blank">https://mail.python.org/mailman/listinfo/neuroimaging</a><br>
<br></blockquote></div><br></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div>
_______________________________________________<br>
Neuroimaging mailing list<br>
<a href="mailto:Neuroimaging@python.org" target="_blank">Neuroimaging@python.org</a><br>
<a href="https://mail.python.org/mailman/listinfo/neuroimaging" rel="noreferrer" target="_blank">https://mail.python.org/mailman/listinfo/neuroimaging</a><br>
</blockquote></div>
</div></div><br>_______________________________________________<br>
Neuroimaging mailing list<br>
<a href="mailto:Neuroimaging@python.org" target="_blank">Neuroimaging@python.org</a><br>
<a href="https://mail.python.org/mailman/listinfo/neuroimaging" rel="noreferrer" target="_blank">https://mail.python.org/mailman/listinfo/neuroimaging</a><br>
<br></blockquote></div><br></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div>
<br>_______________________________________________<br>
Neuroimaging mailing list<br>
<a href="mailto:Neuroimaging@python.org" target="_blank">Neuroimaging@python.org</a><br>
<a href="https://mail.python.org/mailman/listinfo/neuroimaging" rel="noreferrer" target="_blank">https://mail.python.org/mailman/listinfo/neuroimaging</a><br>
<br></blockquote></div><br></div>
</div></div><br>_______________________________________________<br>
Neuroimaging mailing list<br>
<a href="mailto:Neuroimaging@python.org" target="_blank">Neuroimaging@python.org</a><br>
<a href="https://mail.python.org/mailman/listinfo/neuroimaging" rel="noreferrer" target="_blank">https://mail.python.org/mailman/listinfo/neuroimaging</a><br>
<br></blockquote></div><br></div></div>
_______________________________________________<br>
Neuroimaging mailing list<br>
<a href="mailto:Neuroimaging@python.org" target="_blank">Neuroimaging@python.org</a><br>
<a href="https://mail.python.org/mailman/listinfo/neuroimaging" rel="noreferrer" target="_blank">https://mail.python.org/mailman/listinfo/neuroimaging</a><br>
</blockquote></div>
</div></div><br>_______________________________________________<br>
Neuroimaging mailing list<br>
<a href="mailto:Neuroimaging@python.org">Neuroimaging@python.org</a><br>
<a href="https://mail.python.org/mailman/listinfo/neuroimaging" rel="noreferrer" target="_blank">https://mail.python.org/mailman/listinfo/neuroimaging</a><br>
<br></blockquote></div><br></div></div></div></div></div></div></div></div>