<div dir="ltr"><div class="gmail_default" style="font-family:'trebuchet ms',sans-serif">Dear all, </div><div class="gmail_default" style="font-family:'trebuchet ms',sans-serif">I am having trouble saving nifti files using nibabel. This is a simple load - mask - save situation. However, when I save, the resultant image is only two values [min and max] of the original image (almost like a mask). Can you help me on this. I have added the code here. and a link to the three files as well. </div><div class="gmail_default" style="font-family:'trebuchet ms',sans-serif">Thanks a lot for the help. </div><div class="gmail_default" style="font-family:'trebuchet ms',sans-serif">Best regards, </div><div class="gmail_default" style="font-family:'trebuchet ms',sans-serif">Sulantha. </div><div class="gmail_default" style="font-family:'trebuchet ms',sans-serif"><br></div><div class="gmail_default" style="font-family:'trebuchet ms',sans-serif">Files Link: <a href="https://drive.google.com/open?id=0B-TWCTRv7UM1a0hxaWotbjRSSUE">https://drive.google.com/open?id=0B-TWCTRv7UM1a0hxaWotbjRSSUE</a></div><div class="gmail_default" style="font-family:'trebuchet ms',sans-serif">Code:</div><div class="gmail_default" style="font-family:'trebuchet ms',sans-serif"><br></div><div class="gmail_default" style=""><font face="trebuchet ms, sans-serif">img = nibabel.load('I300779.nii')</font><br></div><div class="gmail_default" style=""><font face="trebuchet ms, sans-serif"><div class="gmail_default">imgData = img.get_data()</div><div class="gmail_default">mask = nibabel.load('FullBrain.nii')</div><div class="gmail_default">maskData = mask.get_data()</div><div class="gmail_default">maskedImgData = imgData[maskData>0.9]<br></div><div class="gmail_default"><div class="gmail_default">new_image = numpy.zeros(maskData.shape)</div><div class="gmail_default">new_image[maskData>0.9] = maskedImgData</div><div class="gmail_default">aff = mask.affine</div><div class="gmail_default">nibabel.save(nibabel.Nifti1Image(new_image, aff), 'I300779_m.nii')</div></div></font></div></div>