<div dir="ltr">Congratulations on the hard work!</div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">2016-08-22 23:40 GMT-04:00 Matthew Brett <span dir="ltr"><<a href="mailto:matthew.brett@gmail.com" target="_blank">matthew.brett@gmail.com</a>></span>:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Hi,<br>
<br>
Welcome to the new 2.1 release of nibabel, the result of six months of<br>
hard work.<br>
<br>
Many thanks in particular to Ben, Marc-Alexandre Côté, Chris<br>
Markiewicz, Eric Larson, Gregory Lee and Erik Kastman for their large<br>
contributions to this release.<br>
<br>
A special shout-out to those of you doing code-reviews, it's essential<br>
work, and not enough rewarded.  A special-special shout-out to Chris,<br>
Eric and Ben, and much thanks to Jean-Christophe Houde, Bago<br>
Amirbekian, Eleftherios Garyfallidis, Samuel St-Jean for their work<br>
reviewing Marc-Alexandre Côté's huge streamline format PR (see below).<br>
<br>
Here's the Changelog for your viewing pleasure:<br>
<br>
Most work on NiBabel so far has been by Matthew Brett (MB), Michael Hanke (MH)<br>
Ben Cipollini (BC), Marc-Alexandre Côté (MC), Chris Markiewicz (CM), Stephan<br>
Gerhard (SG) and Eric Larson (EL).<br>
<br>
References like "pr/298" refer to github pull request numbers.<br>
<br>
2.1 (Monday 22 August 2016)<br>
===========================<br>
<br>
New features<br>
------------<br>
<br>
* New API for managing streamlines and their different file formats. This<br>
  adds a new module ``nibabel.streamlines`` that will eventually deprecate<br>
  the current trackvis reader found in ``nibabel.trackvis`` (pr/391) (MC,<br>
  reviewed by Jean-Christophe Houde, Bago Amirbekian, Eleftherios<br>
  Garyfallidis, Samuel St-Jean, MB);<br>
* A prototype image viewer using matplotlib (pr/404) (EL, based on a<br>
  proto-prototype by Paul Ivanov) (Reviewed by Gregory R. Lee, MB);<br>
* Functions for image resampling and smoothing using scipy ndimage (pr/255)<br>
  (MB, reviewed by EL, BC);<br>
* Add ability to write FreeSurfer morphology data (pr/414) (CM, BC, reviewed<br>
  by BC);<br>
* Read and write support for DICOM tags in NIfTI Extended Header using<br>
  pydicom (pr/296) (Eric Kastman).<br>
<br>
Enhancements<br>
------------<br>
<br>
* Extensions to FreeSurfer module to fix reading and writing of FreeSurfer<br>
  geometry data (pr/460) (Alexandre Gramfort, Jaakko Leppäkangas, reviewed<br>
  by EL, CM, MB);<br>
* Various improvements to PAR / REC handling by Gregory R. Lee: supporting<br>
  multiple TR values (pr/429); output of volume labels (pr/427); fix for<br>
  some diffusion files (pr/426); option for more sophisticated sorting of<br>
  volumes (pr/409);<br>
* Original trackvis reader will now allow final streamline to have fewer<br>
  points than the number declared in the header, with ``strict=False``<br>
  argument to ``read`` function;<br>
* Helper function to return voxel sizes from an affine matrix (pr/413);<br>
* Fixes to DICOM multiframe reading to avoid assumptions on the position of<br>
  the multiframe index (pr/439) (Eric M. Baker);<br>
* More robust handling of "CSA" private information in DICOM files (pr/393)<br>
  (Brendan Moloney);<br>
* More explicit error when trying to read image from non-existent file<br>
  (pr/455) (Ariel Rokem);<br>
* Extension to `nib-ls` command to show image statistics (pr/437) and other<br>
  header files (pr/348) (Yarik Halchenko).<br>
<br>
Bug fixes<br>
---------<br>
<br>
* Fixes to rotation order to generate affine matrices of PAR / REC files (MB,<br>
  Gregory R Lee).<br>
<br>
Maintenance<br>
-----------<br>
<br>
* Dropped support for Pythons 2.6 and 3.2;<br>
* Comprehensive refactor and generalization of surface / GIFTI file support<br>
  with improved API and extended tests (pr/352-355, pr/360, pr/365, pr/403)<br>
  (BC, reviewed by CM, MB);<br>
* Refactor of image classes (pr/328, pr/329) (BC, reviewed by CM);<br>
* Better Appveyor testing on new Python versions (pr/446) (Ariel Rokem);<br>
* Fix shebang lines in scripts for correct install into virtualenvs via pip<br>
  (pr/434);<br>
* Various fixes for numpy, matplotlib, and PIL / Pillow compatibility (CM,<br>
  Ariel Rokem, MB);<br>
* Improved test framework for warnings (pr/345) (BC, reviewed by CM, MB);<br>
* New decorator to specify start and end versions for deprecation warnings<br>
  (MB, reviewed by CM);<br>
* Write qform affine matrix to NIfTI images output by ``parrec2nii`` (pr/478)<br>
  (Jasper J.F. van den Bosch, reviewed by Gregory R. Lee, MB).<br>
<br>
API changes and deprecations<br>
----------------------------<br>
<br>
* Minor API breakage in original (rather than new) trackvis reader. We are now<br>
  raising a ``DataError`` if there are too few streamlines in the file,<br>
  instead of a ``HeaderError``.  We are raising a ``DataError`` if the track<br>
  is truncated when ``strict=True`` (the default), rather than a ``TypeError``<br>
  when trying to create the points array.<br>
* Change sform code that ``parrec2nii`` script writes to NIfTI images; change<br>
  from 2 ("aligned") to 1 ("scanner");<br>
* Deprecation of ``get_header``, ``get_affine`` method of image objects for<br>
  removal in version 4.0;<br>
* Removed broken ``from_filespec`` method from image objects, and deprecated<br>
  ``from_filespec`` method of ECAT image objects for removal in 4.0;<br>
* Deprecation of ``class_map`` instance in ``imageclasses`` module in favor of<br>
  new image class attributes, for removal in 4.0;<br>
* Deprecation of ``ext_map`` instance in ``imageclasses`` module in favor of<br>
  new image loading API, for removal in 4.0;<br>
* Deprecation of ``Header`` class in favor of ``SpatialHeader``, for removal<br>
  in 4.0;<br>
* Deprecation of ``BinOpener`` class in favor of more generic ``Opener``<br>
  class, for removal in 4.0;<br>
* Deprecation of ``GiftiMetadata`` methods ``get_metadata`` and ``get_rgba``;<br>
  ``GiftiDataArray`` methods ``get_metadata``, ``get_labeltable``,<br>
  ``set_labeltable``; ``GiftiImage`` methods ``get_meta``, ``set_meta``.  All<br>
  these deprecated in favor of corresponding properties, for removal in 4.0;<br>
* Deprecation of ``giftiio`` ``read`` and ``write`` functions in favor of<br>
  nibabel ``load`` and ``save`` functions, for removal in 4.0;<br>
* Deprecation of ``gifti.data_tag`` function, for removal in 4.0;<br>
* Deprecation of write-access to ``GiftiDataArray.num_dim``, and new error<br>
  when trying to set invalid values for ``num_dim``.  We will remove<br>
  write-access in 4.0;<br>
* Deprecation of ``GiftiDataArray.from_array`` in favor of ``GiftiDataArray``<br>
  constructor, for removal in 4.0;<br>
* Deprecation of ``GiftiDataArray`` ``to_xml_open, to_xml_close`` methods in<br>
  favor of ``to_xml`` method, for removal in 4.0;<br>
* Deprecation of ``parse_gifti_fast.Outputter`` class in favor of<br>
  ``GiftiImageParser``, for removal in 4.0;<br>
* Deprecation of ``parse_gifti_fast.parse_<wbr>gifti_file`` function in favor of<br>
  ``GiftiImageParser.parse`` method, for removal in 4.0;<br>
* Deprecation of ``loadsave`` functions ``guessed_image_type`` and<br>
  ``which_analyze_type``, in favor of new API where each image class tests the<br>
  file for compatibility during load, for removal in 4.0;<br>
<br>
NGUNS, on behalf of all Nibabelers,<br>
<br>
Matthew<br>
______________________________<wbr>_________________<br>
Neuroimaging mailing list<br>
<a href="mailto:Neuroimaging@python.org">Neuroimaging@python.org</a><br>
<a href="https://mail.python.org/mailman/listinfo/neuroimaging" rel="noreferrer" target="_blank">https://mail.python.org/<wbr>mailman/listinfo/neuroimaging</a><br>
</blockquote></div><br></div>