<div dir="ltr">Hi Enes,<div><br></div><div>If you want to save the ODFs and then start tracking after we have some code which is still not in dipy/master but please feel free to use it. Here is the link <span style="line-height:1.5"><a href="https://github.com/Garyfallidis/dipy/blob/cbrain/dipy/io/peaks.py#L9">https://github.com/Garyfallidis/dipy/blob/cbrain/dipy/io/peaks.py#L9</a></span></div><div><br></div><div>Basically, the idea here is that you are saving the peaks object (with the ODFs included if you like) and then you can load it load later for doing tracking etc.</div><div><br></div><div>Cheers,</div><div>Eleftherios</div><div><br></div><div><br></div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr">On Fri, Aug 26, 2016 at 7:23 PM Ariel Rokem <<a href="mailto:arokem@gmail.com">arokem@gmail.com</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr">Hi Enes, <div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Fri, Aug 26, 2016 at 9:17 AM, Enes Albay - انس الباى <span dir="ltr"><<a href="mailto:albayenes@gmail.com" target="_blank">albayenes@gmail.com</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr">Hi everyone,<div><br></div></div></blockquote><div>Thanks for writing. </div></div></div></div><div dir="ltr"><div class="gmail_extra"><div class="gmail_quote"><div> </div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div></div><div>You know that computing ODF takes long time so, I want to save computed odf and reuse after it. What is the best way doing this in dipy? Is there any special way or can I use pickle for saving odf?</div><span><font color="#888888"><div><br></div></font></span></div></blockquote><div><br></div></div></div></div><div dir="ltr"><div class="gmail_extra"><div class="gmail_quote"><div>The most concise way to save these is using the spherical harmonic coefficients that are used to derive the ODF. Deriving the ODF from these coefficients anew is not nearly as time-consuming as computing these coefficients in the first place. I have been saving these as NiFTI files, because this allows me to save them alongside the spatial transformation of the data (the affine), so that doesn't get lost along the way.</div><div><br></div><div>Cheers, </div></div></div></div><div dir="ltr"><div class="gmail_extra"><div class="gmail_quote"><div><br></div><div>Ariel</div></div></div></div><div dir="ltr"><div class="gmail_extra"><div class="gmail_quote"><div> </div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr"><span><font color="#888888"><div></div><div><div><br></div>-- <br><div data-smartmail="gmail_signature"><div dir="ltr"><div style="text-align:left">Enes Albay</div></div></div>
</div></font></span></div>
<br>_______________________________________________<br>
Neuroimaging mailing list<br>
<a href="mailto:Neuroimaging@python.org" target="_blank">Neuroimaging@python.org</a><br>
<a href="https://mail.python.org/mailman/listinfo/neuroimaging" rel="noreferrer" target="_blank">https://mail.python.org/mailman/listinfo/neuroimaging</a><br>
<br></blockquote></div></div></div>
_______________________________________________<br>
Neuroimaging mailing list<br>
<a href="mailto:Neuroimaging@python.org" target="_blank">Neuroimaging@python.org</a><br>
<a href="https://mail.python.org/mailman/listinfo/neuroimaging" rel="noreferrer" target="_blank">https://mail.python.org/mailman/listinfo/neuroimaging</a><br>
</blockquote></div>