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<div class="WordSection1">
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D">Well, no.<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D"><o:p> </o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D">I usually work with a mix of 3D and 4D NIFTIs, and like that the 3D ones appear as 3D arrays instead of 4D (or 5D, 6D,…) with the extra axis having length 1.<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D"><o:p> </o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D">Also, if I select a volume from a 4D array, i.e.<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D">vol = data[…, t],<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D">it makes sense that I get a 3D array, just like selecting an element from a list of scalars gives you a scalar.<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D"><o:p> </o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D">I understand that there are two ways of looking at it, but I think overall things are better as is.<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D"><o:p> </o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D"> Rob<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D"><o:p> </o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D">--
<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D">Robert I. Reid, Ph.D. | Sr. Analyst/Programmer, Information Technology<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D">Aging and Dementia Imaging Research | Opus Center for Advanced Imaging Research<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D">Mayo Clinic | 200 First Street SW | Rochester, MN 55905 |
<a href="http://www.mayoclinic.org/">mayoclinic.org</a></span><span style="font-size:10.0pt;font-family:"Verdana","sans-serif";color:#1F497D"><o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D"><o:p> </o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><b><span style="font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma","sans-serif"">From:</span></b><span style="font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma","sans-serif""> Neuroimaging [mailto:neuroimaging-bounces+reid.robert=mayo.edu@python.org]
<b>On Behalf Of </b>paul mccarthy<br>
<b>Sent:</b> Thursday, September 01, 2016 4:15 AM<br>
<b>To:</b> Neuroimaging analysis in Python<br>
<b>Subject:</b> [Neuroimaging] 2D NIFTI images in nibabel<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<div>
<p class="MsoNormal">Howdy all,<o:p></o:p></p>
<div>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">Nibabel truncates the third dimension of a NIFTI image with dim3=1.<o:p></o:p></p>
<div>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
</div>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal">(boo) ws189:nifti2D paulmc$ fslinfo MNI152_T1_2mm_sliceXY.nii.gz<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">data_type INT16<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">dim1 91<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">dim2 109<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">dim3 1<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">dim4 1<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">datatype 4<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">pixdim1 2.000000<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">pixdim2 2.000000<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">pixdim3 2.000000<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">pixdim4 1.000000<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">cal_max 8000.0000<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">cal_min 3000.0000<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">file_type NIFTI-1+<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">(boo) ws189:nifti2D paulmc$ ipython<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">Python 2.7.11 (v2.7.11:6d1b6a68f775, Dec 5 2015, 12:54:16)<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">Type "copyright", "credits" or "license" for more information.<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">IPython 5.1.0 -- An enhanced Interactive Python.<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">? -> Introduction and overview of IPython's features.<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">%quickref -> Quick reference.<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">help -> Python's own help system.<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">object? -> Details about 'object', use 'object??' for extra details.<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">In [1]: import nibabel as nib<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">In [2]: i = nib.load('MNI152_T1_2mm_sliceXY.nii.gz')<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">In [3]: i.shape<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">Out[3]: (91, 109)<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">In [4]: i.header.get_zooms()<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">Out[4]: (2.0, 2.0)<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">In [5]:<o:p></o:p></p>
</div>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">Does anybody else think that this is a problem? <o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">Note that the dimensions for an image of e.g. size (91, 1, 91) will be preserved.<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">Cheers,<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">Paul<o:p></o:p></p>
</div>
</div>
</div>
</div>
</body>
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