<div dir="ltr">I'm a newbie but as I understood it is necessary to rotate the gradient vectors after motion correction.<div>However, as I heard from Jesper Andersson, using the rotated vectors in new FSL/Eddy (eddy_openmp) doesn't make a big difference (something around 0.1%).</div><div><br></div><div>I hope the other experienced users comment on this.</div><div><br></div><div>Mahmoud</div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Fri, Sep 16, 2016 at 12:44 PM, Francesco Sammartino <span dir="ltr"><<a href="mailto:docpatient@gmail.com" target="_blank">docpatient@gmail.com</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div style="font-family:tahoma,sans-serif;font-size:small" class="gmail_default"><p dir="ltr">Hi</p>
<p dir="ltr">Can you provide me with some theoretical references on distortion correction in diffusion imaging preprocessing? </p>
<p dir="ltr">I need to convert back to DICOM one dti scan after motion correction/distortion correction using flirt ecc.</p>
<p dir="ltr">Is that theoretically Ok if I rotate appropriately the gradients after applying the correction?</p>
<p dir="ltr">Thanks</p><span class="HOEnZb"><font color="#888888">
<p dir="ltr">Francesco Sammartino </p></font></span></div></div>
<br>______________________________<wbr>_________________<br>
Neuroimaging mailing list<br>
<a href="mailto:Neuroimaging@python.org">Neuroimaging@python.org</a><br>
<a href="https://mail.python.org/mailman/listinfo/neuroimaging" rel="noreferrer" target="_blank">https://mail.python.org/<wbr>mailman/listinfo/neuroimaging</a><br>
<br></blockquote></div><br></div>