<div dir="ltr">Unfortunately, no.<div>This is the first time I'm hearing someone wants to convert from Nifti to DICOM.</div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Fri, Sep 16, 2016 at 12:58 PM, Francesco Sammartino <span dir="ltr"><<a href="mailto:francesco.sammartino.nch@gmail.com" target="_blank">francesco.sammartino.nch@gmail.com</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div class="gmail_default" style="font-family:tahoma,sans-serif;font-size:small">Thank you a lot Mahmoud.<br><br></div><div class="gmail_default" style="font-family:tahoma,sans-serif;font-size:small">In my case I would need to apply a 9 dof transformation to allineate the DWI to the T1 so I assume I will need to rotate the vectors after. Did you ever heard of changing the original DICOM header files with the new gradients? Any possible problem with that?<br><br></div><div class="gmail_default" style="font-family:tahoma,sans-serif;font-size:small">Thanks<br></div></div><div class="gmail_extra"><br clear="all"><div><div data-smartmail="gmail_signature"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><i><b>Francesco Sammartino MD<br></b></i><br></div></div></div></div></div></div></div><div><div class="h5">
<br><div class="gmail_quote">On Fri, Sep 16, 2016 at 12:53 PM, Mahmoud <span dir="ltr"><<a href="mailto:zeydabadi@gmail.com" target="_blank">zeydabadi@gmail.com</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr">I'm a newbie but as I understood it is necessary to rotate the gradient vectors after motion correction.<div>However, as I heard from Jesper Andersson, using the rotated vectors in new FSL/Eddy (eddy_openmp) doesn't make a big difference (something around 0.1%).</div><div><br></div><div>I hope the other experienced users comment on this.</div><div><br></div><div>Mahmoud</div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote"><div><div>On Fri, Sep 16, 2016 at 12:44 PM, Francesco Sammartino <span dir="ltr"><<a href="mailto:docpatient@gmail.com" target="_blank">docpatient@gmail.com</a>></span> wrote:<br></div></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div><div><div dir="ltr"><div style="font-family:tahoma,sans-serif;font-size:small" class="gmail_default"><p dir="ltr">Hi</p>
<p dir="ltr">Can you provide me with some theoretical references on distortion correction in diffusion imaging preprocessing? </p>
<p dir="ltr">I need to convert back to DICOM one dti scan after motion correction/distortion correction using flirt ecc.</p>
<p dir="ltr">Is that theoretically Ok if I rotate appropriately the gradients after applying the correction?</p>
<p dir="ltr">Thanks</p><span><font color="#888888">
<p dir="ltr">Francesco Sammartino </p></font></span></div></div>
<br></div></div>______________________________<wbr>_________________<br>
Neuroimaging mailing list<br>
<a href="mailto:Neuroimaging@python.org" target="_blank">Neuroimaging@python.org</a><br>
<a href="https://mail.python.org/mailman/listinfo/neuroimaging" rel="noreferrer" target="_blank">https://mail.python.org/mailma<wbr>n/listinfo/neuroimaging</a><br>
<br></blockquote></div><br></div>
<br>______________________________<wbr>_________________<br>
Neuroimaging mailing list<br>
<a href="mailto:Neuroimaging@python.org" target="_blank">Neuroimaging@python.org</a><br>
<a href="https://mail.python.org/mailman/listinfo/neuroimaging" rel="noreferrer" target="_blank">https://mail.python.org/mailma<wbr>n/listinfo/neuroimaging</a><br>
<br></blockquote></div><br></div></div></div>
<br>______________________________<wbr>_________________<br>
Neuroimaging mailing list<br>
<a href="mailto:Neuroimaging@python.org">Neuroimaging@python.org</a><br>
<a href="https://mail.python.org/mailman/listinfo/neuroimaging" rel="noreferrer" target="_blank">https://mail.python.org/<wbr>mailman/listinfo/neuroimaging</a><br>
<br></blockquote></div><br></div>