<html>

  <head>

    <meta content="text/html; charset=windows-1252"

      http-equiv="Content-Type">

  </head>

  <body bgcolor="#FFFFFF" text="#000000">

    <div class="moz-cite-prefix">Dear Ioan -Andrei,<br>

      <br>

      You images are not spatially normalized, i.e. the position in mm

      does not correspond to MNI nor to Talairach coordinates.<br>

      They at least need a non-trivial trnslation to reach one of those

      coordinate ssytem; you probably want to revise the pipeline used

      to obtain these images.<br>

      Best,<br>

      <br>

      Bertrand <br>

      <br>

      On 25/10/2016 20:29, Ioan-Andrei Bārsan wrote:<br>

    </div>

    <blockquote

cite="mid:CADvQsh8HNoW6qyBHS1Y0D4XndJ5g2Lu2s6f5UxqyRO7GL0NPDA@mail.gmail.com"

      type="cite">

      <div dir="ltr">Dear members of the Python<span

          class="inbox-inbox-Apple-converted-space"> </span>Neuroimaging

        list,

        <div><br>

        </div>

        <div>I'm having some difficulties analyzing some MRI data using

          nilearn, and I would be very grateful for some pointers.<br>

          <div><br>

          </div>

          <div>I'm using nilearn (nipype==0.12.1). Right now, I'm

            working on visualizing some things, and later I plan on

            doing age predictions using regression.</div>

          <div><br>

          </div>

          <div>However, when I plot my own data using e.g.

            `nilearn.plotting.plot_glass_brain` I notice a strange

            offset. I've attached a screenshot showing what happens.

            This does not happen when using e.g. data from the sample

            OASIS dataset, in which case the brain aligns correctly with

            the template.</div>

          <div><br>

          </div>

          <div>Could it be that the images use different coordinate

            system conventions? I've read about MNI vs Talairach

            coordinates, and how they differ, but I'm not sure whether

            this really is the problem I'm having, or how I should

            proceed in order to gain more information.</div>

          <div><br>

          </div>

          <div>My .nii files 'headers don't seem to specify what kind of

            coordinates are being used. I've attached the contents of a

            sample header in case there's something there that I'm

            missing.</div>

          <div><br>

          </div>

          <div>I would be very grateful for some advice. Please let me

            know if I should provide any other information!</div>

          <div><br>

          </div>

          <div>Kind regards,</div>

          <div>Andrei Bārsan</div>

          <div><br>

            <img src="cid:part1.75778CC3.72B43DC9@inria.fr" alt="Screen

              Shot 2016-10-25 at 7.41.55 PM.png" class=""

              style="max-width: 100%; opacity: 1;"></div>

        </div>

      </div>

      <br>

      <fieldset class="mimeAttachmentHeader"></fieldset>

      <br>

      <pre wrap="">_______________________________________________

Neuroimaging mailing list

<a class="moz-txt-link-abbreviated" href="mailto:Neuroimaging@python.org">Neuroimaging@python.org</a>

<a class="moz-txt-link-freetext" href="https://mail.python.org/mailman/listinfo/neuroimaging">https://mail.python.org/mailman/listinfo/neuroimaging</a>

</pre>

    </blockquote>

    <p><br>

    </p>

  </body>

</html>