<div dir="ltr">Hi Benedikt,<br><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Mon, Jan 30, 2017 at 2:48 AM, Benedikt Wiestler <span dir="ltr"><<a href="mailto:b.wiestler@tum.de" target="_blank">b.wiestler@tum.de</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">Dear all,<br>
<br>
first of all thank you very much for making DiPy publicly available.<br>
I am new to Python and diffusion imaging (I have worked before with R and genetics), and have two (hopefully easy) questions:<br>
<br>
1) As input, I have a 4D nifti image with my B0 and B1000 images stacked. How can I run an affine registration (for motion / eddy correction) on this stack, using the first B0 image as fixed image and the remaining images (one after another) as moving images? Or do I have to split the stack first?<br>
2) How do I rotate the B-matrix after registration?<br></blockquote><div><br></div><div>This function will do that: <a href="https://github.com/nipy/dipy/blob/master/dipy/core/gradients.py#L265">https://github.com/nipy/dipy/blob/master/dipy/core/gradients.py#L265</a></div><div><br></div><div>Cheers, </div><div><br></div><div>Ariel</div><div> </div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">
Thanks a lot!<span class="gmail-HOEnZb"><font color="#888888"><br>
<br>
Benedikt<br>
-- <br>
Dr. med. Benedikt Wiestler<br>
Abteilung für Neuroradiologie<br>
Klinikum rechts der Isar, TU München<br>
Ismaninger Str. 22<br>
81675 München<br>
<br>
______________________________<wbr>_________________<br>
Neuroimaging mailing list<br>
<a href="mailto:Neuroimaging@python.org" target="_blank">Neuroimaging@python.org</a><br>
<a href="https://mail.python.org/mailman/listinfo/neuroimaging" rel="noreferrer" target="_blank">https://mail.python.org/mailma<wbr>n/listinfo/neuroimaging</a><br>
</font></span></blockquote></div><br></div></div>