<div dir="ltr">My understanding of the discussion above was that get_fdata() would lead to the same behavior as get_data() now.</div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Sat, Apr 22, 2017 at 7:15 PM, Ariel Rokem <span dir="ltr"><<a href="mailto:arokem@gmail.com" target="_blank">arokem@gmail.com</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr"><br><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote"><div><div class="h5">On Tue, Apr 18, 2017 at 8:01 AM, Matthew Brett <span dir="ltr"><<a href="mailto:matthew.brett@gmail.com" target="_blank">matthew.brett@gmail.com</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">Hi,<br>
<span class="m_-6616433273960383491gmail-"><br>
On Wed, Jul 22, 2015 at 3:53 PM, Satrajit Ghosh <<a href="mailto:satra@mit.edu" target="_blank">satra@mit.edu</a>> wrote:<br>
> hi matthew,<br>
><br>
>> I'm not sure what you mean by 'did not interpret this' unless you are<br>
>> agreeing with me that the niftiio library gives no clues as what the<br>
>> intention for the in-memory type was.  If anything I think that<br>
>> supports my reading that the authors had not considered the<br>
>> interpretation of "scl_slope != 0 -> in-memory float".<br>
><br>
><br>
> i simply meant they left any interpretation of how to scale or change of<br>
> in-memory data type to the end developer.<br>
><br>
>> I can surely attach the raw scalefactors to the array proxy (dataobj),<br>
><br>
><br>
> that would be great<br>
><br>
>><br>
>> but I think it's a terrible idea to use the scl_slope == 0 as an<br>
>> indication for in-memory type, because it's not a convention that (as<br>
>> far as I know) anyone else uses,<br>
><br>
><br>
> all the examples of the code bases i provided in fact leave the in-memory<br>
> type to be the same as the native dtype for scalefactors (0, X) and (1, 0).<br>
> i agree, that this is an implementation of the standard as interpreted by<br>
> those developers, similar to present nibabel. i do agree that nifti authors<br>
> had nothing to say about such an interpretation.<br>
<br>
</span>Following up on this one, much later - I have a new proposal, that I<br>
have written up here:<br>
<br>
<a href="https://github.com/nipy/nibabel/wiki/BIAP8" rel="noreferrer" target="_blank">https://github.com/nipy/nibabe<wbr>l/wiki/BIAP8</a><br>
<br>
Shortest possible summary:<br>
<br>
* add "get_fdata" method to images, returning floating point data;<br>
* deprecate "get_data" method in one year;<br>
* raise error for "get_data" method in three years.<br>
<br></blockquote><div><br></div></div></div><div>Just to clarify: after the removal of "get_data", what would a user need to do to produce the current behavior of a `get_data()` call? </div><div><br></div><div><span style="font-size:12.8px">Something like this was mentioned somewhere along this thread:</span></div><div><span style="font-size:12.8px"><br></span></div><div><span style="font-size:12.8px">data = img.dataobj.get_unscaled()</span><br></div><div><br></div><div>Is that it? </div><span class=""><div><br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">
This has the advantage that older code using nibabel will not silently<br>
return a different result, but will error, with an informative<br>
message, for the foreseeable future.<br>
<br>
Any thoughts on this version?<br>
<div class="m_-6616433273960383491gmail-HOEnZb"><div class="m_-6616433273960383491gmail-h5"><br>
Cheers,<br>
<br>
Matthew<br>
______________________________<wbr>_________________<br>
Neuroimaging mailing list<br>
<a href="mailto:Neuroimaging@python.org" target="_blank">Neuroimaging@python.org</a><br>
<a href="https://mail.python.org/mailman/listinfo/neuroimaging" rel="noreferrer" target="_blank">https://mail.python.org/mailma<wbr>n/listinfo/neuroimaging</a><br>
</div></div></blockquote></span></div><br></div></div>
<br>______________________________<wbr>_________________<br>
Neuroimaging mailing list<br>
<a href="mailto:Neuroimaging@python.org">Neuroimaging@python.org</a><br>
<a href="https://mail.python.org/mailman/listinfo/neuroimaging" rel="noreferrer" target="_blank">https://mail.python.org/<wbr>mailman/listinfo/neuroimaging</a><br>
<br></blockquote></div><br></div>