<div dir="ltr">Thank Richard,<div><br></div><div>Is there any way to modify this? The nii file would be better, but if not the code. I tried to follow the code of nibabel load function but I am geting lost.</div><div><br></div><div><br></div><div>Thanks</div><div><br></div><div><br></div><div>Bests,</div><div><br></div><div><br></div><div>Gabriel</div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Mon, Jul 24, 2017 at 2:50 PM, Reynolds, Richard C. (NIH/NIMH) [E] <span dir="ltr"><<a href="mailto:reynoldr@mail.nih.gov" target="_blank">reynoldr@mail.nih.gov</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">



<div>

<div id="m_-4812149757742157493divtagdefaultwrapper" style="font-size:12pt;color:#000000;font-family:Tahoma,Geneva,sans-serif" dir="ltr">
<p>Hi <span>Gabriel</span>,</p>
<p><br>
</p>
<p>The magic string in the header is stored as</p>
<p>"\0n+1", rather than "n+1\0".</p>
<p><br>
</p>
<p>- rick</p>
<p><br>
</p>
</div>
<hr style="display:inline-block;width:98%">
<div id="m_-4812149757742157493divRplyFwdMsg" dir="ltr"><font face="Calibri, sans-serif" style="font-size:11pt" color="#000000"><b>From:</b> Gabriel Reynés <<a href="mailto:greynell@gmail.com" target="_blank">greynell@gmail.com</a>><br>
<b>Sent:</b> Sunday, July 23, 2017 6:49:05 AM<br>
<b>To:</b> Neuroimaging analysis in Python<br>
<b>Subject:</b> Re: [Neuroimaging] nibabel: probelm reading a nii.gz</font>
<div> </div>
</div><div><div class="h5">
<div>
<div dir="ltr">Hi,
<div><br>
<div>I uploaded to drive the nii.gz and the unziped .nii. Here is the link to download:
<a href="https://drive.google.com/file/d/0B1t55gf3wT7fSURVemRaYVl2S0k/view?usp=sharing" target="_blank">
https://drive.google.com/file/<wbr>d/<wbr>0B1t55gf3wT7fSURVemRaYVl2S0k/<wbr>view?usp=sharing</a></div>
</div>
<div><br>
</div>
<div>Thanks for helping.</div>
<div><br>
</div>
<div>Bests,</div>
<div><br>
</div>
<div><br>
</div>
<div>Gabriel</div>
</div>
<div class="gmail_extra"><br>
<div class="gmail_quote">On Sun, Jul 23, 2017 at 12:16 AM, Matthew Brett <span dir="ltr">
<<a href="mailto:matthew.brett@gmail.com" target="_blank">matthew.brett@gmail.com</a>></span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
<div dir="auto">
<div>Hi,
<div dir="auto"><br>
</div>
Can you put the image somewhere where we/I can get it? </div>
<div dir="auto"><br>
</div>
<div dir="auto">Cheers, </div>
<div dir="auto"><br>
</div>
<div dir="auto">Matthew<br>
<div class="gmail_extra" dir="auto"><br>
<div class="gmail_quote">
<div>
<div class="m_-4812149757742157493h5">On 22 Jul 2017 18:31, "Gabriel Reynés" <<a href="mailto:greynell@gmail.com" target="_blank">greynell@gmail.com</a>> wrote:<br type="attribution">
</div>
</div>
<blockquote class="m_-4812149757742157493m_3856623612763146032quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
<div>
<div class="m_-4812149757742157493h5">
<div dir="ltr">Hello,
<div><br>
</div>
<div>I have some troubles reading a nii.gz with nibabel. I get the error: "nibabel.filebasedimages.Image<wbr>FileError: Cannot work out file type of"</div>
<div><br>
</div>
<div>So far I tried to unzip the file to a nii, but I did not achieve anything. The image is not corrupt as I can see it using ImageJ.</div>
<div>It only contains a mask, so maybe is lacking some field nibabel is searching for? I just need the mask to post-process the image, so I don't need any other field.</div>
<div><br>
</div>
<div>Any idea how to solve this problem?</div>
<div><br>
</div>
<div><span style="color:rgb(0,0,0);white-space:pre-wrap"><br>
</span></div>
<div><span style="color:rgb(0,0,0);white-space:pre-wrap">Thank you for your time,</span><br>
</div>
<div><br>
</div>
<div>Gabriel</div>
</div>
<br>
</div>
</div>
______________________________<wbr>_________________<br>
Neuroimaging mailing list<br>
<a href="mailto:Neuroimaging@python.org" target="_blank">Neuroimaging@python.org</a><br>
<a href="https://mail.python.org/mailman/listinfo/neuroimaging" rel="noreferrer" target="_blank">https://mail.python.org/mailma<wbr>n/listinfo/neuroimaging</a><br>
<br>
</blockquote>
</div>
<br>
</div>
</div>
</div>
<br>
______________________________<wbr>_________________<br>
Neuroimaging mailing list<br>
<a href="mailto:Neuroimaging@python.org" target="_blank">Neuroimaging@python.org</a><br>
<a href="https://mail.python.org/mailman/listinfo/neuroimaging" rel="noreferrer" target="_blank">https://mail.python.org/mailma<wbr>n/listinfo/neuroimaging</a><br>
<br>
</blockquote>
</div>
<br>
</div>
</div>
</div></div></div>

<br>______________________________<wbr>_________________<br>
Neuroimaging mailing list<br>
<a href="mailto:Neuroimaging@python.org">Neuroimaging@python.org</a><br>
<a href="https://mail.python.org/mailman/listinfo/neuroimaging" rel="noreferrer" target="_blank">https://mail.python.org/<wbr>mailman/listinfo/neuroimaging</a><br>
<br></blockquote></div><br></div>