<div dir="ltr">Hi Rodrigo,<div><br></div><div>Whole brain SLR is a great idea! Thank you for your question.<span class="inbox-inbox-Apple-converted-space"> </span> :)</div><div><br></div><div>Have in mind that nibabel.trackvis is the old API. Use nibabel.streamlines.load instead.</div><div><br></div><div>Can you please share with me (off the list) your trk files so that I can correct your</div><div>script? </div><div><br></div><div>A wild guess is that you are not loading the streamlines correctly.</div><div><br></div><div>Did you use DIPY to create those trks or another software?<br></div><div><br></div><div>Also, another suggestion is to run QuickBundles first to reduce the size of your</div><div>datasets. I mean before starting the SLR.</div><div><br></div><div>Here is a sample script (in one of my branches).</div><div><a href="https://github.com/Garyfallidis/dipy/blob/recobundles/dipy/workflows/align.py">https://github.com/Garyfallidis/dipy/blob/recobundles/dipy/workflows/align.py</a><br></div><div><br></div><div>We are working on making something similar available asap in master.</div><div><br></div><div>Best,</div><div>Eleftherios</div><div><br></div><div><br></div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr">On Thu, Sep 21, 2017 at 1:36 AM Perea Camargo, Rodrigo Dennis <<a href="mailto:RPEREACAMARGO@mgh.harvard.edu">RPEREACAMARGO@mgh.harvard.edu</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">



<div style="word-wrap:break-word">
Hi Eleftherios & DIPY community,
<div>I am trying to register two whole brain tracts as shown in your recent publication using the streamline-based linear registration. I am diving into Dipy now and I might have some problems loading the files or registering them. </div>
<div>Following your example ( <a href="http://nipy.org/dipy/examples_built/bundle_registration.html#example-bundle-registration" target="_blank">http://nipy.org/dipy/examples_built/bundle_registration.html#example-bundle-registration</a>), there are 2 issues
 that may arise when I try it. </div>
<div><br>
</div>
<div>1) How to load *.trk files is not shown in your example (it looks like you added to cingulum bundles from your dataset using the dipy.data value…) So I follow this tutorial (<a href="http://nipy.org/dipy/examples_built/streamline_formats.html" target="_blank">http://nipy.org/dipy/examples_built/streamline_formats.html</a> )
 to load the streamline and hdr but I am not sure if this is the format SLF() wants it in. </div>
<div><br>
</div>
<div>2) So then I try using the srr.optimize( ) function but I get the following problems (check below).</div>
<div><br>
</div>
<div>I hope you can help me. </div>
<div>Rodrigo</div>
<div><br>
</div>
<div><br>
</div>
<div>Here is my Jupyter notebook with the errors I found (any help will be greatly appreciate it):</div>
<div><br>
</div>
<div>
<div><img id="m_8864913011359172388F1AD9793-4DE9-41BC-A8E2-DFC5701FF72D" src="cid:E8007168-CC60-44C2-98D4-377B91D1A9D9@mgh.harvard.edu"></div>
</div>
<div><br>
</div>
<div><br>
</div>
<div><br>
</div>
<div><br>
</div>
<p></p>

<p>The information in this e-mail is intended only for the person to whom it is<br>
addressed. If you believe this e-mail was sent to you in error and the e-mail<br>
contains patient information, please contact the Partners Compliance HelpLine at<br>
<a href="http://www.partners.org/complianceline" target="_blank">http://www.partners.org/complianceline</a> . If the e-mail was sent to you in error<br>
but does not contain patient information, please contact the sender and properly<br>
dispose of the e-mail.</p></div>

_______________________________________________<br>
Neuroimaging mailing list<br>
<a href="mailto:Neuroimaging@python.org" target="_blank">Neuroimaging@python.org</a><br>
<a href="https://mail.python.org/mailman/listinfo/neuroimaging" rel="noreferrer" target="_blank">https://mail.python.org/mailman/listinfo/neuroimaging</a><br>
</blockquote></div>