<div dir="ltr">Hi Jorge,<div><br></div><div>In this simple example the data is specified with the second chunk:</div><div><br></div><div><pre style="font-family:Consolas,"Deja Vu Sans Mono","Bitstream Vera Sans Mono",monospace;font-size:0.95em;letter-spacing:0.015em;padding:0.5em;border:1px solid rgb(204,204,204);background-color:rgb(248,248,248);line-height:15.96px;color:rgb(0,0,0);font-style:normal;font-variant-ligatures:normal;font-variant-caps:normal;font-weight:400;text-align:left;text-indent:0px;text-transform:none;word-spacing:0px;text-decoration-style:initial;text-decoration-color:initial"><span class="gmail-sd" style="color:rgb(64,112,160);font-style:italic">"""</span>
<span class="gmail-sd" style="color:rgb(64,112,160);font-style:italic">Get a path to the overlay file.</span>
<span class="gmail-sd" style="color:rgb(64,112,160);font-style:italic">"""</span>
<span class="gmail-n">overlay_file</span> <span class="gmail-o" style="color:rgb(102,102,102)">=</span> <span class="gmail-s2" style="color:rgb(64,112,160)">"example_data/lh.sig.nii.gz"</span>
</pre><div><br></div>So you can load your own data similarly. As the example text notes, this specific example is for "when you already have a map of [your data] defined on the Freesurfer surface.</div><div><br></div><div>If you have volume data, it will need to be transformed to the surface to use pysurfer. There is <a href="https://pysurfer.github.io/auto_examples/plot_fmri_activation_volume.html">an example</a> that shows how to do that using a pysurfer function, or you can use your own method to put it on the surface and then follow the simpler example you linked to.</div><div><br></div><div>Hope that helps.</div><div>Michael<br><div><br></div><br class="gmail-Apple-interchange-newline"><br></div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Sat, Feb 3, 2018 at 10:08 AM, Jorge Rudas <span dir="ltr"><<a href="mailto:jrudascas@gmail.com" target="_blank">jrudascas@gmail.com</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr">Hi PySurfer experts,<div><br></div><div>I would like to have figures similar to Basic fMRI activation example as <a href="https://pysurfer.github.io/auto_examples/plot_fmri_activation.html#sphx-glr-auto-examples-plot-fmri-activation-py" target="_blank">here</a>.</div><div><br></div><div>How can use my own data for that?</div><div><br></div><div>Cheers!</div><span class="HOEnZb"><font color="#888888"><div><br></div><div><div><div class="m_2314673911205218209gmail_signature"><div dir="ltr"><b><i><font color="#c0c0c0">Jorge Rudas</font></i></b><div><br></div></div></div></div>
</div></font></span></div>
<br>______________________________<wbr>_________________<br>
Neuroimaging mailing list<br>
<a href="mailto:Neuroimaging@python.org">Neuroimaging@python.org</a><br>
<a href="https://mail.python.org/mailman/listinfo/neuroimaging" rel="noreferrer" target="_blank">https://mail.python.org/<wbr>mailman/listinfo/neuroimaging</a><br>
<br></blockquote></div><br></div>