<div dir="ltr"><div>Sorry if my messages were too sketchy.<br><br></div>I just gave it a try, using the "AAL2.nii" file provided in the spm aal2 toolbox.<br><br><div><div><br><br>In [1]: from nilearn.input_data import NiftiLabelsMasker<br>In [2]: a = NiftiLabelsMasker('AAL2.nii')<br>In [3]: import glob<br>In [4]: imgs = glob.glob('*.hdr')  # there are 5 analyze image files (3d) in my current directory<br>In [5]: b = a.fit_transform(imgs)<br>In [6]: b.shape<br>Out[6]: (5, 120)<br><br></div><div>So, the ouput is a matrix with 5 lines (the images) and 120 columns (the numbers of parcels, or rois, in the aal2 mask file; see <a href="https://github.com/spunt/bspmview/blob/master/supportfiles/AAL2_README.txt">https://github.com/spunt/bspmview/blob/master/supportfiles/AAL2_README.txt</a>)<br><br></div><div>I understood that this is what you were looking for to compute the averages and stdev of activities in each ROIs in the control group.<br></div><div><br></div><div><br></div></div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Wed, Feb 14, 2018 at 6:38 PM, Gael Varoquaux <span dir="ltr"><<a href="mailto:gael.varoquaux@normalesup.org" target="_blank">gael.varoquaux@normalesup.org</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Dear Gabriel,<br>
<br>
What is wrong with the code that Christophe gave in his email? It seems<br>
to me that it should work for your purpose.<br>
<br>
Indeed, the examples online are more set in the context of multivariate<br>
analysis, so I can understand why they are not obvious to link to your<br>
usecase.<br>
<br>
Best,<br>
<br>
Gaël<br>
<div class="HOEnZb"><div class="h5"><br>
On Wed, Feb 14, 2018 at 06:17:15PM +0100, Gabriel Reynés wrote:<br>
> Thanks,<br>
<br>
> I lost hours trying to fit the function NiftiLabelsMasker the the AAL atlas. I<br>
> do not know if I am performing an stupid mistake, but this function does not<br>
> seems to suit the task of labeling en atlas. The examples provided seems quite<br>
> oscure and dealing with another topic.<br>
<br>
> Is there another way around to perfrom the task of segmenting a brain based on<br>
> an atlas?<br>
<br>
> Thanks in advance!<br>
<br>
<br>
> Gabriel<br>
<br>
> On Wed, Feb 14, 2018 at 11:25 AM, Gabriel Reynés <<a href="mailto:greynell@gmail.com">greynell@gmail.com</a>> wrote:<br>
<br>
>     Dear Christophe  ,<br>
<br>
<br>
>     Thanks for your answer! I spent many hours triyng to figure the behaviour<br>
>     of NiftiLabelsMasker<br>
>     I do not understand how to iterate over each mask ROI.<br>
<br>
>     How one can iterate over each label of a masker?<br>
<br>
>     `# Obtain AAL Atlas<br>
>     aal = datasets.fetch_atlas_aal('<wbr>SPM12')<br>
>     aal_labels = aal.labels<br>
<br>
>     # Obtain mask<br>
>     masker = input_data.NiftiLabelsMasker(<wbr>aal.maps)<br>
<br>
>     # Input image to compute the mean value for each<br>
>     patient_img = image.load_img(path_nii)<br>
>     patient_img  = patient_img.get_data()<br>
<br>
>     # Fit the mask to the image<br>
>     masker_fit(patient_img)<br>
>     mask_img = masker_fit.mask_img_<br>
<br>
>     Thanks in advance,<br>
<br>
<br>
>     Gabriel<br>
<br>
<br>
<br>
<br>
<br>
<br>
</div></div><span class="im HOEnZb">> ______________________________<wbr>_________________<br>
> Neuroimaging mailing list<br>
> <a href="mailto:Neuroimaging@python.org">Neuroimaging@python.org</a><br>
> <a href="https://mail.python.org/mailman/listinfo/neuroimaging" rel="noreferrer" target="_blank">https://mail.python.org/<wbr>mailman/listinfo/neuroimaging</a><br>
<br>
<br>
--<br>
</span><span class="HOEnZb"><font color="#888888">    Gael Varoquaux<br>
    Senior Researcher, INRIA Parietal<br>
    NeuroSpin/CEA Saclay , Bat 145, 91191 Gif-sur-Yvette France<br>
    Phone:  <a href="tel:%2B%2B%2033-1-69-08-79-68" value="+33169087968">++ 33-1-69-08-79-68</a><br>
    <a href="http://gael-varoquaux.info" rel="noreferrer" target="_blank">http://gael-varoquaux.info</a>            <a href="http://twitter.com/GaelVaroquaux" rel="noreferrer" target="_blank">http://twitter.com/<wbr>GaelVaroquaux</a><br>
</font></span><div class="HOEnZb"><div class="h5">______________________________<wbr>_________________<br>
Neuroimaging mailing list<br>
<a href="mailto:Neuroimaging@python.org">Neuroimaging@python.org</a><br>
<a href="https://mail.python.org/mailman/listinfo/neuroimaging" rel="noreferrer" target="_blank">https://mail.python.org/<wbr>mailman/listinfo/neuroimaging</a><br>
</div></div></blockquote></div><br><br clear="all"><br>-- <br><div class="gmail_signature" data-smartmail="gmail_signature">--<br>Christophe Pallier <<a href="mailto:christophe@pallier.org" target="_blank">christophe@pallier.org</a>><br>INSERM-CEA Cognitive Neuroimaging Lab, Neurospin, bat 145,<br>91191 Gif-sur-Yvette Cedex, France<br>Tel: 00 33 1 69 08 79 34<br>Personal web site: <a href="http://www.pallier.org" target="_blank">http://www.pallier.org</a><br>Lab web site: <a href="http://www.unicog.org" target="_blank">http://www.unicog.org</a><br></div>
</div>