<div dir="ltr"><div>Oops ofr the bug. Thx.<br><br>Here were the parameters for SPM:<br><br>matlabbatch{1}.spm.temporal.st.nslices = 40;<br>matlabbatch{1}.<a href="http://spm.temporal.st.tr">spm.temporal.st.tr</a> = 1;<br>matlabbatch{1}.spm.temporal.st.ta = 0.975;<br>matlabbatch{1}.<a href="http://spm.temporal.st.so">spm.temporal.st.so</a> = [1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40];<br>matlabbatch{1}.spm.temporal.st.refslice = 1;<br><br></div>I though maybe I did the slice delay shifts in the wrong direction, so I modified the script to output two images, one with positive and one with negative shifts (as if one was acquired in ascending order and the other in descending order, but I applied the slice timing with 'ascending' to both) <br><div><br>The new script, the output files and the files with slice timing corrected are at:<br><br><a href="https://github.com/chrplr/slice-timing-check.git">https://github.com/chrplr/slice-timing-check.git</a><br><div><br></div></div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Thu, Feb 15, 2018 at 8:56 AM, Bertrand Thirion <span dir="ltr"><<a href="mailto:bertrand.thirion@inria.fr" target="_blank">bertrand.thirion@inria.fr</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div><div style="font-family:arial,helvetica,sans-serif;font-size:12pt;color:#000000"><div>Samll error: slices_times = linspace(0, TR - (TR / nz), nz)  # delays<br></div><div>Otherwise I'm surprised too. What parameters do you give to SPM12 ?<br></div><div><br></div><div>B</div><hr id="m_8702110578521920018zwchr"><blockquote style="border-left:2px solid #1010ff;margin-left:5px;padding-left:5px;color:#000;font-weight:normal;font-style:normal;text-decoration:none;font-family:Helvetica,Arial,sans-serif;font-size:12pt"><b>De: </b>"Christophe Pallier" <<a href="mailto:christophe@pallier.org" target="_blank">christophe@pallier.org</a>><br><b>À: </b>"Neuroimaging analysis in Python" <<a href="mailto:neuroimaging@python.org" target="_blank">neuroimaging@python.org</a>><br><b>Envoyé: </b>Mercredi 14 Février 2018 19:57:05<br><b>Objet: </b>[Neuroimaging] slice timing check<div><div class="h5"><br><div><br></div><div dir="ltr"><div>Hello,<br><div><br></div></div><div>I am trying to check various implementations of slice timing correction, including the pure python version in pypreprocess.<br><div><br></div></div><div>To this end, I have written a python script (attached) to generate a sinewave 'activation' pattern shifted along the z axis.<br><div><br></div></div><div>The result (`sinewave.nii`, included in the attached zip file) looks fine.<br><div><br></div></div><div>However, when I run the slicetiming correction with SPM (ot for that matter pypreprocess), with what I believe are the correct parameters, the delays of the various slices are not corrected as I would have expected (see asinewave.nii: I would have expected the z delays to be corrected and the image to be essentially uniform; the parameters for SPM are simply TR=1s, slice order=ascending; 40 slices)<br><div><br></div></div><div>I apologize because this is not really a Python question, but if I solve the issue, I may be able to convince colleagues that the pure python slice timing correction in pypreprocess is doing the right thing. So, basically, I hope that someone points out my mistake. <br><div><br></div></div><div>Best,<br><div><br></div></div><div><div><br>-- <br><div class="m_8702110578521920018gmail_signature">--<br>Christophe Pallier <<a href="mailto:christophe@pallier.org" target="_blank">christophe@pallier.org</a>><br>INSERM-CEA Cognitive Neuroimaging Lab, Neurospin, bat 145,<br>91191 Gif-sur-Yvette Cedex, France<br>Tel: 00 33 1 69 08 79 34<br>Personal web site: <a href="http://www.pallier.org" target="_blank">http://www.pallier.org</a><br>Lab web site: <a href="http://www.unicog.org" target="_blank">http://www.unicog.org</a><br></div></div></div></div><br></div></div>______________________________<wbr>_________________<br>Neuroimaging mailing list<br><a href="mailto:Neuroimaging@python.org" target="_blank">Neuroimaging@python.org</a><br><a href="https://mail.python.org/mailman/listinfo/neuroimaging" target="_blank">https://mail.python.org/<wbr>mailman/listinfo/neuroimaging</a><br></blockquote><div><br></div></div></div><br>______________________________<wbr>_________________<br>
Neuroimaging mailing list<br>
<a href="mailto:Neuroimaging@python.org">Neuroimaging@python.org</a><br>
<a href="https://mail.python.org/mailman/listinfo/neuroimaging" rel="noreferrer" target="_blank">https://mail.python.org/<wbr>mailman/listinfo/neuroimaging</a><br>
<br></blockquote></div><br><br clear="all"><br>-- <br><div class="gmail_signature" data-smartmail="gmail_signature">--<br>Christophe Pallier <<a href="mailto:christophe@pallier.org" target="_blank">christophe@pallier.org</a>><br>INSERM-CEA Cognitive Neuroimaging Lab, Neurospin, bat 145,<br>91191 Gif-sur-Yvette Cedex, France<br>Tel: 00 33 1 69 08 79 34<br>Personal web site: <a href="http://www.pallier.org" target="_blank">http://www.pallier.org</a><br>Lab web site: <a href="http://www.unicog.org" target="_blank">http://www.unicog.org</a><br></div>
</div>