<div dir="ltr"><div>If I understand correctly, you do not have the map as an image (analyze: img, hdr, ot nifti: nii), but only the values of a stat for suprathreshold voxels as a series of triplets (coordinates) and values.<br><br></div>It looks like you only have the SPM.mat file but it would be nicer to have the spmT*.{img,hdr} and con*.{img,hdr} files. Check first if you can have those. <br><div><div><br></div><div>If you only have the SPM.mat file, you could create a Niftiimage by creating a 3D numpy array and filling the voxels with the values.<br></div><div>Then, once you have the image, you will be able to use plot_glass_brain.<br><br></div><div>Hope this helps and is not too off the mark. <br></div><div><br></div></div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Tue, Apr 3, 2018 at 3:03 PM, Ruben Branco <span dir="ltr"><<a href="mailto:ruben.branco@di.fc.ul.pt" target="_blank">ruben.branco@di.fc.ul.pt</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Dear all,<br>
<br>
I was recently handed a task with a component which has to do with neuro imaging, completely left-field from my field, which is NLP. I have been trying to plot activation in the brain from fMRI data using the package Nilearn, but to no avail.<br>
<br>
The data structure is in an old format, SPM99, containing an array of vectors, each vector having 3 integers, which are the coordinates in voxel space for each voxel. I also have the affinity matrix and the activation values for each voxel. When trying to visualize it using glass brain plotting, I am unsure where to include activation and surprisingly, without even accounting for activation values, just providing the voxel data and the affinity matrix yields a single line, which seems like the way I am providing the image only accounts for one slice. Despite being an SPM99 image, I have tried to convert it to Nifti and the same line was the output.<br>
<br>
I was wondering whether anyone could spot the culprit in the process that is causing these issues and perhaps even pointing me in the right direction with relevant articles. The articles I have read regarding this issue and the specification of the Nifti format were unhelpful, perhaps(or definitely!) because of my inexperience with the field.<br>
<br>
I apologize if this sounds like a very naive plead of help, it's something I've never have dealt with before that's for sure!<br>
<br>
Thank you so much for your time,<br>
<br>
Ruben Branco<br>
University of Lisbon<br>
NLX - Natural Language and Speech Group, Department of Informatics<br>
Faculdade de Ciências<br>
<br>
______________________________<wbr>_________________<br>
Neuroimaging mailing list<br>
<a href="mailto:Neuroimaging@python.org" target="_blank">Neuroimaging@python.org</a><br>
<a href="https://mail.python.org/mailman/listinfo/neuroimaging" rel="noreferrer" target="_blank">https://mail.python.org/mailma<wbr>n/listinfo/neuroimaging</a><br>
</blockquote></div><br><br clear="all"><br>-- <br><div class="gmail_signature" data-smartmail="gmail_signature">--<br>Christophe Pallier <<a href="mailto:christophe@pallier.org" target="_blank">christophe@pallier.org</a>><br>INSERM-CEA Cognitive Neuroimaging Lab, Neurospin, bat 145,<br>91191 Gif-sur-Yvette Cedex, France<br>Tel: 00 33 1 69 08 79 34<br>Personal web site: <a href="http://www.pallier.org" target="_blank">http://www.pallier.org</a><br>Lab web site: <a href="http://www.unicog.org" target="_blank">http://www.unicog.org</a><br></div>
</div>