<div dir="auto">I'm pretty sure the OP means individual as opposed to mean over an ROI?<div dir="auto"><br></div><div dir="auto">So the beginning of the choose your own adventure is whether you understand numpy indexing. If so, you can easily grab a time series or a slice or whatever. Nibabel gives you the image as a numpy array, and if you're just getting started if encourage you to just grab each location / time series one at a time. See here:</div><div dir="auto"><br></div><div dir="auto"><a href="https://docs.scipy.org/doc/numpy-1.14.0/reference/arrays.indexing.html">https://docs.scipy.org/doc/numpy-1.14.0/reference/arrays.indexing.html</a><br></div><div dir="auto"><br></div><div dir="auto"><a href="http://nipy.org/nibabel/gettingstarted.html">http://nipy.org/nibabel/gettingstarted.html</a><br></div><div dir="auto"><br></div><div dir="auto">Cheers,</div><div dir="auto">Dav</div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr">On Sat, Apr 28, 2018, 3:42 AM Christophe Pallier <<a href="mailto:christophe@pallier.org" target="_blank" rel="noreferrer">christophe@pallier.org</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div><div>What do you mean 'preprocessed'?<br><br></div>You can extract time-series from the original EPI files (although if they are not corrected for movement and slice timing delays, it may not be a great idea).<br><br></div>Christophe<br></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Thu, Apr 26, 2018 at 10:39 AM, Рожнов Александр Сергеевич via Neuroimaging <span dir="ltr"><<a href="mailto:neuroimaging@python.org" rel="noreferrer noreferrer" target="_blank">neuroimaging@python.org</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Hello!<br>
<br>
My name is Alexander, I am student from Russia and I am interested in MRI  investigations. I am struggling with one problem which I can not solve for a long. Can you help me please?<br>
<br>
My aim is to obtain time series for each voxel in exact ROI. I have found methods which allow me to get one time serie for one ROI, but it is already preprocessed, what is not needed. Tell me please is there any way to solve this problem using implemented functions?<br>
<br>
Sincerely,<br>
Alexander Rozhnov<br>
_______________________________________________<br>
Neuroimaging mailing list<br>
<a href="mailto:Neuroimaging@python.org" rel="noreferrer noreferrer" target="_blank">Neuroimaging@python.org</a><br>
<a href="https://mail.python.org/mailman/listinfo/neuroimaging" rel="noreferrer noreferrer noreferrer" target="_blank">https://mail.python.org/mailman/listinfo/neuroimaging</a><br>
</blockquote></div><br><br clear="all"><br>-- <br><div class="m_-3781876208040863533m_7368066508601395621gmail_signature" data-smartmail="gmail_signature">--<br>Christophe Pallier <<a href="mailto:christophe@pallier.org" rel="noreferrer noreferrer" target="_blank">christophe@pallier.org</a>><br>INSERM-CEA Cognitive Neuroimaging Lab, Neurospin, bat 145,<br>91191 Gif-sur-Yvette Cedex, France<br>Tel: 00 33 1 69 08 79 34<br>Personal web site: <a href="http://www.pallier.org" rel="noreferrer noreferrer" target="_blank">http://www.pallier.org</a><br>Lab web site: <a href="http://www.unicog.org" rel="noreferrer noreferrer" target="_blank">http://www.unicog.org</a><br></div>
</div>
_______________________________________________<br>
Neuroimaging mailing list<br>
<a href="mailto:Neuroimaging@python.org" rel="noreferrer noreferrer" target="_blank">Neuroimaging@python.org</a><br>
<a href="https://mail.python.org/mailman/listinfo/neuroimaging" rel="noreferrer noreferrer noreferrer" target="_blank">https://mail.python.org/mailman/listinfo/neuroimaging</a><br>
</blockquote></div>