<div dir="ltr"><div dir="ltr"><div>Hi Ping,</div><div><br></div><div>The code that you find in my pull request was intended to be integrated in Dipy. However, I decided to stop developing a free water DKI model fitting in Dipy, because I noticed that this dramatically compromises both precision and accuracy of kurtosis estimates. </div><div><br></div><div>If you are interested in suppressing free water partial volume effect in your kurtosis measures, my alternative suggestion is to use the standard free water DTI Dipy's module to obtain a free water volume fraction map. Then you can use this map to remove the voxels of your kurtosis images that contain mostly free water (let's say f>0.5). This procedure will suppress the major free water partial volume contamination without compromising kurtosis precision and accuracy. </div><div><br></div><div>More information: <a href="https://github.com/ReScience-Archives/Henriques-Rokem-Garyfallidis-St-Jean-Peterson-Correia-2017/raw/master/article/Henriques-Rokem-Garyfallidis-St-Jean-Peterson-Correia-2017.pdf">[Re] Optimization of a free water elimination two-compartment model for diffusion tensor imaging</a>.</div><div><br></div><div>Best,</div><div><br></div><div>Rafael</div><div dir="ltr"><br></div><div dir="ltr">>> Hi DIPY users, <div>>> </div><div>>> I would like to know whether there is a FW-DKI module in DIPY. </div><div>>> I came across  Rafael's free water DKI, </div><div>>></div><div>>> <a href="https://github.com/RafaelNH/free-water-DKI/blob/master/fwDKI.py" target="_blank">https://github.com/RafaelNH/free-water-DKI/blob/master/fwDKI.py</a></div><div>>></div><div>>> Is this compatible with the current DIPY package? Any comments in using this >> module?</div><div>>></div><div>>> Thank you. </div><div>>></div><div>>> Ping</div></div></div></div>