<div><div dir="auto">Hi Romain,</div></div><div dir="auto"><br></div><div dir="auto">If it’s just to apply a deformation field, one easy way to go is to use scipy.ndimage.map_coordinates</div><div dir="auto"><br></div><div dir="auto">Cheers</div><div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr">On Wed 19 Sep 2018 at 14:26, valabregue <<a href="mailto:romain.valabregue@upmc.fr">romain.valabregue@upmc.fr</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Dear all<br>
<br>
Can anyone point me out some python library to apply non linear <br>
deformation to the image ?<br>
<br>
This is for data augmentation so I do not need to do a non linear <br>
registration, but just a way to apply a random smooth deformation field.<br>
<br>
Is there in nibabel support for reading deformation field (from spm or <br>
ants) and then to apply it ?<br>
<br>
<br>
Many thanks<br>
<br>
Romain<br>
<br>
_______________________________________________<br>
Neuroimaging mailing list<br>
<a href="mailto:Neuroimaging@python.org" target="_blank">Neuroimaging@python.org</a><br>
<a href="https://mail.python.org/mailman/listinfo/neuroimaging" rel="noreferrer" target="_blank">https://mail.python.org/mailman/listinfo/neuroimaging</a><br>
</blockquote></div></div>-- <br><div dir="ltr" class="gmail_signature" data-smartmail="gmail_signature"><div dir="ltr"><div><a href="https://sites.google.com/site/alexisroche" target="_blank">https://sites.google.com/site/alexisroche</a></div></div></div>