<div dir="ltr"><div>Hi everyone,</div><div>I am trying to change the sform of an image to those of another image and save the first image back as a nifti file.</div><div>To do so I do something in the line of</div><div>> import nipy as ni<br></div><div>> img_to_change = ni.load_image("my_image_to_change.nii")</div><div>
> ref_image = ni.load_image("my_ref_image.nii")

</div><div>> 
img_to_change

.metadata["header"]["sform_code"]  = ref_image

.metadata["header"]["sform_code"]  <br></div><div><br></div><div>When I wheck now the value of the sform code for the first image it is indeed equal to the value of the sform code in the reference image.</div><div>However, if I now save the first image with</div><div><br></div><div>>ni.save_image(img_to_change, "modified_img.nii")</div><div><br></div><div>load it back</div><div><br></div><div>>new_img = ni.load_image("modified_img.nii")</div><div><br></div><div>and check the sform code, this is as in the original image !</div><div><br></div><div>Am I missing something, is there a step that I skipping between changing the header of the first image and save it ?</div><div>Thank in advance</div><div><br></div><div>F.<br></div><div>-- <br><div dir="ltr" class="gmail_signature" data-smartmail="gmail_signature"><div dir="ltr">Federico Nemmi, PhD<br><br></div></div></div></div>