<div dir="ltr">Hi Ariel, <div><br></div><div> Thanks for the reply.</div><div>yeah, I went through the DWI volumes and it turned out the preprocessing steps failed with some void volumes. </div><div><br></div><div>Sorry for the false alarm.</div><div><br></div><div>Ping </div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">On Mon, Feb 11, 2019 at 6:29 PM Ariel Rokem <<a href="mailto:arokem@gmail.com">arokem@gmail.com</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left-width:1px;border-left-style:solid;border-left-color:rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div dir="ltr">Hi Ping, <div><br></div><div>Thanks for your email. I have not seen anything like this, so I can only speculate. Is there anything else that is unusual about this dataset? Does fitting DTI give you results that look reasonable? DKI is somewhat more sensitive to certain kinds of noise, so I would worry about a single or a few noisy volumes (e.g., a b0 volume that is corrupted by motion). Have you tried looking at every volume of this data?</div><div><br></div><div>Cheers, </div><div><br></div><div>Ariel</div><div><br></div><div><br></div><div><br></div><div><br></div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">On Mon, Feb 11, 2019 at 1:13 PM Ping-Hong Yeh <<a href="mailto:pinghongyeh@gmail.com" target="_blank">pinghongyeh@gmail.com</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left-width:1px;border-left-style:solid;border-left-color:rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr">Hi DIPY users, <div><br></div><div>Would you comment what could go wrong for DKI fitting of this mean kurtosis (MK) map using a three-shell DWI (b=3000,2000,1000)? </div><div>The values of MK map are all zero except those in the sulci and ventricles. </div><div><br></div><div>Here is the command I used, </div><div><div><span class="gmail-m_-3880937447946404536gmail-m_-5874416808232102235gmail-Apple-tab-span" style="white-space:pre-wrap">   </span>fwhm = 1.25</div><div><span class="gmail-m_-3880937447946404536gmail-m_-5874416808232102235gmail-Apple-tab-span" style="white-space:pre-wrap">       </span>gauss_std = fwhm / np.sqrt(8 * np.log(2))  # converting fwhm to Gaussian std</div><div><span class="gmail-m_-3880937447946404536gmail-m_-5874416808232102235gmail-Apple-tab-span" style="white-space:pre-wrap">     </span>data_smooth = np.zeros(data.shape)</div><div><span class="gmail-m_-3880937447946404536gmail-m_-5874416808232102235gmail-Apple-tab-span" style="white-space:pre-wrap">        </span>for v in range(data.shape[-1]):</div><div>    <span class="gmail-m_-3880937447946404536gmail-m_-5874416808232102235gmail-Apple-tab-span" style="white-space:pre-wrap">                     </span>data_smooth[..., v] = gaussian_filter(data[..., v], sigma=gauss_std)</div></div><div><br></div><div><div><br></div><div><span class="gmail-m_-3880937447946404536gmail-m_-5874416808232102235gmail-Apple-tab-span" style="white-space:pre-wrap">     </span>dkimodel = dki.DiffusionKurtosisModel(gtab)</div></div><div><div><span class="gmail-m_-3880937447946404536gmail-m_-5874416808232102235gmail-Apple-tab-span" style="white-space:pre-wrap">        </span>dkifit = dkimodel.fit(data_smooth, mask=mask)</div></div><div><div><span class="gmail-m_-3880937447946404536gmail-m_-5874416808232102235gmail-Apple-tab-span" style="white-space:pre-wrap">      </span>MK = <a href="http://dkifit.mk" target="_blank">dkifit.mk</a>(0, 3)</div><div><span class="gmail-m_-3880937447946404536gmail-m_-5874416808232102235gmail-Apple-tab-span" style="white-space:pre-wrap">       </span>AK = dkifit.ak(0, 3)</div><div><span class="gmail-m_-3880937447946404536gmail-m_-5874416808232102235gmail-Apple-tab-span" style="white-space:pre-wrap">      </span>RK = dkifit.rk(0, 3)</div></div><div><br></div><div>I have been using the same scripts for other 200ish data and the DKI maps were just fine. </div><div><br></div><div>Thank you. </div><div><br></div><div>Ping <br></div></div></div></div></div></div>
_______________________________________________<br>
Neuroimaging mailing list<br>
<a href="mailto:Neuroimaging@python.org" target="_blank">Neuroimaging@python.org</a><br>
<a href="https://mail.python.org/mailman/listinfo/neuroimaging" rel="noreferrer" target="_blank">https://mail.python.org/mailman/listinfo/neuroimaging</a><br>
</blockquote></div>
_______________________________________________<br>
Neuroimaging mailing list<br>
<a href="mailto:Neuroimaging@python.org" target="_blank">Neuroimaging@python.org</a><br>
<a href="https://mail.python.org/mailman/listinfo/neuroimaging" rel="noreferrer" target="_blank">https://mail.python.org/mailman/listinfo/neuroimaging</a><br>
</blockquote></div>