<div dir="ltr"><div>Hi,<br>I'm a complete novice at the field of Dipy so, first, thank you very much to all of you.<br>I would like to exploit Dipy tractography tools to draw my own data (Not DWI), but I have some problem about the fiber directions representation.<br><br>I work with 3D images of heart muscle tissue, and I developed a simple code that extract the fibers orientation by means of a Structure Tensor Analysis. Â <br><br>So, I have a 3d matrix 'R' (numpy.ndarray); every R(z, y, x) element contains:<br>- three eigenvalues (3x1 matrx)<br>- three R<font size="1">3</font> eigenvectors (3x3 matrix)<br>- others informations (for example, the Fractional Anisotropy, useful for the stop criterium)<br><br>In the attached, there is a one-frame example (only one XY plane analyzed) of the orientations maps, plotted with matplotlib and mayavi.<br><br>I'm trying to understand how to format my data to generate the streamlines.<br><br>I have reproduced some examples.<br>Here (<a href="http://nipy.org/dipy/examples_built/tracking_quick_start.html#example-tracking-quick-start">http://nipy.org/dipy/examples_built/tracking_quick_start.html#example-tracking-quick-start</a>) i find that csd_peaks contains the vectors informations (the source of the tractography process?)<br><br>while here (<a href="http://nipy.org/dipy/examples_built/reconst_dti.html#example-reconst-dti">http://nipy.org/dipy/examples_built/reconst_dti.html#example-reconst-dti</a>) seems that tenfit contains the same vector field.<br><br>I'm reading also the documentation about dipy.tracking.local.LocalTracking and dipy.tracking.local.DirectionGetter.<br><br>How I can merge my data with the Dipy structures, to generate and display my streamlines?<br><br>I'am looking forward to your reply. Thank you very much.<br clear="all"></div><div>Francesco Giardini</div><div><br></div><div>-- <br><div dir="ltr" class="gmail_signature" data-smartmail="gmail_signature"><div dir="ltr"><div><span style="color:rgb(153,153,153)"><span style="background-color:rgb(255,255,255)">Dr. Francesco Giardini (<a href="mailto:giardini@lens.unifi.it" target="_blank">giardini@lens.unifi.it</a>)</span></span></div><div><span style="color:rgb(153,153,153)"><span style="background-color:rgb(255,255,255)"><br></span></span></div><div><span style="color:rgb(153,153,153)"><span style="background-color:rgb(255,255,255)">LENS - European Laboratory for Non-linear Spectroscopy</span></span></div><div><span style="color:rgb(153,153,153)"><span style="background-color:rgb(255,255,255)">Via Nello Carrara 1, 50019 Sesto Fiorentino (FI), Italy</span></span></div><div><span style="color:rgb(153,153,153)"><span style="background-color:rgb(255,255,255)">University of Florence - Biomedical Engineering</span></span></div><div><span style="color:rgb(153,153,153)"><span style="background-color:rgb(255,255,255)"><br></span></span></div><div><span style="color:rgb(153,153,153)"><span style="background-color:rgb(255,255,255)">Tel. 055 457 2477 (off.)</span></span></div><span style="color:rgb(153,153,153)"><span style="background-color:rgb(255,255,255)"><a href="http://www.lens.unifi.it" target="_blank">http://www.lens.unifi.it</a></span></span></div></div></div></div>