<html><head><meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=utf-8"></head><body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; line-break: after-white-space;" class="">Why don’t you just open the file and mask it (e.g. put 1s where voxel values are 5) for each network, then save it and then repeat.<div class="">It should be easy.<br class=""><div><br class=""><blockquote type="cite" class=""><div class="">On 25 Nov 2019, at 03:09, Angus Campbell <<a href="mailto:angus.j.g.campbell@gmail.com" class="">angus.j.g.campbell@gmail.com</a>> wrote:</div><br class="Apple-interchange-newline"><div class=""><div dir="ltr" class="">I have a nifti file which contains 7 networks.  I want to extract each one as a seperate image so I can pull the zscore of each mni coordinate to make a binary mask.<div class=""><br class=""></div><div class="">Is there any information in the header i have missed that would let me do this?  How can I pull the data I want out as an array?</div><div class=""><br class=""></div><div class=""> <b class="">header=Buckner7net_img.header</b></div><b class=""><br class="">print(header)<br class=""><class 'nibabel.nifti1.Nifti1Header'> object, endian='<'<br class="">sizeof_hdr      : 348<br class="">data_type       : b'          '<br class="">db_name         : b'                  '<br class="">extents         : 0<br class="">session_error   : 0<br class="">regular         : b' '<br class="">dim_info        : 32<br class="">dim             : [  4 256 256 256   1   1   1   1]<br class="">intent_p1       : 0.0<br class="">intent_p2       : 0.0<br class="">intent_p3       : 0.0<br class="">intent_code     : none<br class="">datatype        : float32<br class="">bitpix          : 32<br class="">slice_start     : 0<br class="">pixdim          : [-1.  1.  1.  1.  0.  0.  0.  0.]<br class="">vox_offset      : 0.0<br class="">scl_slope       : nan<br class="">scl_inter       : nan<br class="">slice_end       : 0<br class="">slice_code      : unknown<br class="">xyzt_units      : 18<br class="">cal_max         : 7.0<br class="">cal_min         : 0.0<br class="">slice_duration  : 0.0<br class="">toffset         : 0.0<br class="">glmax           : 0<br class="">glmin           : 0<br class="">descrip         : b'FreeSurfer matlab                                                               '<br class="">aux_file        : b'                        '<br class="">qform_code      : scanner<br class="">sform_code      : scanner<br class="">quatern_b       : 0.0<br class="">quatern_c       : 0.70710677<br class="">quatern_d       : -0.70710677<br class="">qoffset_x       : 127.0<br class="">qoffset_y       : -145.0<br class="">qoffset_z       : 147.0<br class="">srow_x          : [ -1.   0.   0. 127.]<br class="">srow_y          : [   0.    0.    1. -145.]<br class="">srow_z          : [  0.  -1.   0. 147.]<br class="">intent_name     : b'huh?            '<br class="">magic           : b'n+1'  </b></div>
_______________________________________________<br class="">Neuroimaging mailing list<br class=""><a href="mailto:Neuroimaging@python.org" class="">Neuroimaging@python.org</a><br class="">https://mail.python.org/mailman/listinfo/neuroimaging<br class=""></div></blockquote></div><br class=""></div></body></html>