<font style="color: rgb(0, 0, 153);" color="#000099">Thanks Josef, that worked! <br>I was confused because I was thinking of site.</font><span style="color: rgb(0, 0, 153);">cfg as some sort of bash script :)</span><br><br style="color: rgb(0, 0, 153);" clear="all">

<span style="color: rgb(0, 0, 153);">Jose</span><br><br>
<br><br><div class="gmail_quote">On Thu, Mar 17, 2011 at 12:40 AM,  <span dir="ltr"><<a href="mailto:josef.pktd@gmail.com">josef.pktd@gmail.com</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); padding-left: 1ex;">

<div class="im">On Thu, Mar 17, 2011 at 12:23 AM, Jose Borreguero <<a href="mailto:borreguero@gmail.com">borreguero@gmail.com</a>> wrote:<br>
> Dear Numpy/SciPy users,<br>
><br>
> I have a build error with Numpy:<br>
><br>
> $  /usr/local/bin/python2.7 setup.py build<br>
> ....<br>
>   File "/usr/local/lib/python2.7/ConfigParser.py", line 504, in _read<br>
>     raise MissingSectionHeaderError(fpname, lineno, line)<br>
> ConfigParser.MissingSectionHeaderError: File contains no section headers.<br>
> file: /projects/tmp/numpy-1.5.1/site.cfg, line: 60<br>
> 'library_dirs = /usr/local/lib\n'<br>
><br>
> The relevant lines in my site.cfg file:<br>
><br>
<br>
</div>I think you just need to uncomment all the section headers that you<br>
use, that`s what the exception says<br>
<div class="im"><br>
<br>
> library_dirs = /usr/local/lib<br>
> include_dirs = /usr/local/include<br>
[blas_opt]<br>
> libraries = f77blas, cblas, atlas<br>
[lapack_opt]<br>
> libraries = lapack, f77blas, cblas, atlas<br>
<br>
</div>Josef<br>
<div><div></div><div class="h5"><br>
><br>
><br>
> I have installed BLAS+LAPACK+ATLAS libraries under /usr/local/lib/atlas<br>
><br>
> I also installed UMFPACK+AMD+UFConfig+CHOLMOD<br>
><br>
> I would appreciate any comments. I'm stuck here :(<br>
><br>
> Best regards,<br>
> Jose M. Borreguero<br>
><br>
><br>
><br>
> Below is the full error traceback:<br>
><br>
> $  /usr/local/bin/python2.7 setup.py build<br>
><br>
> Running from numpy source directory.F2PY Version 1<br>
> Traceback (most recent call last):<br>
>   File "setup.py", line 211, in <module><br>
>     setup_package()<br>
>   File "setup.py", line 204, in setup_package<br>
>     configuration=configuration )<br>
>   File "/projects/tmp/numpy-1.5.1/numpy/distutils/core.py", line 152, in<br>
> setup<br>
>     config = configuration()<br>
>   File "setup.py", line 151, in configuration<br>
>     config.add_subpackage('numpy')<br>
>   File "/projects/tmp/numpy-1.5.1/numpy/distutils/misc_util.py", line 972,<br>
> in add_subpackage<br>
>     caller_level = 2)<br>
>   File "/projects/tmp/numpy-1.5.1/numpy/distutils/misc_util.py", line 941,<br>
> in get_subpackage<br>
>     caller_level = caller_level + 1)<br>
>   File "/projects/tmp/numpy-1.5.1/numpy/distutils/misc_util.py", line 878,<br>
> in _get_configuration_from_setup_py<br>
>     config = setup_module.configuration(*args)<br>
>   File "numpy/setup.py", line 9, in configuration<br>
>     config.add_subpackage('core')<br>
>   File "/projects/tmp/numpy-1.5.1/numpy/distutils/misc_util.py", line 972,<br>
> in add_subpackage<br>
>     caller_level = 2)<br>
>   File "/projects/tmp/numpy-1.5.1/numpy/distutils/misc_util.py", line 941,<br>
> in get_subpackage<br>
>     caller_level = caller_level + 1)<br>
>   File "/projects/tmp/numpy-1.5.1/numpy/distutils/misc_util.py", line 878,<br>
> in _get_configuration_from_setup_py<br>
>     config = setup_module.configuration(*args)<br>
>   File "numpy/core/setup.py", line 807, in configuration<br>
>     blas_info = get_info('blas_opt',0)<br>
>   File "/projects/tmp/numpy-1.5.1/numpy/distutils/system_info.py", line 310,<br>
> in get_info<br>
>     return cl().get_info(notfound_action)<br>
>   File "/projects/tmp/numpy-1.5.1/numpy/distutils/system_info.py", line 409,<br>
> in __init__<br>
>     self.parse_config_files()<br>
>   File "/projects/tmp/numpy-1.5.1/numpy/distutils/system_info.py", line 416,<br>
> in parse_config_files<br>
>     self.cp.read(self.files)<br>
>   File "/usr/local/lib/python2.7/ConfigParser.py", line 297, in read<br>
>     self._read(fp, filename)<br>
>   File "/usr/local/lib/python2.7/ConfigParser.py", line 504, in _read<br>
>     raise MissingSectionHeaderError(fpname, lineno, line)<br>
> ConfigParser.MissingSectionHeaderError: File contains no section headers.<br>
> file: /projects/tmp/numpy-1.5.1/site.cfg, line: 60<br>
> 'library_dirs = /usr/local/lib\n'<br>
><br>
><br>
</div></div>> _______________________________________________<br>
> NumPy-Discussion mailing list<br>
> <a href="mailto:NumPy-Discussion@scipy.org">NumPy-Discussion@scipy.org</a><br>
> <a href="http://mail.scipy.org/mailman/listinfo/numpy-discussion" target="_blank">http://mail.scipy.org/mailman/listinfo/numpy-discussion</a><br>
><br>
><br>
_______________________________________________<br>
NumPy-Discussion mailing list<br>
<a href="mailto:NumPy-Discussion@scipy.org">NumPy-Discussion@scipy.org</a><br>
<a href="http://mail.scipy.org/mailman/listinfo/numpy-discussion" target="_blank">http://mail.scipy.org/mailman/listinfo/numpy-discussion</a><br>
</blockquote></div><br>