I'm not sure if I got my point across. My point was that the ATLAS installation that numpy linked against was broken on Mac OS X but not on Linux (afaik). Hence, your code may run better on your supercomputer. So, try linking against a different BLAS/LAPACK implementation, and, with some luck, your problem could potentially disappear.<br>
<br>ymmv,<br>Paul.<br><br><div class="gmail_quote">On Thu, Sep 1, 2011 at 8:20 PM, Rick Muller <span dir="ltr"><<a href="mailto:rpmuller@gmail.com">rpmuller@gmail.com</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex;">
Yes, as I pointed out, the problem does run on the Macintosh systems. But I'd like to be able to run these on our linux supercomputers. Surely this is possible, right?<div><div></div><div class="h5"><br><br><div class="gmail_quote">
On Mon, Aug 29, 2011 at 9:31 AM, Paul Anton Letnes <span dir="ltr"><<a href="mailto:paul.anton.letnes@gmail.com" target="_blank">paul.anton.letnes@gmail.com</a>></span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">I recently got into trouble with these calculations (although I used scipy). I actually got segfaults and "bus errors". The solution for me was to not link against ATLAS, but rather link against Apple's blas/lapack libraries. That got everything working again. I would suggest trying to install against something other than ATLAS and see if that helps (or, more generally, determining which blas/lapack you are linking against, and try something else).<br>


<font color="#888888"><br>
Paul<br>
</font><div><div></div><div><br>
<br>
On 29. aug. 2011, at 16.21, Charanpal Dhanjal wrote:<br>
<br>
> I posted a similar question about the non-convergence of<br>
> numpy.linalg.svd a few weeks ago. I'm not sure I can help but I wonder<br>
> if you compiled numpy with ATLAS/MKL support (try numpy.show_config())<br>
> and whether it made a difference? Also what is the condition number and<br>
> Frobenius norm of the matrix in question?<br>
><br>
> Charanpal<br>
><br>
> On Mon, 29 Aug 2011 08:56:31 -0600, Rick Muller wrote:<br>
>> Im bumping into the old "Eigenvalues did not converge" error using<br>
>> numpy.linalg.eigh() on several different linux builds of numpy<br>
>> (1.4.1). The matrix is 166x166. I can compute the eigenvalues on a<br>
>> Macintosh build of numpy, and I can confirm that there arent<br>
>> degenerate eigenvalues, and that the matrix appears to be negative<br>
>> definite.<br>
>><br>
>> Ive seen this before (though not for several years), and what I<br>
>> normally do is to build lapack with -O0. This trick did not work in<br>
>> the current instance. Does anyone have any tricks to getting eigh to<br>
>> work?<br>
>><br>
>> Other weird things that Ive noticed about this case: I can compute<br>
>> the eigenvalues using eigvals and eigvalsh, and can compute the<br>
>> eigenvals/vecs using eig(). The matrix is real symmetric, and Ive<br>
>> tested that its symmetric enough by forcibly symmetrizing it.<br>
>><br>
>> Thanks in advance for any help you can offer.<br>
><br>
> _______________________________________________<br>
> NumPy-Discussion mailing list<br>
> <a href="mailto:NumPy-Discussion@scipy.org" target="_blank">NumPy-Discussion@scipy.org</a><br>
> <a href="http://mail.scipy.org/mailman/listinfo/numpy-discussion" target="_blank">http://mail.scipy.org/mailman/listinfo/numpy-discussion</a><br>
<br>
_______________________________________________<br>
NumPy-Discussion mailing list<br>
<a href="mailto:NumPy-Discussion@scipy.org" target="_blank">NumPy-Discussion@scipy.org</a><br>
<a href="http://mail.scipy.org/mailman/listinfo/numpy-discussion" target="_blank">http://mail.scipy.org/mailman/listinfo/numpy-discussion</a><br>
</div></div></blockquote></div><br><br clear="all"><br></div></div><div><div></div><div class="h5">-- <br>Rick Muller<br><a href="mailto:rpmuller@gmail.com" target="_blank">rpmuller@gmail.com</a><br><a href="tel:505-750-7557" value="+15057507557" target="_blank">505-750-7557</a><br>
<br>
</div></div><br>_______________________________________________<br>
NumPy-Discussion mailing list<br>
<a href="mailto:NumPy-Discussion@scipy.org">NumPy-Discussion@scipy.org</a><br>
<a href="http://mail.scipy.org/mailman/listinfo/numpy-discussion" target="_blank">http://mail.scipy.org/mailman/listinfo/numpy-discussion</a><br>
<br></blockquote></div><br>