I'm sorry I can't help on your questions, but maybe you should ask on matplotlib-users instead (<a href="https://lists.sourceforge.net/lists/listinfo/matplotlib-users">https://lists.sourceforge.net/lists/listinfo/matplotlib-users</a>).<br>
<br>-=- Olivier<br><br><div class="gmail_quote">2011/9/24 <a href="mailto:fdu.xiaojf@gmail.com">fdu.xiaojf@gmail.com</a> <span dir="ltr"><<a href="mailto:fdu.xiaojf@gmail.com">fdu.xiaojf@gmail.com</a>></span><br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex;">
<u></u>

  

    
  
  <div bgcolor="#ffffff" text="#000000">
    <tt><big>Dear all,<br>
        <br>
        Heatmap </big></tt><tt><big>(like those on the page
        <a href="http://www2.warwick.ac.uk/fac/sci/moac/students/peter_cock/r/heatmap/" target="_blank">http://www2.warwick.ac.uk/fac/sci/moac/students/peter_cock/r/heatmap/</a>)
        is a frequently used type of image in microarray data analysis.
      </big></tt><tt><big>However, it seems there are no convenient
        functions in matplotlib to plot heatmap (please correct me if I
        was wrong), so I'm planning to write my own.<br>
      </big></tt><tt><big><br>
        Let me take the heatmap by the link
        <a href="http://www2.warwick.ac.uk/fac/sci/moac/students/peter_cock/r/heatmap/scaled_color_key.png" target="_blank">http://www2.warwick.ac.uk/fac/sci/moac/students/peter_cock/r/heatmap/scaled_color_key.png</a>

        as an example, which is produced by R.<br>
      </big></tt><br>
    <tt><big>With my limited knowledge and expertise of matplotlib, I
        have the following questions and I hope you guys could help me.<br>
        <br>
        1) I tend to use pcolor to draw the colormap in the central
        area. However, I've seen a lot of examples draw colormap with
        imshow. <br>
        <br>
           What's the difference between pcolor and imshow?<br>
           Shall I use pcolor or imshow to produce the heatmap in the
        link above?<br>
        <br>
        2) How to draw the dendrograms on the top and left of the
        colormap? <br>
        <br>
           I got hints from
        <a href="http://matplotlib.sourceforge.net/examples/axes_grid/scatter_hist.html" target="_blank">http://matplotlib.sourceforge.net/examples/axes_grid/scatter_hist.html</a>
        on how to append axes to current plot, but I still have now idea
        how to draw the dengrograms.<br>
        <br>
        3) How to draw the column side colormap (the smaller one)
        between the top dendrogram and the big colormap?<br>
        <br>
        4) I can use colorbar to draw a colorbar, but how to place the
        colorbar on the topleft of the image just as the R heatmap does?<br>
        <br>
        5) Any other suggestions on how to draw the heatmap?<br>
        <br>
        Thanks and any help will be greatly appreciated.<br>
        <br>
        Regards,<br>
        Jianfeng<br>
        <br>
        <br>
        <br>
      </big><br>
      <br>
    </tt>
  </div>

<br>_______________________________________________<br>
NumPy-Discussion mailing list<br>
<a href="mailto:NumPy-Discussion@scipy.org">NumPy-Discussion@scipy.org</a><br>
<a href="http://mail.scipy.org/mailman/listinfo/numpy-discussion" target="_blank">http://mail.scipy.org/mailman/listinfo/numpy-discussion</a><br>
<br></blockquote></div><br><div style="visibility: hidden; left: -5000px; position: absolute; z-index: 9999; padding: 0px; margin-left: 0px; margin-top: 0px; overflow: hidden; word-wrap: break-word; color: black; font-size: 10px; text-align: left; line-height: 130%;" id="avg_ls_inline_popup">
</div>