<br><br><div class="gmail_quote">On Thu, Apr 12, 2012 at 8:13 PM, Charles R Harris <span dir="ltr"><<a href="mailto:charlesr.harris@gmail.com">charlesr.harris@gmail.com</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
<br><br><div class="gmail_quote"><div><div class="h5">On Thu, Apr 12, 2012 at 7:41 PM, Charles R Harris <span dir="ltr"><<a href="mailto:charlesr.harris@gmail.com" target="_blank">charlesr.harris@gmail.com</a>></span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
<br><br><div class="gmail_quote"><div>On Thu, Apr 12, 2012 at 2:05 AM, Chris Ball <span dir="ltr"><<a href="mailto:ceball@gmail.com" target="_blank">ceball@gmail.com</a>></span> wrote:<br></div><div><div>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
Hi,<br>
<br>
I'm trying out various continuous integration options, so I happen to be<br>
testing NumPy on several platforms that I don't normally use.<br>
<br>
Recently, I've been getting a segmentation fault on Debian 6 (with Python<br>
2.7.2):<br>
<br>
Linux debian6-amd64 2.6.32-5-amd64 #1 SMP Thu Mar 22 17:26:33 UTC 2012 x86_64<br>
GNU/Linux (Debian GNU/Linux 6.0 \n \l)<br>
<br>
nosetests --verbose<br>
/home/slave/tmp/numpy/numpy/random/__init__.py:91: RuntimeWarning:<br>
numpy.ndarray size changed, may indicate binary incompatibility<br>
  from mtrand import *<br>
test_api.test_fastCopyAndTranspose ... ok<br>
test_api.test_array_astype ... ok<br>
test_api.test_copyto_fromscalar ... ok<br>
test_api.test_copyto ... ok<br>
test_api.test_copyto_maskna ... ok<br>
test_api.test_copy_order ... ok<br>
Basic test of array2string. ... ok<br>
Test custom format function for each element in array. ... ok<br>
This should only apply to 0-D arrays. See #1218. ... ok<br>
test_arrayprint.TestArrayRepr.test_nan_inf ... ok<br>
test_str (test_arrayprint.TestComplexArray) ... ok<br>
test_arrayprint.TestPrintOptions.test_basic ... ok<br>
test_arrayprint.TestPrintOptions.test_formatter ... ok<br>
test_arrayprint.TestPrintOptions.test_formatter_reset ... ok<br>
Ticket 844. ... ok<br>
test_blasdot.test_blasdot_used ... SKIP: Skipping test: test_blasdot_used<br>
Numpy is not compiled with _dotblas<br>
test_blasdot.test_dot_2args ... ok<br>
test_blasdot.test_dot_3args ... ok<br>
test_blasdot.test_dot_3args_errors ... ok<br>
test_creation_overflow (test_datetime.TestDateTime) ... ok<br>
test_datetime_add (test_datetime.TestDateTime) ... ok<br>
test_datetime_arange (test_datetime.TestDateTime) ... ok<br>
test_datetime_array_find_type (test_datetime.TestDateTime) ... ok<br>
test_datetime_array_str (test_datetime.TestDateTime) ... ok<br>
test_datetime_as_string (test_datetime.TestDateTime) ... ok<br>
test_datetime_as_string_timezone (test_datetime.TestDateTime) ... /home/slave/<br>
tmp/numpy/numpy/core/tests/test_datetime.py:1319: UserWarning: pytz not found,<br>
pytz compatibility tests skipped<br>
  warnings.warn("pytz not found, pytz compatibility tests skipped")<br>
ok<br>
test_datetime_busday_holidays_count (test_datetime.TestDateTime) ... ok<br>
test_datetime_busday_holidays_offset (test_datetime.TestDateTime) ... ok<br>
test_datetime_busday_offset (test_datetime.TestDateTime) ... ok<br>
test_datetime_busdaycalendar (test_datetime.TestDateTime) ... ok<br>
test_datetime_casting_rules (test_datetime.TestDateTime) ... ok<br>
test_datetime_divide (test_datetime.TestDateTime) ... ok<br>
test_datetime_dtype_creation (test_datetime.TestDateTime) ... ok<br>
test_datetime_is_busday (test_datetime.TestDateTime) ... ok<br>
test_datetime_like (test_datetime.TestDateTime) ... ok<br>
test_datetime_maximum_reduce (test_datetime.TestDateTime) ... ok<br>
test_datetime_minmax (test_datetime.TestDateTime) ... ok<br>
test_datetime_multiply (test_datetime.TestDateTime) ... ok<br>
test_datetime_nat_casting (test_datetime.TestDateTime) ... ok<br>
test_datetime_scalar_construction (test_datetime.TestDateTime) ... ok<br>
test_datetime_string_conversion (test_datetime.TestDateTime) ... ERROR<br>
test_datetime_subtract (test_datetime.TestDateTime) ... Segmentation fault<br>
<br>
With Python 2.6 there doesn't seem to be a problem on the same machine.<br>
<br>
Unfortunately, I haven't had time to investigate (I don't have Debian 6 to use<br>
myself, and I just started a job that doesn't involve any Python...). However,<br>
according to the Jenkins instance on ShiningPanda.com, the problem began with<br>
these changes:<br>
<br>
 BUG: ticket #1578, Fix python-debug warning for python >= 2.7.<br>
 STY: Small style fixes.<br>
<br>
For now, that's all I can say; I haven't manually verified the problem myself<br>
(that it exists, or that it truly started after the changes above). I hope to<br>
be able to investigate further at the weekend, but I thought I'd post to the<br>
list now in case someone else can verify the problem.<br>
<br>
Chris<br>
<br>
<br>
Segmentation fault is buried in console output of Jenkins:<br>
<a href="https://jenkins.shiningpanda.com/scipy/job/NumPy/PYTHON=CPython-2.7/6/console" target="_blank">https://jenkins.shiningpanda.com/scipy/job/NumPy/PYTHON=CPython-2.7/6/console</a><br>
<br>
The previous build was ok:<br>
<a href="https://jenkins.shiningpanda.com/scipy/job/NumPy/PYTHON=CPython-2.7/5/console" target="_blank">https://jenkins.shiningpanda.com/scipy/job/NumPy/PYTHON=CPython-2.7/5/console</a><br>
<br>
Changes that Jenkins claims are responsible:<br>
<a href="https://jenkins.shiningpanda.com/scipy/job/NumPy/PYTHON=CPython-2.7/6/%0Achanges#detail0" target="_blank">https://jenkins.shiningpanda.com/scipy/job/NumPy/PYTHON=CPython-2.7/6/<br>
changes#detail0</a><br>
<br>
<br></blockquote></div></div><div><br>It seems that python2.7 is far, far, too recent to be part of Debian 6. I mean, finding python 2.7 in recent Debian stable would be like finding an atomic cannon in a 1'st dynasty Egyptian tomb. So it is in testing, but for replication I like to know where you got it.<br>


<br></div></div></blockquote></div></div><div><br>Python 2.7 from Debian testing works fine here.<br><br></div></div></blockquote><div><br>But ActiveState python (ucs2) segfaults with<br><br>>>> a = np.array(['0123456789'], 'U')<br>
>>> a<br>Segmentation fault<br><br>The string needs to be long for this to show.<br><br>Chuck <br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0pt 0pt 0pt 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">

</blockquote></div><br>