<div dir="ltr">Hey all,<div><br></div><div>The travis tests for a library I work on just stopped working, and I tracked down the bug to the following test case. The file "MDTraj/testing/reference/<a href="http://mdcrd.nc">mdcrd.nc</a>" is a netcdf3 file in our repository (<a href="https://github.com/rmcgibbo/mdtraj/tree/master/MDTraj/testing/reference">https://github.com/rmcgibbo/mdtraj/tree/master/MDTraj/testing/reference</a>).</div>
<div><br></div><div>this script:</div><div><pre style="font-family:Consolas,'Liberation Mono',Courier,monospace;font-size:13px;margin-top:15px;margin-bottom:15px;background-color:rgb(248,248,248);border:1px solid rgb(221,221,221);line-height:19px;overflow:auto;padding:6px 10px;border-top-left-radius:3px;border-top-right-radius:3px;border-bottom-right-radius:3px;border-bottom-left-radius:3px;word-wrap:normal;color:rgb(51,51,51)">
<code style="font-family:Consolas,'Liberation Mono',Courier,monospace;font-size:12px;margin:0px;border:none;background-color:transparent;border-top-left-radius:3px;border-top-right-radius:3px;border-bottom-right-radius:3px;border-bottom-left-radius:3px;padding:0px;word-wrap:normal;display:inline;line-height:inherit">conda install --yes scipy==0.13 numpy==1.7 --quiet
python -c 'import <a href="http://scipy.io">scipy.io</a>; print scipy.io.netcdf.netcdf_file("MDTraj/testing/reference/<a href="http://mdcrd.nc">mdcrd.nc</a>").variables["coordinates"][:].sum()'

conda install --yes scipy==0.14 numpy==1.8 --quiet
python -c 'import <a href="http://scipy.io">scipy.io</a>; print scipy.io.netcdf.netcdf_file("MDTraj/testing/reference/<a href="http://mdcrd.nc">mdcrd.nc</a>").variables["coordinates"][:].sum()'</code></pre>
</div><div>works on scipy==0.13 numpy==1.7, but segfaults on scipy==0.14 numpy==1.8. I got the segfault on both linux and osx.</div><div><br></div><div>I tried compiling a new version of numpy from source with debug symbols using `python setup.py build_ext -g install`, but couldn't get a useful traceback.</div>
<div><br></div><div>$ gdb --core=core<br></div><div><div>(gdb) bt</div><div>#0  0x00007fd4f7887b18 in ?? ()</div><div>#1  0x00007fd4f786ecc6 in ?? ()</div><div>#2  0x0000000000000000 in ?? ()</div></div><div><br></div><div>
<br></div><div>Anyone have any advice for tracking this down?</div><div><br></div><div>-Robert</div></div>