
<html xmlns="http://www.w3.org/1999/xhtml"><head> <title></title> <meta name="viewport" content="width=device-width, initial-scale=1.0, user-scalable=no"> </head> <body style="font-family:Helvetica;color:#000000;font-size:13px;"><blockquote id="CanaryBlockquote"><div><div>On Friday, Jan 04, 2019 at 2:44 PM, Lars Grueter <<a href="mailto:lagru@mailbox.org">lagru@mailbox.org</a>> wrote:<br></div> <div>Dear devs, <br> <br>If this is the wrong place for this kind of question I apologize and <br>feel free to ignore this or point me to the right place. <br> <br>I'm using the conda package manager for my development environment which <br>used to work just fine with these steps: <br> <br><blockquote type="cite">conda create -n dev-numpy python=3.7 numpy numpydoc cython pytest ipython coverage <br>source activate dev-numpy <br>conda uninstall --force numpy numpy-base <br>pip install -e . <br></blockquote> <br>This would yield me a nice isolated playground and I could use <br> <br><blockquote type="cite">python setup.py build_ext --incplace -j 4 <br></blockquote> <br>at anytime to rebuild the binaries. Unfortunately the last two commands <br>stopped working out of the blue with my existing environment and fail with <br> <br><blockquote type="cite">RuntimeError: Broken toolchain: cannot link a simple C program <br></blockquote> <br>(full output in [1]) on a clean repository. No recent changes to my tool <br>chain come to mind which could help me pinpoint the problem. Because it <br>used to work just fine I have the annoying feeling that the fix is <br>something small and trivial and have the hope that it's immediately <br>obvious to someone here or that you can suggest a way to debug this. In <br>any case your help would be appreciated. <br> <br>I'm aware that this may be an exotic dev setup. Using a virtual <br>environment instead of the conda one works just fine. The build script <br>seems to use a different linear algebra library in that case: blas from <br>my OS as opposed to mkl in the conda environment. This is not my <br>preferred solution but it would do if nothing comes of this. <br> <br>Some additional facts and research I've done: <br> <br>- Using conda environments with asv has stopped working as well due to <br>not finding any LA library at all. <br>- If I'm understanding [1] correctly the build script finds the mkl <br>library provided by the conda environment. <br>- Trying earlier versions of NumPy shows the same behavior. I tested the <br>tags v1.14.6, v1.15.4. <br>- However creating a development environment for SciPy and scikit-image <br>using this approach still works fine. <br>- Searching the internet or looking at NumPy's build guide didn't yield <br>me a solution. <br>- I'm on linux (Manjaro) if that is of any relevance. <br>- Miniconda was reinstalled in my home directory with the installation <br>script provided through Anaconda's website. <br>- Haven't yet tried this approach in a fresh virtual machine. <br> <br>I hope that I haven't overlooked something obvious. In any case thank <br>you for your time and attention. <br> <br>Cheers, Lars <br> <br>[1] https://gist.github.com/lagru/c6ac16b9984492850fe1174d6418b7b5 <br>_______________________________________________ <br>NumPy-Discussion mailing list <br>NumPy-Discussion@python.org <br>https://mail.python.org/mailman/listinfo/numpy-discussion <br></div></div></blockquote><br><blockquote> <p></p> <p></p> <p></p> </blockquote> <div><div id="CanaryBody"><div>Hi Lars,</div><div><br></div><div>What I’m used to doing is simply the following (inside the NumPy root):</div><div><br></div></div></div><blockquote style="margin: 0 0 0 40px; border: none; padding: 0px;"><div><div><div>conda create -n numpy-dev python=3[.x] pytest</div></div></div><div><div><div>conda activate numpy-dev</div></div></div><div><div><div>python setup.py build_ext --inplace -j 4</div></div></div><div><div><div>pip install -e .</div></div></div></blockquote><div><div><div><br></div><div>Often, when I run into issues with the build, I simply do this:</div><div><br></div></div></div><blockquote style="margin: 0 0 0 40px; border: none; padding: 0px;"><div><div><div>[backup site.cfg]</div></div></div><div><div><div>git clean -xfd</div></div></div><div><div>[restore site.cfg]</div></div><div><div id="CanaryBody">python setup.py build_ext --inplace -j 4</div></div><div><div id="CanaryBody"><div>pip install -e .</div></div></div></blockquote><br><div>In your case, it might be the second that helps. If it’s not finding any LA library, you can try compiling with the site.cfg that points to MKL.</div><br><div><div id="CanaryBody"></div><div id="CanarySig"><p></p><p></p><p></p><div>Cheers and Best Regards,<div>Hameer Abbasi</div></div></div></div><img id="8F434D4290BE9CC6320F4707974395F8" width="1px" src="http://pixels.canarymail.io:8100/track/977C99C0645380AF45E168B4CDA443F5_8F434D4290BE9CC6320F4707974395F8.png" height="1px"></body></html>