Hi,<br>why are u reinventing the wheel when Biopython[1] is already existing ? is there any specific reason u wanted to develop this CoreBio ? why dont u just extend the existing BioPython package itself ?<br>regards,<br>KM

<br>[1]http://biopython.org<br>-------------------------------------------------------------------------------<br><div><span class="gmail_quote">On 9/11/06, <b class="gmail_sendername">km</b> <<a href="mailto:srikrishnamohan@gmail.com">

srikrishnamohan@gmail.com</a>> wrote:</span><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">On 11 Sep 2006 00:59:30 -0700, <a href="mailto:GavinCrooks@gmail.com">

GavinCrooks@gmail.com</a><br><<a href="mailto:GavinCrooks@gmail.com">GavinCrooks@gmail.com</a>> wrote:<br>><br>> Announcing CoreBio 0.4<br>> ------------------------<br>> CoreBio home page:<br>>     <a href="http://code.google.com/p/corebio/">

http://code.google.com/p/corebio/</a><br>><br>> Download:<br>>     <a href="http://corebio.googlecode.com/svn/dist/CoreBio-0.4.1.tar.gz">http://corebio.googlecode.com/svn/dist/CoreBio-0.4.1.tar.gz</a><br>><br>

> CoreBio is an open source python library for bioinformatics and<br>> computational biology, designed to be fast, compact, reliable and easy<br>> to use. Currently, CoreBio includes code to store and manipulate<br>

> protein and DNA sequences, read and write many common biological<br>> sequence formats, read blast reports and access other computational and<br>> database resources.<br>><br>> The CoreBio project welcomes additional suggestions, code and

> participants. > > This release includes the following modules: > >     - data: Standard information used in computational biology. >     - matrix: Arrays indexed by alphabetic strings.

<br>>     - moremath: Various bits of useful math not in the standard<br>><br>>                 python library.<br>>     - resource: Access to programs, complex file formats and<br>>                 databases

>         - astral: ASTRAL dataset IO. >         - scop: SCOP: Structural Classification of Proteins IO. >         - stride: STRIDE: Protein secondary structure assignment > >                 from atomic coordinates.

>     - seq: Alphabetic sequences and associated tools and data. >     - seq_io: Sequence file reading and writing. >         - array_io: Read and write arrays of sequence data. >         - clustal_io: Read the CLUSTAL sequence file format.

>         - fasta_io: Read and write FASTA format. >         - genbank_io: Read GenBank flat files. >         - intelligenetics_io: Read IntelliGenetics format. >         - msf_io: Read sequence information in MSF format.

>         - nbrf_io: Sequence IO for NBRF/PIR format. >         - nexus_io: Read the sequence data from a nexus file. >         - null_io: Null sequence IO. >         - phylip_io: Read Sequences in interleaved Phylip format.

>         - plain_io: Read and write raw, unformatted sequence data. >         - stockholm_io: Read a STOCKHOLM format. >         - table_io: Read  tab delimited format. >     - ssearch_io: Parse sequence search analysis reports.

<br>>         - blastxml: Read BLAST XML output.<br>>         - fasta: Read the output of a fasta similarity search.<br>>     - transform: Transformations of Seqs (alphabetic sequences),<br>>             including translation with a full suite of

<br>>             GeneticCode's.<br>><br>><br>> Gavin Crooks and John Gilman<br>><br>> --<br>> <a href="http://mail.python.org/mailman/listinfo/python-list">http://mail.python.org/mailman/listinfo/python-list

</a><br>><br></blockquote></div><br>