hi all,<br>           I have problem to sort the data.. the file includes data as follow.<br>file:<br>chrX:    123343123    123343182    A_16_P41787782<br>chrX:    123343417    123343476    A_16_P03762840<br>chrX:    123343460    123343519    A_16_P41787783
<br>chrX:    12334336    12334395    A_16_P03655927<br>chrX:    123343756    123343815    A_16_P03762841<br>chrX:    123343807    123343866    A_16_P41787784<br>chrX:    123343966    123344024    A_16_P21578670<br>chrX:    123344059    123344118    A_16_P21578671
<br>chrX:    12334438    12334497    A_16_P21384637<br>chrX:    123344776    123344828    A_16_P21578672<br>chrX:    123344811    123344870    A_16_P03762842<br>chrX:    123345165    123345224    A_16_P41787789<br>chrX:    123345360    123345419    A_16_P41787790
<br>chrX:    123345380    123345439    A_16_P03762843<br>chrX:    123345481    123345540    A_16_P41787792<br>chrX:    123345873    123345928    A_16_P41787793<br>chrX:    123345891    123345950    A_16_P03762844<br><br><br>
how do is sort the file based on the column 1 and 2 with values......<br>using sort option works for only one column and not for the other how do is sort both 1 and 2nd column so that the third column does not change.....
<br>my script:#sorting the file<br>start_lis = []<br>end_lis = []<br>fh = open('chromosome_location_346010.bed','r')<br>for line in fh.readlines():<br>        data = line.strip().split('\t')<br>        start = data[1].strip()
<br>        end = data[2].strip()<br>        probe_id  = data[3].strip()<br>        start_lis.append(start)<br>       end_lis.append(end)<br>start_lis.sort()<br>end_lis.sort()<br>for k in start_lis:<br>     for i in end_lis
<br>               print k , i , probe_id(this doesnot worK)<br>      result = start#end#probe_id ------->this doesnot work...<br>        print result<br> <br>What is the error and how do is sort a file based on the two column  to get the fourth column also with that.
<br>regards<br>shafreen<br><br><br><br>