May he rest in peace.<br><br><div class="gmail_quote">On Wed, Aug 29, 2012 at 11:41 PM, Fernando Perez <span dir="ltr"><<a href="mailto:fperez.net@gmail.com" target="_blank">fperez.net@gmail.com</a>></span> wrote:<br>

<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Dear friends and colleagues,<br>
<br>
I am terribly saddened to report that yesterday, August 28 2012 at<br>
10am,  John D. Hunter died from complications arising from cancer<br>
treatment at the University of Chicago hospital, after a brief but<br>
intense battle with this terrible illness.  John is survived by his<br>
wife Miriam, his three daughters Rahel, Ava and Clara, his sisters<br>
Layne and Mary, and his mother Sarah.<br>
<br>
Note: If you decide not to read any further (I know this is a long<br>
message), please go to this page for some important information about<br>
how you can thank John for everything he gave in a decade of generous<br>
contributions to the Python and scientific communities:<br>
<a href="http://numfocus.org/johnhunter" target="_blank">http://numfocus.org/johnhunter</a>.<br>
<br>
Just a few weeks ago, John delivered his keynote address at the SciPy<br>
2012 conference in Austin centered around the evolution of matplotlib:<br>
<br>
<a href="http://www.youtube.com/watch?v=e3lTby5RI54" target="_blank">http://www.youtube.com/watch?v=e3lTby5RI54</a><br>
<br>
but tragically, shortly after his return home he was diagnosed with<br>
advanced colon cancer.  This diagnosis was a terrible discovery to us<br>
all, but John took it with his usual combination of calm and resolve,<br>
and initiated treatment procedures.  Unfortunately, the first round of<br>
chemotherapy treatments led to severe complications that sent him to<br>
the intensive care unit, and despite the best efforts of the<br>
University of Chicago medical center staff, he never fully recovered<br>
from these.  Yesterday morning, he died peacefully at the hospital<br>
with his loved ones at his bedside.  John fought with grace and<br>
courage, enduring every necessary procedure with a smile on his face<br>
and a kind word for all of his caretakers and becoming a loved patient<br>
of the many teams that ended up involved with his case.  This was no<br>
surprise for those of us who knew him, but he clearly left a deep and<br>
lasting mark even amongst staff hardened by the rigors of oncology<br>
floors and intensive care units.<br>
<br>
I don't need to explain to this community the impact of John's work,<br>
but allow me to briefly recap, in case this is read by some who don't<br>
know the whole story.  In 2002, John was a postdoc at the University<br>
of Chicago hospital working on the analysis of epilepsy seizure data<br>
in children.  Frustrated with the state of the existing proprietary<br>
solutions for this class of problems, he started using Python for his<br>
work, back when the scientific Python ecosystem was much, much smaller<br>
than it is today and this could have been seen as a crazy risk.<br>
Furthermore, he found that there were many half-baked solutions for<br>
data visualization in Python at the time, but none that truly met his<br>
needs.  Undeterred, he went on to create matplotlib<br>
(<a href="http://matplotlib.org" target="_blank">http://matplotlib.org</a>) and thus overcome one of the key obstacles for<br>
Python to become the best solution for open source scientific and<br>
technical computing.  Matplotlib is both an amazing technical<br>
achievement and a shining example of open source community building,<br>
as John not only created its backbone but also fostered the<br>
development of a very strong development team, ensuring that the<br>
talent of many others could also contribute to this project.  The<br>
value and importance of this are now painfully clear: despite having<br>
lost John, matplotlib continues to thrive thanks to the leadership of<br>
Michael Droetboom, the support of Perry Greenfield at the Hubble<br>
Telescope Science Institute, and the daily work of the rest of the<br>
team.  I want to thank Perry and Michael for putting their resources<br>
and talent once more behind matplotlib, securing the future of the<br>
project.<br>
<br>
It is difficult to overstate the value and importance of matplotlib,<br>
and therefore of John's contributions (which do not end in matplotlib,<br>
by the way; but a biography will have to wait for another day...).<br>
Python has become a major force in the technical and scientific<br>
computing world, leading the open source offers and challenging<br>
expensive proprietary platforms with large teams and millions of<br>
dollars of resources behind them. But this would be impossible without<br>
a solid data visualization tool that would allow both ad-hoc data<br>
exploration and the production of complex, fine-tuned figures for<br>
papers, reports or websites. John had the vision to make matplotlib<br>
easy to use, but powerful and flexible enough to work in graphical<br>
user interfaces and as a server-side library, enabling a myriad use<br>
cases beyond his personal needs.  This means that now, matplotlib<br>
powers everything from plots in dissertations and journal articles to<br>
custom data analysis projects and websites.  And despite having left<br>
his academic career a few years ago for a job in industry, he remained<br>
engaged enough that as of today, he is still the top committer to<br>
matplotlib; this is the git shortlog of those with more than 1000<br>
commits to the project:<br>
<br>
  2145  John Hunter <<a href="mailto:jdh2358@gmail.com">jdh2358@gmail.com</a>><br>
  2130  Michael Droettboom <<a href="mailto:mdboom@gmail.com">mdboom@gmail.com</a>><br>
  1060  Eric Firing <<a href="mailto:efiring@hawaii.edu">efiring@hawaii.edu</a>><br>
<br>
All of this was done by a man who had three children to raise and who<br>
still always found the time to help those on the mailing lists, solve<br>
difficult technical problems in matplotlib, teach courses and seminars<br>
about scientific Python, and more recently help create the NumFOCUS<br>
foundation project.  Despite the challenges that raising three<br>
children in an expensive city like Chicago presented, he never once<br>
wavered from his commitment to open source.  But unfortunately now he<br>
is not here anymore to continue providing for their well-being, and I<br>
hope that all those who have so far benefited from his generosity,<br>
will thank this wonderful man who always gave far more than he<br>
received.  Thanks to the rapid action of Travis Oliphant, the NumFOCUS<br>
foundation is now acting as an escrow agent to accept donations that<br>
will go into a fund to support the education and care of his wonderful<br>
girls Rahel, Ava and Clara.<br>
<br>
If you have benefited from John's many contributions, please say<br>
thanks in the way that would matter most to him, by helping Miriam<br>
continue the task of caring for and educating Rahel, Ava and Clara.<br>
You will find all the information necessary to make a donation here:<br>
<br>
<a href="http://numfocus.org/johnhunter" target="_blank">http://numfocus.org/johnhunter</a><br>
<br>
Remember that even a small donation helps! If all those who ever use<br>
matplotlib give just a little bit, in the long run I am sure that we<br>
can make a difference.<br>
<br>
If you are a company that benefits in a serious way from matplotlib,<br>
remember that John was a staunch advocate of keeping all scientific<br>
Python projects under the BSD license so that commercial users could<br>
benefit from them without worry.  Please say thanks to John in a way<br>
commensurate with your resources (and check how much a yearly matlab<br>
license would cost you in case you have any doubts about the value you<br>
are getting...).<br>
<br>
John's family is planning a private burial in Tennessee, but (most<br>
likely in September) there will also be a memorial service in Chicago<br>
that friends and members of the community can attend.  We don't have<br>
the final scheduling details at this point, but I will post them once<br>
we know.<br>
<br>
I would like to again express my gratitude to Travis Oliphant for<br>
moving quickly with the setup of the donation support, and to Eric<br>
Jones (the founder of Enthought and another one of the central figures<br>
in our community)  who immediately upon learning of John's plight<br>
contributed resources to support the family with everyday logistics<br>
while John was facing treatment as well as my travel to Chicago to<br>
assist.  This kind of immediate urge to come to the help of others<br>
that Eric and Travis displayed is a hallmark of our community.<br>
<br>
Before closing, I want to take a moment to publicly thank the<br>
incredible staff of the University of Chicago medical center.  The<br>
last two weeks were an intense and brutal ordeal for John and his<br>
loved ones, but the hospital staff offered a sometimes hard to<br>
believe, unending supply of generosity, care and humanity in addition<br>
to their technical competence.  The latter is something we expect from<br>
a first-rate hospital at a top university, where the attending<br>
physicians can be world-renowned specialists in their field.  But the<br>
former is often forgotten in a world often ruled by a combination of<br>
science and concerns about regulations and liability. Instead, we<br>
found generous and tireless staff who did everything in their power to<br>
ease the pain, always putting our well being ahead of any mindless<br>
adherence to protocol, patiently tending to every need we had and<br>
working far beyond their stated responsibilities to support us.  To<br>
name only one person (and many others are equally deserving), I want<br>
to thank Dr. Carla Moreira, chief surgical resident, who spent the<br>
last few hours of John's life with us despite having just completed a<br>
solid night shift of surgical work.  Instead of resting she came to<br>
the ICU and worked to ensure that those last hours were as comfortable<br>
as possible for John; her generous actions helped us through a very<br>
difficult moment.<br>
<br>
It is now time to close this already too long message...<br>
<br>
John, thanks for everything you gave all of us, and for the privilege<br>
of knowing you.<br>
<span class="HOEnZb"><font color="#888888"><br>
Fernando.<br>
<br>
--<br>
<a href="http://mail.python.org/mailman/listinfo/python-list" target="_blank">http://mail.python.org/mailman/listinfo/python-list</a><br>
</font></span></blockquote></div><br><br clear="all"><div><br></div>-- <br>George R. C. Silva<br><br>Desenvolvimento em GIS<br><a href="http://geoprocessamento.net" target="_blank">http://geoprocessamento.net</a><br><a href="http://blog.geoprocessamento.net" target="_blank">http://blog.geoprocessamento.net</a><div style="padding:0px;margin-left:0px;margin-top:0px;overflow:hidden;word-wrap:break-word;color:black;font-size:10px;text-align:left;line-height:130%">

</div><div style="padding:0px;margin-left:0px;margin-top:0px;overflow:hidden;word-wrap:break-word;color:black;font-size:10px;text-align:left;line-height:130%"></div><div style="padding:0px;margin-left:0px;margin-top:0px;overflow:hidden;word-wrap:break-word;color:black;font-size:10px;text-align:left;line-height:130%">

</div><br>