<div dir="ltr"><div class="gmail_default" style="font-family:verdana,sans-serif;font-size:small">I have a file compressed with bz2 and a function that expects a file handle.</div><div class="gmail_default" style="font-family:verdana,sans-serif;font-size:small">

When I decompress the bz2 file I get a string (binary) not a file handle.</div><div class="gmail_default" style="font-family:verdana,sans-serif;font-size:small"><br></div><div class="gmail_default" style="font-family:verdana,sans-serif;font-size:small">

Here is what I have that does not work. There is no error (thats a seperate issue) CelFile.read just fails to read the data(string).</div><div class="gmail_default" style="font-family:verdana,sans-serif;font-size:small">
 </div>
<div class="gmail_default" style><div class="gmail_default" style><font face="verdana, sans-serif">from Bio.Affy import CelFile</font></div><div class="gmail_default" style><font face="verdana, sans-serif">from bz2 import decompress,</font></div>

<div class="gmail_default" style><font face="verdana, sans-serif"><br></font></div><div class="gmail_default" style><font face="verdana, sans-serif">with open('Tests/Affy/affy_v3_ex.CEL.bz2', 'rb') as handle:</font></div>

<div class="gmail_default" style><font face="verdana, sans-serif">    cel_data = decompress(handle.read())</font></div><div class="gmail_default" style><font face="verdana, sans-serif">    </font></div><div class="gmail_default" style>

<font face="verdana, sans-serif">c = CelFile.read(cel_data)</font></div><div class="gmail_default" style><font face="verdana, sans-serif"><br></font></div><div class="gmail_default" style><font face="verdana, sans-serif"><br>

</font></div><div style="font-family:verdana,sans-serif;font-size:small"><br></div></div><div><div><div class="gmail_default" style="font-family:verdana,sans-serif;font-size:small">​​</div><div class="gmail_default" style="font-family:verdana,sans-serif;font-size:small">

​Thanks​</div></div><div>Vincent Davis</div><br></div>
</div>