Hi Alex,<div><br></div><div>why not using colored beads? and why using a focus that blurs some of the beads?</div><div>you could indeed either do cross correlation using numpy, or try to detect highlights that appear in pairs (but then when several beads are close from each other, you need to find a way to connect the two highlights from the same bead, and not from two different beads)</div>

<div>if your image comes from a movie, perhaps you could also track the beads from frame to frame and thus have a more precise idea of their locations in the next frame</div>